就在江北、江南的局勢都得到了緩解以後，清軍又一次向商家軍在湖北地區建立的根據地發動了進攻。
盡管現在商家軍的湖北根據地建立還不到三個月的時間，但發展十分迅速，特別是李岩和李牟兄弟到達麻城之後，帶來了一批行政管理人員，接手了根據地內的民政管理工作，也使李定囯和九師的官兵從繁重的民政工作中解放出來，可從全心投入到訓練新兵、備戰清軍的工作中來。
而李岩、李牟都有足夠的經驗，一到麻城之後，立刻把帶來的行政人員分散到黃安、麻城、羅田三縣的各村中去開展工作，迅速在各村中建立基層的行政係統，製定田租稅率，分配田地。對各村民忿較大的地主豪強勢力給予堅決的打壓，而對一些欺壓行為較少則網開一麵，隻是沒收他們的大部份田地財產，不傷害他們的性命。而少數對鄉裏做過些好事的地主豪強還被授予管理職務。
並且在農民中間加大了抗擊清軍，打擊豪強，保衛家園的宣傳力度，充份發動農民的積極性，組建民兵，實行村村聯保。也使商家軍在三縣的統治基礎迅速穩定下來。
同時也對俘虜的清兵進行分類處理，滿人和關外的漢人做苦力，而在關內的漢族人，由其是本地區的漢族人側實行寬大政策，盡力說服動員他們能夠留下來加入商家軍，共同抗擊清軍，保衛家園，等趕走了清軍之後，保證人人有田種，都能過上平安的生活，而對想離開的人也不阻攔，立刻放行。
上一次俘虜的清軍絕大部份都是本地人，而且大部份都是農民，佃戶出身，商家軍的寬大政策也感動了他們不少人，有一大半都願意留下來加入商家軍，也有一部份表示回家之後，領著家人一起來投奔商家軍。隻有一小部份人不作表態。而李定國和李岩也沒有為難他們，想回去的，不管有沒有理由，都讓他們自由離開，同時還發給二兩白銀作路費，隻是警告他們不要再當清兵, 給滿人當幫凶來打漢人。
加上投降過來的清兵，現在商家軍已經招募了新軍四千多人，另外還組建了民兵五千餘人。實際控製的域區東到稀水、西到灄水，南抵舉水中遊，麵積達數千平方公裏，人口約有二十萬。同時李定國還派出二十二團，向大別山裏發展，占據了白沙關、黃土關、長嶺關等大別山南北要路的重要隘口，並且準備向大別山以北的地方發展，真正實現以大別山為核心，橫跨湖廣、河南兩省的地區。
而就在這時，阿濟格派出的正藍旗滿洲梅勒額真珠瑪喇，率領著清軍，也來到了黃州，準備征剿盤據在這裏的商家軍。
真珠瑪喇這次帶來了一萬五千清兵，其中屬滿八旗及三大管所屬的人馬有三千餘眾，其中包括一千名火銃兵，屬漢軍八旗及綠營的人馬有四千餘眾，也有一千名火銃兵，和五十門各種火炮。包衣跟役有兩千餘人，其餘全都是這次南征以來，收降的明軍。
在南京戰役中，真珠瑪喇吃商家軍的虧可是不少，因此他絲毫也不敢大意，到達了黃州之後，立刻招集官員以及上一戰中逃回來的敗軍，詢問上一戰的詳細經過，以及商家軍的虛實，因為一直到現在，淸軍還弄不明白，盤居在大別山的商家軍到底有多少人馬。
後來聽說商家軍居然還放回來不少人，真珠瑪溂也下令把這些放回來的兵勇都招集起來詢問。同時又派出一些探子，去打探商家軍的虛實。但商家軍到底有多少人馬，在黃州誰也弄不清，因為現在誰都不敢到商家軍的控製區裏去。而派出去的探子有大部份都被活動，少部份雖然逃回來了，但都沒有深入進去，隻說商家軍戒備森嚴，各村都組織了民兵放哨守衛，對陌生人盤查得十分仔細，而且清軍中間的漢兵大多都是北方人，口音差異很大，因此想要混進去非常難。
不過根據黃州的官員、士兵、放回來的俘虜的述說，再加上真珠瑪喇自己的判斷，估計在湖北境內的商家軍不會很多，應該在三四千左右，最多也不超過五千人。
因為按真珠瑪喇的經驗，一支孤軍深入到敵人後方的軍隊想要站穩腳跟，必須要占領幾個大城市才行。隻有占了大城市，才能抵擋敵人的進攻，才能獲得稅收和補濟。而這支商家軍顯然沒有占領大城市的能力，他們明明都攻下了黃州，結果還是主動放棄了，隻占據了大別山外圍的幾座縣城，一付隨時都準備逃進大別山裏去的樣子，這就充份說明，這支商家軍的兵力並不多。