結果這種潰敗的情緒也立刻傳遍了全軍，連一向聽從命令的滿漢旗軍也不顧屯齊的指揮，慌不擇路的逃跑。隻氣得屯齊在馬上頓足捶胸，因為屯齊一直跟著阿濟格作戰，入關以來也都是一帆風順，在打順風戰的時候，原明降軍的表現還很不錯，甚致可以用勇猛來形容，但從沒有經曆過降軍遇到逆風戰的樣子，因此也完全沒有思想準備，這時也無可奈何，隻好跟著敗軍一起敗逃。
而李定國和黃得功見清軍敗走，也率領著人馬，隨後緊追不舍，一直追擊了十餘裏，直到清軍都退進了大勝關之後，才算收住了腳。
這一戰一共殺死清軍六千餘人，其中滿旗軍占了近一半以上，還俘虜了千餘人，另外還奪馬二百餘匹，可以算是一個大勝仗，而黃得功也終於出了一口氣惡氣，看來以後還是要跟著商家軍作戰，才能弄幾口湯喝。
在單簡清理完戰場之後，李定國和黃得功才帶領著人馬，從朱家營撤退，一直退到南京城聚寶門外的聚寶山邊，才駐住了人馬，進城去向商毅報功。
朱家營大捷的消息，迅速在南京城裏傳開了，整個南京也都沉浸在一遍喜悅之中。而南京朝廷上下在驚喜之餘，也不得不承認，現在整個南方還確實還是隻有商家軍靠得住。
而且勝利總是最能夠鼓舞人心的，南京城中也立刻安定了不少，許多本來己經打算離開南京逃難的居民也決定先留下來，再看一看情況再說，畢竟不是萬不得己，誰都不希望離開自己的家園，總之南京整個氣氛，都因這次勝利而為之一變。
商毅當然知道，這一次勝利僅僅也隻是起到鼓舞士氣，安定人心的作用，並不能從根本上改變目前的大局，保衛南京的任務，依然十分艱巨。首先下令，命李定國帶領九師，駐紮在石城門外的莫愁湖畔，而黃得功部駐紮在正陽門外的山川壇邊。聚寶門隻留一個步兵旅駐守。
然後商毅又找到史可法和吳甡，把自己守衛南京的計劃也原原本本都告訴給他們，當然隱瞞了玄皇教的存在，隻說自己打算分兵兩部，保衛南京城。不過請他們暫實不要把這個作戰計劃泄漏出去。
史可法和吳甡雖然對商毅的這個計劃並不完全理解，因為在他們的意識裏，守城就是要把敵人拒之在城門之外，如果讓敵軍攻入城中，城池也就被攻破了，但他們都是見過大陣仗的人，也知道現在的局勢，並不會因為朱家營一勝而改變，而且基於對商毅的信心，同時兩人也確實拿不出什麼好辦法來，因此現在也隻能選擇相信商毅了。
得到了史可法和吳甡的同意之後，商毅也立刻在南京城中開始布置起來。
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屯齊在朱家營敗陣之後，人馬退守到大勝關裏，好在是商家軍隻追到了關前，就立刻撤軍了。這也讓屯齊總算鬆了一口氣，不過現在他也不敢輕易率軍出擊，隻好守在大勝關裏，然後派人給阿濟格送信。
接報之後，阿濟格也十分吃驚，這時清軍的江南人馬主要都聚集在池州府和太平府一線，正準備逐步清掃應天府的外圍地區，也全麵進攻南京作準備。而剛剛收到了回報，覺羅巴哈納率軍已經攻取了寧國府，但發現在廣徳州有明軍駐守，因此沒有繼續進軍。而現在商家軍己經在南京城中駐守，看來順利的時候己經過去了，硬仗馬上就要開始了。
現在阿濟格有兩個選擇，一是直接出兵，進攻南京。因為在攻取了寧國府之後，清軍的側翼也得到了保護，暫時到是不用擔心，但南京本是堅城，又有商家軍守衛，恐怕並不好打，一但久攻不下，寧國府再出點意外，那可就危險了；二是暫時不進攻南京，進攻廣德州，繼續清掃應天府的外圍。這樣一來雖然穩妥一些，但會給商家軍守衛南京，集結兵力留出大量的準備時間，如果攻不下南京，外圍清的再幹淨也沒用。
一時間阿濟格也猶豫不決，就在這時，忽然有人送來一份密信。阿濟格接過來看完，也不由大喜，立刻下令，大軍發動，向南京進軍。
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