就在第一軍向廣徳州發動正麵強攻的時候, 第三軍也向鎮江府發動了進攻。
鎮江府緊靠南京東麵，現在江北的滁州、和州都被商家軍占領，不僅擋住了南京西麵，而且也成為商家軍凸入清軍勢力內的一把利刃。而鎮江府的位置也有相似之處，正好位於揚州府的正對岸，就仿佛在商家軍的地盤內，硬生生挖出了一塊地方來，雙方幾乎呈一個犬牙交錯之勢。
清軍在鎮江府的防守比廣德州更為嚴密，守衛的兵力達到了三萬餘人，同時因為鎮江離南京較近，因此清軍救援鎮江，也比廣德州更快，最多兩天時間，清軍的援軍就可以趕到了。
而且付責進攻鎮江的商家軍第三軍，是在江南、江北戰場上實力最弱的一軍，而且全軍有相當一部份都是特殊殊兵種，主要的作用是配合其他部隊作戰，因此也不可能像第一軍那樣，向鎮江直接就發動強攻。好在這一次的主要目標是攻取廣德州，並不是一定要攻下鎮江，目地隻是為了演練一下，水陸兩路夾攻一座城市的戰術，同樣也是為了下一步收複南京積累驗經。
楊武丞率軍沿著運河進攻，沿路攻取了奔牛鎮、呂城鎮、小河寨、包港等處，然後直撲鎮江南麵的丹陽縣。
楊武丞指揮著商家軍，向丹陽發動了進攻。丹陽縣也位於運河邊上，是從常州進攻鎮江的必經之路，淸軍在這裏駐守了一萬兵力，同時也配備了大量的火器。同時也修築了大量的防禦工事，守衛十分嚴密，再加上第三軍也確實不善於打攻堅戰，因此商家軍一連進攻了二天，但都並沒有多少收獲。
就在楊武丞進攻丹陽的時候，黃震帶領著剛剛成立的長江艦隊，也從通州起航，這一次因為是在長江下遊作戰，而且又是長江艦隊第一次出戰，因此黃震也把三支分艦隊全部都帶出來了，大小一共近百艘船隻，排成長長的船隊，浩浩蕩蕩逆江而上，向鎮江出發。
等船隊到達鎮江附近的時候，楊武丞仍然帶領著部隊還沒有攻下丹陽，因此黃震也下令船隊，就在江中的江州停泊，等待著丹陽的消息。
而就在這時，黃震也收到了商毅的命令，原來統戰部己經收到從南京發回來的情報，淸軍己經出動援軍，這次援軍是由多鐸和洪承疇親自帶隊，也是分為水陸兩路，趕來來救援鎮江。陸路援軍由多鐸率領，水路援軍是由洪承疇帶領。
鑒於現在第三軍仍然受阻於丹陽縣的局麵，商毅命令長江艦隊出擊，先擊敗清軍的水軍，挫動清軍的士氣，然後逆江而上，直接去進攻南京，迫使多鐸從鎮江府撤軍回援。
因此黃震接令之後，立刻就下令艦隊起航，去迎戰清軍的水軍。
原來得知商家軍兩路出擊，分別向廣徳州和鎮江府發動進攻以後，多鐸也和洪承疇商議，現在清軍的整編工作尚未完成，不可能同時對廣徳州和鎮江府進行大規模救援，隻能從中選擇其一，傾全力相救，而另一路就隻能放在次要的位置。
鎮江府的戰略價直和重要性顯然都在廣徳州之上，自然也是首先救援鎮江府了。而兩人也打聽清楚了，這一次商家軍進攻鎮江府，是水陸兩路並進。洪承疇到了南京之後，主要的精力是組建清軍的水師，現在水師己經初俱規模，在南京龍山船廠，駐紮有大小船隻三百三十餘艘，因此也覺定同樣是水陸兩路並進，救援鎮江府。
兩人立刻分兵，多鐸率領四萬大軍，從南京出發，為陸路援軍，而洪承疇也和清軍的水軍統領劉夢蛟，帶領著龍山船廠的所有戰船，從長江順流而下，為水路的援軍。
清軍的船廠行駛到離鎮江還有二十多裏的高資鎮附進的江麵時，雙方的前哨戰船相遇。商家軍向前哨船隊一共有七艘戰船，分別是，四級驅逐艦一艘，五級護衛艦二艘、三百料以下戰船四艘。而清軍前哨船隊一共有十二艘戰船，分別是五百料戰船一艘，三百料戰船四艘、二百料戰船五艘，一百五十料戰船二艘。
雙方相遇之後，立刻各自派遣一艘戰船回去向大隊報信，然後準備戰鬥。在這一段江麵上沒有江中州，正適合作為水戰的戰場。當然商家軍的戰船是主動上前討戰，而清軍是被迫應戰。其實清軍並不想打，隻是現在雙方己經碰了頭，清軍現在是順水，一但調頭就成了逆水，顯然是來不及了。隻能硬著頭皮打了。
雖然現在隻剩下六艘船，向商家軍的戰船立刻調整位置，排成了一個縱隊的隊型，擁有四十八門火炮，火力最強的驅逐艦奎木狼號打頭，而分別擁有三十門火包的護衛艦蕭山號和擁有二十六門火炮的擴衛艦餘杭號分別排在第三、五位置，在其間各夾著一艘隻裝配了兩架管風槍的三百料小船。然後以“之”字型的航線行駛，向清軍的戰船逼近過去。船上的士兵水手也都做好了戰鬥的準備，所有的火炮也都填裝好了彈藥，打開了側舷的炮孔，將炮口伸出了船舷，隻等著清軍的戰船進入射程中。