多鐸在南京城中得知水軍大敗，商家軍又封鎖了南京段長江航道之後，也不禁大吃一驚，知道現在的局勢己經很危險了。不過由於這時南京與江北的消息己被隔斷，多鐸還不知道盛京己經被商家軍突襲得手，多爾袞己經下令調兵回援北京了。而且長江水道雖然被切斷，但陸路仍然還通暢，因為撤離的部隊剛走，這時己經進入了九江府的地界，一路基本都平安無事，因此多鐸還算有些安心。
不過到了這個時候，多鐸也不敢再耽擱，立刻下令，留下鼇拜駐守南京，而自己退到武昌府去，當然在表麵上，是到武昌府去視查湖北戰局，同時在九江調集水軍，支援南京，而不是從南京撤離。
但就在多鐸剛要從南京出發的時候, 突然傳來消息, 商家軍己經向寧國府發動進攻了。多鐸聽了，腦袋裏立刻“嗡”了一聲，差一點昏了過去，商毅也下手太狠了，看樣子這一次是打算把自已困死在南京裏了。同時心裏也不禁後悔不迭，早知如此，自己就該早一點離開南京，先撤到九江也好。不過現在畢竟還不算最晚，但也不能再拖延了，因此多鐸立刻下令，留下鼇拜駐守南京，自己帶領人馬去解救寧國府。
這次商家軍進攻寧國府，出動了第一軍的第七、二十、二十三師，第五、十九旅，第七軍的特種兵師，第十六、十九、二十一旅，共計兵力七萬三千多人，其中第七軍也正式進入戰場，隻留下第十師駐守衢州、處州之地，保衛浙江的南部。這時商家軍投入南京戰場的兵力，己經接近了十三萬人。
寧國府位於南京的正南方，府治所是宣城，東有句溪河，西有敬亭山，是從南方到達南京的必經之路，攻下寧國府之後，不僅可以對南京形成合圍之勢，堵住南京清軍向武昌方向逃走，同時也能切斷江西、福建的清軍對南京的救援之路，對於收複南京，殲滅南京城裏的清軍，是在正式發動進攻南京的戰鬥之前，對南京外圍完成的最後一塊拚圖。
成進率領第一軍是從廣徳州出發，首先攻取了寧國府北麵的建平、廣通鎮、高淳等地，切斷了寧國府和南京的聯糸，並且在廣通鎮留下五旅駐守，付責攔截南京的援軍，然後才轉向南進，殺向宣城。而這時段鵬也帶著第七軍的特種兵師和三個旅，也從黃花關進入寧國府境內，首先攻取了寧國府東南的寧國縣，從南邊殺奔宣城而來。
兩支商家軍也在寧國府城前順利會師。然後合兵向寧國府發動了進攻。
清軍在寧國府有三萬兵力駐守，主將是鑲藍旗固山額真屯齊，副將是漢軍鑲紅旗固山金礪，並在敬亭山和句溪河邊各駐守有五千人馬，分別由田雄、郝效忠二將把守，這兩將都是左良玉的舊部，與宣城呈互倚之勢。得知商家軍出動大軍來進攻寧國府之後，金礪一麵下令全軍，嚴守城池，一麵也立刻派人去向南京救求。
第七軍首先以特種兵師為核心，向駐守敬亭山的清軍發動了進攻。
盡管清軍在敬亭山上有居高臨下的優勢，因為有了先前在仙霞嶺上勇奪仙霞關的成功經驗，盡管這時特種兵師實際隻有兩個團，敬亭山也遠不及仙霞嶺險峻，由於時間緊迫，清軍也沒有在山上修築關城，隻能依靠幾座廟庵進行防守，因此全師的官兵們也對攻占敬亭山充滿了信心。而且這時商家軍都已經知道突襲部隊攻下了盛京的消息，這時全軍的鬥誌極高，士氣十分旺盛，在段鵬下達命令之後，立刻向敬亭山展開猛攻。
進入山區之後，全軍立刻分散成為以連為單位，有的順著山道前進，吸引清軍的注意力，有的則借助山林的掩護攀爬，互相配合側應進攻。同時也不斷向山上開槍射擊，並用帶來的小炮轟擊，以掩護突擊部隊的進攻。
在商家軍部隊的勇猛進攻下，清軍節節敗退，連續失守了雲根石、額珠樓、最高亭、穿雲亭等等駐點，最後守將田雄率軍一直退守到山頂附近何廣教寺，依托著廣教寺雙塔牢牢駐守，進行著最後的抵抗。
廣教寺雙塔建亍宋朝，呈東西對持布局，雙塔勻為石砌四方型，毎麵寬約一丈，分七層，總高約有七丈。清軍在廣教寺內駐守，在雙塔的每層都派設了弓箭手和火銃兵，死死抵抗著商家軍的進攻，同時等待著宣城派來援軍。
雙塔據高臨下，又有石砌圍牆作掩護，對商家軍的進攻確實造成了很大的危脅，特種師的師長何衝見了，立刻調來五十名狙擊步兵，對石塔裏的清兵進行重點打擊，這一下立刻壓製住了清軍的火力，然後又組織了三批爆破隊，冒著清軍槍林彈雨的打擊，將五十餘顆手榴彈運送到了廣教寺的院牆邊，然後進行引爆。