這次商毅把接收海盜基地的工作交給亞莉桑徳拉去完成，一方麵是因為亞莉桑德拉比較熟悉海戰，而另一方麵，也是因為商毅確實抽不身來，進入泓光元年（1645年）之後，在三四月間，清軍就會大舉南下，而商毅也要抓緊這最後的時間，緊急備戰。
這己經是商毅來到這個時空的第三個年頭了，現在商家軍也己經有了相當的規模，不計海軍，總兵力約在六萬五千人馬左右，而駐守浙江地區的兵力，約有四萬七千。兵力己經算是比較雄厚了，如果再加上海軍，也能夠抵擋淸軍南下一陣，但此前為了支援山東戰區，現在商家軍在浙江的武器缺口比較大，各種步槍缺口在一萬二千支左右，火炮偽缺口雖然小一些，但也缺了近三百門。
現在杭州兵工廠的正式工匠人數己經超過了萬人，生產能力己經達了月產各種火槍五千到六千枝，火炮二百餘門的水平，而商毅也要求兵工廠的廠長孫和鼎，加緊生產，爭取在二月結速之前，將槍炮的缺口都補齊，同時在質量上也不能放鬆要求。另外還要儲備大量火藥、手榴彈、霹靂火箭等等。
當然兵工廠裏也有利好的消息，就是地雷己經研製出來了，第一批試用品也生產出來，正在抓測試中。這也讓商毅十分高興，如果地雷能夠趕上這次的戰鬥，將對抵抗清軍發揮很大的作用。
除了武器之外，商毅在浙江還儲備了大量的糧食，物資、藥品，提純的酒精，並且組織了數百名郎中，畢竟戰爭中的後勤服務也十分重要。
而且杭州畢竟不是在第一線，在年前的時候，商毅就組織人力，在浙江修築道路，以備戰時各種物資的運輸供應。明朝本來就有官道，而且浙江一帶因為商業發達，經濟良好，因此官道維護情況還算不錯。而商毅決定在官道的基礎上，再進行擴寬，當然這也不僅僅是為了打仗，同時也使交通更為便利，有利於進一步促進商業的發展。
不過現在最讓商毅感覺到有些麻煩的是，他的職權還不能超出浙江的範圍，因此無法在第一線布置兵力，構築防守陣地。隻能在有現的範圍內調動軍馬，做好戰爭的準備。他一麵寫信給揚州的史可法，希望他能為自己在江北找一個立足之地，同時又派人在江北地區視察地形，繪製地圖，然後又命令海軍的第二、三分艦駐紮位於長江口崇明島的崇明沙所，以便於一到出兵的時機，就可以馬上通過水旱兩路展開布置。
而在最後，商毅又通過【杭州時報】，大加宣傳清軍南下的消息，號招南方的軍民抵抗清軍南侵，並希望能夠引起南京朝廷的注意，開始認真的備戰。
其實在這個時候，南京朝廷多少也有了一些警覺，因為向清廷求和的使團北上之後，隻有陳洪範一人回歸，其他兩位使臣都被清廷扣押，也足以說明，清廷並沒有與南明講和的意思。因此在新年之後，南京朝廷也開始正式商議, 抵抗清軍, 保住半壁江山的布置。
就在這個時候，商毅所寫有關於商家軍在山東與清軍之間的第二次戰爭經過的拆奏，連同清兵的俘虜和戰利品也送到了南京朝廷，當然在【杭州時報】上，對這場戰爭也有詳細的報導。因此南京的民間人士也在差不多和朝廷同時知道了消息。
雖然第二次山東戰役中，商家軍丟失了青州，但總體來說，還是抵擋住了清軍的進攻，一共殲滅了兩萬多名清兵，也算是一個不少的收獲了。而且從去年**月起，一直到現在，隻有商家軍這一支軍隊在頑強的與清軍作戰，並且取得了很不錯的戰績，成功的保衛住了山東的登萊地區，而在此其間，南京朝廷設立的江北四鎮人馬，共計兵力超過了二十萬，卻沒有一點行動。雙方的表現也形成了鮮明的對比。
由其是現在，清軍南侵的意圖己經越來越明顯了，因此商家軍在民間人士和中下層的官員，心目中的地位也越來越高。再加上【杭州時報】的引導，在民間要求啟用商家軍的呼聲也越來越高，己有不少官員都向朝廷上書，要求調商家軍渡江北上，抵抗清軍，收複失地。而也有一部份東林黨人，借機也大造聲勢，要求朝廷重用商毅，讓商毅出任鳳陽總督，節製江北的所有人馬。
鳳陽總督正是馬士英在入主南京之前的官職，馬士英是何等精明的人，包括在暗中主持一切的玄皇教，那看不出東林黨的酒翁之意，是在學項莊舞劍。畢竟商毅現在在名議上也是東林一黨的成員。不過眼看著啟用商毅的呼聲越來越高，也不能輕視，因此也都暗自著急，玄皇教也連連聚議，研究對策，但一時都拿不出什麼好辦法來。正好這時揚州的史可法上書南京朝廷，請求出兵收取河南之地，以為進取中原的基礎。