十二月二十六日，屯齊率領著清軍的前鋒人馬攻破了南京的外圍城牆，在南京城外東南的大校場駐紮，就在同一天，正紅旗滿洲固山額真韓岱也率軍駐紮在南京西南的南湖邊。而商家軍的外線人馬也己經進入了預先約定好的位置，正在尋找戰機。
二十七日，阿濟格親率大軍，來到南京城裏，駐軍在城南的聚寶山邊，這時淸軍己在南京城外，聚集了十二萬左右人馬，基本都駐紮在南方，因為南京城太大了，十多萬人馬根本就不能圍住，也就隻能堵住南京一麵。而就在當天，淸軍向南京城發動了第一次試探性的進攻，主攻的方向是聚寶門。
雖然商毅已經做好了和清軍打巷戰的準備，但這並不表示就會放棄防守南京的城牆，因為南京城擁有十分完善的城防設施，還有外秦淮河作護城河，清軍想要直接攻打南京城，必須要先強渡外秦淮河才行，有這麼好的條件，如果不加以利用，先給淸軍造成沉重的打擊，那可就未免太浪費了，退守南京城內，是在實在守不住城牆的情況下的選擇。
而且這時商家軍也已在外秦淮河邊布置下了防守陣地，以秦淮河為屏障，抵擋清軍的進攻。秦淮河雖然不算大河，但在商家軍嚴密火力的防守下，想要突破也不是那麼容易，而且商家軍的水軍還封鎖了秦淮河的長江入口，使清軍的水師無法通過長江來支援進攻，隻能靠在秦淮河邊臨時征集的一百多條小船強渡秦淮河，其中有不少船隻能裝下十餘名士兵，還有十幾艘甚致還是花舫。
雖然商家軍這次帶來的重炮不多，但打這樣的小船還是綽綽有餘，因此炮聲隆隆，打得秦淮河麵上水柱四起，波浪翻滾，清軍的船隻被一艘一艘的擊沉，清兵們一個個的落水身亡，跟本就無法攻到對岸去。在商家軍的打擊下，阿濟格很快就明白，強攻是沒有用的，因此很快就退兵罷戰。
而這一次南京城中的百姓、官員們總算是親身體驗了一次兵臨城下的緊張氣氛，雖然還沒有清軍攻進南京城裏，但在城外巨大的爆炸聲，依然可以聽得十分清楚。不過並沒有多久的時間，爆炸聲就平靜了下來，而南京城中也意識到商家軍又一次打退了清軍的進攻，因此也是一陣的歡騰。商家軍的聲望，也再一次被推向高峰。
不過在隨後的三天時間裏，清軍都按兵不動，並沒再向南京城發動進攻。僅僅隻是在江麵上向商家軍的海軍發動了一次試探性的進攻，但在海軍的重炮打擊下，被擊沉了十餘船之後，也立刻就撤退了。而南京城中也恢複了不少生氣，因為百姓們對商家軍的信心都大大增強了。
但商毅心裏十分清楚，清軍的進攻才隻是剛剛開始，都是試探性的，而且還沒有動用火炮火槍等火器，估計是還沒有運到，因此真正的危脅，還在後麵，決不能以為清軍就是技止此尓。
而且通過對城外清軍的偵察，商毅也知道，這幾天清軍雖然沒有發現進攻，但也沒有閑著，而是在加緊時間砍樹造筏，而且還在長江邊上征集到大量的船隻，顯然都是在為下一次進攻做著準備。也可以想到，一但清軍再次發動進攻，無論是強度還是規模，都會比這幾次要大得多。
於是商毅也趁著這個機會，向南京的居民下達了全麵動員，號招百姓一但清軍攻破南京城牆，不分男女老幼，勻有守地衛疆之責，要堅持抵抗到最後一刻。
當然商毅也不會一味的消及在城中等著清軍進攻過來，雖然尋機殲敵主要是由外線的成進付責，但在內線防守，仍然也要以我為主，積極爭取主動進攻的機會，牢牢撐握住戰場的主動權，這是商毅自從接受軍事教育以來，一直被灌途的戰術戰略思想。
不過現在清軍雖然沒有再次發動進攻，但對營地的防守還是十分嚴密，層層設卡，步步設防，雙方發生過幾次百人規模的小戰鬥，雖然商家軍利用射程和火力上的優勢，一直都占據上風，但一直沒有發動一次中大規模進攻的好機會。
岸上不行，商毅的目光，也轉移到長江上。
根據偵察兵提供的情報，清軍的水軍駐紮在龍江關，也就是著名的龍山船廠，征集來的所有船隻幾乎也都停泊在這裏。如果能夠催毀龍山船廠，重創清軍的水軍，不僅能夠消除清軍從長江上的支援，同時還能切斷清軍長江兩岸的連係，而且商家軍還可以通過長江，對清軍的後方發動突襲，可以說是一舉多得。
在水麵上，商家軍的海軍占有絕對的優勢，雖然第四、五分艦隊沒有戰列艦級的戰船，但和清軍臨時征調的江船相比，絕對還是巨人一級的，而且正好都可以在長江中航行，在火力上更是有壓倒性的優勢，因此完全可以打一場強攻戰，於是商毅也找到海軍的統領黃震，商議這次進攻的計劃。