其實候方域上疏之後，在內閣裏黃宗羲是主張照辦的，嚴查馬士英的餘黨，但史可法、吳甡都堅決不同意，因為史可法也記得商毅勸告，現在正是多事之秋，凡事當以穩定為主，以備戰守地為重。吳甡也十分讚同，而且馬士英出任首輔的時間隻有一年，還沒有來得及大範圍安插自己的班底親信，因此馬黨除了阮大铖之外，到還沒有多少有份量的人物，現在阮大铖也己被逐，馬黨實際己煙消雲散了，就算有少許餘黨，也都是無足輕重的小角色，翻不起大浪，一但繼綾追查，擴大打擊麵，難免有人會公報私仇、連累無辜。使朝廷又陷入混亂，而且又會牽扯朝廷的大量精力。
而另二位閣臣中，高弘圖也反對這麼做，隻不過態度沒有史、吳兩人過麼強烈，而錢謙益一向見風使舵，一見現在是三比一，反對黨以大比分領先，立刻來了個錦上添花，也投了一票反對票，因此這個基調就這麼定了下來。同時史可法、吳甡也都認為，這股風氣也不能足長，必須強力打圧下來，才會有這麼嚴厲的回複。
就這樣候方域的上疏不僅被駁回，還被訓斥了一頓，碰了一鼻子灰。但現在史可法在南京的威望正高，又是東林前輩，小候也隻好暗氣暗憋，另三個死黨這時也不敢胡亂出言相助。這件事情也就這麼給壓製下去了。
而就在這時，商毅取得魯南戰役勝利的告捷也發回了南京，商毅在告捷中到是實事求是，並沒有誇大其辭，說什麼血戰、力勝之類的話。實話說明許多地方的淸軍並不多，也沒有經過什麼大戰，但勝利俯意義在於，南明終於打通了和山東地區之間的陸路聯係。
不過盡管如此，又取得了勝利也總是讓人高興的，而且從形式上來說，南明朝廷也還一直堅守著山東地區，並沒有放棄北方的土地，因此也讓不少人感覺到南明的新興氣像，看來明朝好像還有中興的希望。
打了勝仗自然就要嘉獎，但現在商毅己經出任督師，這個官職己經夠高了，再要往上封，要麼是加三公的虛銜，要麼就是封公爵。不過這一次勝仗也是江淮之勝的延續，因此內閣也認為隻對商毅進行嘉獎白銀十萬兩，彩綿千匹，官職這次就不升了。同時收複的地方，也全都由商毅管理，而對商家軍的部將中，周少桓、成進加封伯爵，而童大勇、王信、羅遠斌都封為子爵、就用這些中小爵位，糊弄過去算了。
而緊接著在湖廣一線也傳來戰報，阿濟格部也停止了進攻，退兵到德安、承天一線。而且多鐸、阿濟格等清軍主將也都被招回北京，這樣一來南明東西兩麵的軍事也全部都解除了。
直到這時南明廷朝才算是徹底安全了下來，而在東林黨內部，也開始逐漸分化為左、中、右三個陣營，以黃宗羲、黃道周以及四公子為代表的激進冒險份子屬於左派；以吳甡為主的保守人士屬於右派；而史可法、高弘圖、錢謙益等大多數人則為中立派，不過在中立陣營當中，史可法、高弘圖顯然是偏向幹右派，而錢謙益則傾向於左派。
在南明朝廷舊的政治格局被徹底打破之後，新的格局也在逐漸形成著。
商毅收到南京朝廷的嘉獎和錢銀彩綿之後，又上了一份謝表。雖然他對朝廷的嘉獎並不感興趣，但對南京還是十分關注的，朝廷發生的變化他都己經知道了，看來自已的翅膀終於扇出了一陣顛覆性的大風暴，不僅使南明能夠繼續延續下去，就連東林黨居然也能夠鹹魚翻身，又發達了起來。
這也是東林黨繼天啟初年之後，又奮鬥了差不多二十五年，終於又一次重新全麵掌握了政權，而且這一次似乎也不會再出一個九千歲來攪局，東林黨也能安安心心來實現自己的政治理想了，因此商毅也充滿了好奇心，想看一看，一向以正人君子自居的東林黨這一次能夠玩出什麼花樣來。
不過商毅也想過，畢竟現在有史可法和吳甡這兩位大佬在朝廷裏支撐著，而高弘圖、錢謙益這些人也都有些真材實料，應該不會壞到那裏去吧，如茱南明能多撐一天，對自己來說，也能多贏得一天的發展時間。
但就在不久之後，商毅還是發現，自己的想法仍然是太傻太天真了。
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