到下午六時左右，亞莉桑徳拉帶領著船隊返回時，石垣島也己被商家軍收複，至此這一次先島海戰也全部結束，商家軍的海軍取得完勝，一共擊沉薩摩戰船三十二艘，擊斃薩摩軍的主將島津忠朗、平田宗興，打死薩摩士兵三千三百餘人，俘虜十三艘，生擒薩摩士兵一千六百餘人。其中還有四名翻譯。而商家軍自身，沒有一艘戰船被擊沉，士兵也僅僅隻陣亡了二百餘人，而且基本都是在攻島的時候戰死的。
當天亞莉桑徳拉決定，今晚艦隊在西表島駐紮，一麵派人回浙江去報告勝利的消息，一麵又招集海軍的將領，布置下一階段的作戰計劃安排：在收複了石垣島之後，接下來就是進攻琉球島。
於是亞莉桑徳拉首先下令，停泊在基隆的後勤船隊立刻趕到西表島來，和大軍彙合，然後出兵進攻琉球島；莫亞和阿尓維斯帶領著西班牙雇傭艦隊，暫時留駐西表島和石垣島，把薩摩兵的俘虜都押送回台灣收押，並且從台灣征調一批士兵過來，因為這一次的作戰目標是攻占琉球島，需要一部份陸軍守衛。
琉球群島總體位於台灣到日本之間，大體呈南北走向，包括有主要島嶼五十五個，陸地總麵積為三千一百平方公裏，按後世的劃分，由北向南可以分為三個較大島群：北部為奄美諸島鏈，中部為衝繩諸島，南部為先島諸島。
琉球島位於衝繩諸島的最南瑞，也就是後世的衝繩島，是琉球群島中最大的一個，總麵積約為一千二百平方公裏，也是目前琉球王朝的王都首裏城所在。占領了琉球島，也就等於控製住了琉球王朝，就能夠占據大名份，進而控製整個琉球群島，並且逐漸將薩摩藩的勢力逐出珫球群島的範圍。因此攻占琉球島，也是這一次出兵的最主要目標，否則僅為保住先島諸島，商毅也不必這麼勞師動眾了。
琉球島距離西表島大約有七百餘的海路，按目前戰船的航程大約需要兩天的時間，而在琉球島西邊，有兩個小島，後世的名稱叫久米島、粟國島 ，離琉球島的海路約為五十裏左右，因此亞莉桑德拉的目標，就是先占領這兩個小島之一，作為商家軍的前沿落足點，然後以此為落足點，攻占琉球島。
雖然在出戰之前，商毅也向海軍的各將領們詳細解釋了琉球島地理位置的重要性，以及占領琉球島的作用，甚致還打出國家的旗幟，因為琉球王朝一直都是中國王朝的朝供蕃屬，接受中國的冊封，而現在被日本欺壓，因此這次出兵，也是解救明朝的葍屬，其意義和五十多年以前出兵援朝相同。
其實海軍的各將領們對於商毅的這些說明並不是完部都能理解，因為在這個時候，中國的海權意識並不強，但大多數人都抱定一個原則，反正聽商毅的命令是不會錯的，他說要打，那就打吧。而且經過了先島之戰以後，眾將都發現，日本人實在是太好打了，幾乎就是不堪一擊，也對這一次進攻琉球的戰鬥充滿了信心，因此全軍上下的士氣極高，都盼著在這次戰鬥中立功。
經過了一天的休整和準備之後，亞莉桑德拉也帶領著艦隊，繼續出發北進，開始進行第一階段作戰計劃的後半部份。
二天以後，商家軍的海軍到了久米島。在這個時候，久米島和粟國島都己經有琉球王國的百姓長期定居住，但每一個島的居民都不多，隻有數百人，基本都是以打漁為生。
而為了控製琉球王朝，薩摩藩在琉球島上留下了一千五百士兵駐守，在島津忠朗收複石垣島和西表島的時候，又從琉球抽調了五百士兵現在的駐軍有一千人。並且在琉球島周圍四個小島上都各駐了五十名士兵。久米島也是有薩摩駐軍的一個小島。
這麼一點士兵當然是擋不住商家軍的登陸，亞莉桑德拉的船隊一到， 就立刻攻占了這兩個小島，守島的薩摩軍也全軍覆，然後亞莉桑德拉立刻準備，開始向琉球島發動進攻。
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