尚可喜、覺羅巴哈納部清軍約有六萬五千餘眾，其中尚可喜部有四萬五千多人，覺羅巴哈納部約兩萬多人，不過覺羅巴哈納所帶的軍隊，其本都是滿漢八旗，以及三大營、綠營的軍隊，隻有少數隨行的跟役、包衣，同時還有三十門火炮，二千火銃兵。
在前期南下的過程中，清軍己經攻占了江西北部的鄱陽湖沿岸的九江、南昌、饒州、南康、瑞州等地區，尚可喜、覺羅巴哈納也分兵兩路，分別進取撫江和廣信兩地，然後會師於建昌府。
江西是福州西麵的屏障，因此朱聿鍵也不敢大意，任命萬元吉為江西總督，坐鎮贛州，以加強守禦。同時又任命劉廣胤為江西巡撫，協助萬元吉督理軍務，同時又命各地出軍火速增援。禦史陳藎從雲南召募來的滇將趙印選、胡一清部五千精兵；兩廣總督丁魁楚派來了童以振、陳課部四千人；大學士蘇觀生也遣發的廣東兵六千多人，加上原江西贛州守將吳之蕃、張國祚部，和武英殿大學士楊廷麟等從雩都調來的，受撫閻羅總四營頭張安等部，明軍右江西也聚集了五六萬大軍。論人數並不在清軍之下。同時朱聿鍵還派人到杭州，請求商毅出兵，從側翼夾擊清軍。
但朱聿鍵也十分清楚，明軍是由各路人馬拚湊起來的烏合之眾，絕不是清軍的對手，而商毅遠在浙江，最多隻能出兵牽製一下清軍，也解不江西之危，因此隻能寄希望於鄭芝龍能夠出兵，支援江西。
但鄭芝龍卻找出種種借口，一再推托出兵。在朱聿鍵的一再訓令下，才不得不派永勝伯鄭彩帶兵出杉關，駐守江西建昌府，命鄭鴻逵出兵進駐仙霞嶺，救援廣信府。但鄭彩、的人馬到達杉關之後，卻按兵不動，無論監軍給事中張家玉怎樣催促，他一概置之不理。
結果清軍殺到之後，各路明軍果然不堪一擊，被清軍殺得紛紛潰逃，還有一些明軍根本就是不戰而退。清軍一路勢如破竹，連續攻取了撫江、廣信、臨江、建昌等地，整個江西中部，都己被清軍所占，而且兵鋒己經到達了福建省的邊界。
而駐守在杉關的鄭彩聽說清軍殺到，立刻棄關逃，一直退到浦城。而且鄭鴻逵也放棄了仙霞嶺，退回到建寧府。而清軍也乘勢進軍，攻占了福建邵武府。
隆武帝聞迅之後，也勃然大怒，下旨痛訴鄭鴻逵和鄭彩不戰自逃的行為，並將鄭鴻逵由太師降為少師，又削去鄭彩的伯爵爵位。
朱聿鍵是南明各君中最有進取心的一個，在繼位之後的意向也是以恢複明室為己任，但鄭芝龍並沒有這種雄心壯誌，他隻是希望固守自己在福建、廣東的勢力範圍，割據一方。擁立朱聿鍵為帝，也隻是想借隆武朝廷的名義，為鞏固自己在福建、廣東地區的勢力取得合法性而已。當然也有借皇帝的名議，號招南方，抵抗清軍，保住福建、廣東之地的用意，因此在擁立朱聿鍵之後，鄭芝龍還兒子鄭成功出使杭州，和商毅達成攻守同盟，也是保住福建、廣東的一種舉動。
但鄭芝龍的這些做法，是建立在清軍要進攻福建、廣東的基礎上，對守住南方的其他地區，並沒有興趣。而在洪承疇一到南京，就派遣招撫福建黃熙允和鄭芝龍連糸，並以同鄉的身份，勸說鄭芝龍向清廷投降。黃熙允帶著洪承疇的信，到達福建麵見鄭芝龍，表達了洪承疇的意思。鄭芝龍也不禁大為心動，不過他也不敢輕信清廷，隻是把黃熙允好好招待一番，讓他返回南京。
黃熙允回到南京之後，洪承疇也知道鄭芝龍有歸降之意，於足在清軍進攻江西的時候，洪承疇再次派黃熙允去福建，這一次還帶去了多鐸的信，表示隻要鄭芝龍歸降，可以封為王爵，位於吳、孔、耿、尚等人並列。
對於封不封王，鄭芝龍到並不在意，他看中的是實際的利益，也就是要割據福建、廣東，繼續經營自己的海外貿易。不過繼然清廷開出這個條件，也說明清廷確有誠意，大家可以淡一談。因此鄭芝龍也給多鐸回了一封信，隱晦的表示了自己的意願。而為了表示自己的誠意，才沒有出兵救援江西，同時也讓出仙霞嶺，讓清軍進入福建。
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