因為吳三桂這次趕到南京，來得比較匆忙，部隊也沒帶火器，而又是初來乍到，又第一次打這種城市戰，也不熟悉地形，也顯得十分不適應，因此被商家軍打了一個措手不及，人馬傷亡十分慘重。吳三桂在進攻揚州時是見識過商家軍的火力的，見商家軍有所準備，而且在這種狹窄的街道中也能發揮很大的威力，也趕忙下令，命隊伍都退回來，暫停進攻。
段鵬見淸軍退了，也不再戀戰，立刻趁著這個機會，甩開了追擊的清軍，帶領著斷後的部隊向金川門撤退。而吳三桂雖然有些驚駭於商家軍的城市戰能力，又舍不得放棄這個追擊的好機會，因此還是帶領著人馬，遠遠的跟著，希望等著商家軍在撤退的過程中出錯，然後再抓住機會，向商家軍發動進攻。因為吳三桂知道，在戰爭中最困難的事情就是撤退，由其是在有追兵綴著的情況下，很容易出現慌張、混亂的現象。
但商家軍的撤退非常組織，部隊分成兩批，輪流的掩護撤退，而且整個過程秩序井然，絲毫也不亂，結果一直撤到了金川門，開始蹬船，而在斷後的部隊上船的時候，其他戰船上的火炮也擔付起了最後的掩護任務，一直到全部士兵都登上了戰船，然後揚帆而去，也根本就沒有給清軍留下任何的機會。
而吳三桂也隻能在金川門的門樓上，眼睜睜的看著商家軍的船隊漸漸的遠去，心裏也不得不承認，商家軍確實是一個可怕的對手。
直到這個時候，阿濟格才帶領著人馬趕到了金川門，而看著己經快要消失的船隊，阿濟格也是如釋重負一般，商家軍總算是走了，這一次才算是完全占領了南京，而且正好是在北京使者到達南京的前一天，因此阿濟格也不禁擦了一把冷汗，這可真的是太險了。
不過現在阿濟格雖然是心有餘悸，但畢竟還是渡過這個難關，因此也趕忙命令軍隊，全麵占領南京各門，清點損失，整理皇宮，處理等等善後的事宜，準備迎接北京的使臣，同時也在開動著腦筋，想著怎麼編一套詞，把這一次戰鬥的經過胡弄過去。當然還要和吳三桂統一口徑，看來今天晚上是有得忙了。
這一次南京保衛戰從商家軍剛剛到達南京時算起，一共經曆了三十六天的時間，分為南京和南京外圍兩個戰場進行，而在南京戰場中，有三十天時間，雙方都在南京城裏互相對持戰鬥著。商毅己不足三萬的兵力，拖住了清軍進攻南京的十餘萬主力部隊，不僅有力的支持了南京外圍的戰場，而且在城內一共殲敵二萬七千餘人，俘虜二千餘人，而商家軍自身的傷亡為四千七百二十六人，受傷一千八百一十八人。
不過在這一次的戰鬥中，整個南京城裏最繁華熱鬧的中部城區，幾乎被打成了一片廢墟，而在這一戰中死難的百姓超過了十萬人以上，在戰鬥結束之後，最多時達到五十萬人口的南京，僅僅隻剩下七萬多人了。
而在南京的外圍戰場上，商家軍進行了一係列靈活大膽的戰鬥，六戰六勝，而且在毎一戰都集中優勢兵力，以極小的代價，重創清軍。一共殲滅清軍五萬四千餘人，俘虜七千餘人，而自身的傷亡為六千六百八十三人，傷二千三百七十二人。
這兩個戰場加起來，商家軍殲滅俘虜的清軍總數超過了九萬，其中滿漢旗軍約占了一半以上，而自身的傷亡，僅在一萬二千左右。不僅殲滅了大量清軍的有生力量，也為下一步守衛浙江的戰鬥打下了一個很好的基調。
當然這些數據統計，是在十多天以後，才由雙方分別統計出來的，但這時商毅在返回南京的船上，認真的思考著自己以後的方向，南京最終還是被清軍占領，淸廷的勢力，也在江南站穩了腳跟，而隨著朱由崧的死亡，也使南方失了能夠得到各方麵都認可的共主，現在己經出現了潞王監國、魯王監國，以後恐怕還會出現更多的監國或新君，整個南方也都陷入一片混亂的局麵中。而自己再也不能夠依靠曆史來製定應對的方案計劃。
也就是說未來的曆史，將由自己來創造了。
雖然以後的一切都是未知的，但同時也充滿了無限的可能。
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