而就在這時，商毅也趕到了聚寶門外，這時戰鬥進行得正是激烈，在秦淮河麵上，燃起了十幾處火焰，將水麵照得通亮，同時還有近百餘艘舟船正冒著炮火，向北岸強渡過來。而在陣地的東邊，也同時是槍炮之聲，響個不停，顯然也打得十分激烈，
商毅看了看現在的形式，就知道對商家軍十分不利，聚寶門顯然是守不住了，因此也告訴楊武丞，立刻下令，馬上向城內撤退。
不過雖然是撤退，但也絕不是一下子就放棄陣地，全部都退回到城裏去，而是先從陣地上撤回兩個營，在聚寶門的城頭駐守，然後其他各部隊都攜帶著自己的武器，依次從陣地上撤退，並且留下了足夠斷後的人馬，這樣井然有秩向撤退行動，再加上淸軍渡河的功夫，十分順利的就全部退到了南京城牆邊之後，同時在城牆上還有接應的部隊進行掩護。
入城之後，商毅立刻下令，留下一個團，由自己帶領，留在城牆上駐守，抵擋清軍的進攻，而楊武丞帶領另一個團也迅速退到城內，在內秦淮河的北岸建立防守戰線，準備城內的巷戰。
而清軍渡過了秦淮河之後，也一刻沒有停，馬上架起了雲梯，又向南京城牆發動了進攻，商家軍雖然隻有一個團守衛城牆，但卻依托著南京高大的城牆，槍、炮、手榴彈、霹靂火箭等武器一起發射，利用凶狠的火力，也給清軍造成了很大的傷亡。
但仗打到這一步了，清軍也不能退縮，依然向牆頭發動了一次又一次的猛攻。而且清軍畢竟是人數眾多，在一個點強攻不下，就把戰線拉開，分散商家軍的駐守兵力，這一來果然有效，商家軍的火力雖然猛，但兵力不是始終都是一個無法克服的劣勢，長達數百步的城牆，根本無法全部照應得過來，因此在淸軍這樣全麵展開的進攻下，也有些堅守不住，在戰線兩側的薄弱環節，己經有清軍蹬上城牆。
好在是堅守城牆，隻是為了給退守秦淮河一線拖挺時間，現在也堅守了差不多有犬個時辰，估計楊武丞在秦淮河北岸也己經差不多準備好了，因此商毅也立刻下令，放棄城牆，向內城撤退。於是士兵們也都紛紛收拾武器，向南京城中退去。
商家軍一退，清軍立刻蹬上了城牆，然後打開城門，放城外的大軍進城。屯齊聞訊之後，也不禁大喜，因為他和努山開始的想法也一樣，現在南京的城牆己有多處被攻破了，清軍殺入城中，按照一般的攻城常識，南京己經算是被清軍占領了，因此他一麵向阿濟格報捷，一麵親自率軍進城。
在這時攻開了聚寶門的先頭清軍也並沒有急於向城裏深入發展，因為在剛才的攻城戰鬥中，商家軍的火力也確實給清軍造戌了相當大的損失，現在也需要調整一下。而屯齊在進城的時候，也發現在城牆下堆積著的清兵屍體，心裏也覺得有些駭然，商家軍的火力之強，果然是名不虛傳。
不過不管怎麼說，總算是攻進了南京，就算受點損失，那也是值得的，因此在屯齊策馬進入聚寶門之後，心情還是十分愉快的。
而在聚寶山邊的清軍大營裏，阿濟格也是一夜無眠，隨時都聽候著進攻南京的消息。不過這一次戰爭的總體進展還算是很不錯，好消息接二連三的傳來，先是朝陽門被攻破，清軍殺入南京城中，緊接著正陽門也被攻開，隨後淸軍又占領了皇宮，現在聚寶門也被攻克了。這一來南京的東城南城就都被清軍攻破，看起來這次除夕夜襲、內外夾攻收取南京的戰鬥，己經取得了全麵的勝利。
當然阿濟格同樣也收到了清軍在殺過皇宮，向南京的中部地區發展的時候，遇到商家軍的頑強阻擊，但在阿濟格看來，那不過是商家軍最後的掙紮而已，畢竟是大局己定，商家軍就算再強，又能如何呢？現在南北二京，均在清軍的掌握之中，大清統一天下的宏偉大業既將完成，而自己是攻取南京的清軍主將，也必然功不可沒。
因此盡管一夜沒睡，但阿濟格依然神釆奕奕，立刻下今，大軍馬上開拔，進入南京。等他走出大帳以後，這才發現，天色己經亮了。
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