宋應星一到玻璃廠，還沒看到如何生產玻璃，隻看這個架式，就覺得自己真是大開眼界，大有不虛此行之感。結果他在玻璃廠裏一連蹲了五天，也看完玻璃器皿、平板玻璃生產的整個過程，對玻璃的整個生產工藝過程驚歎不己，同時也對這個玻璃廠讚不絕口。由其是知道玻璃生產的工藝方式，是商毅在泰西諸國遊曆時學到的，還有這個玻璃廠的建造，也是商毅一力促成的，這也不禁讓宋應星對商毅刮目相看，想不到商毅居然對這些格物致用之學也頗有興趣。
看完了玻璃廠之後，商毅又安排宋應星去參觀印刷廠，宋應星一聽說是活字印刷，頓時又來了興趣，又在印刷廠裏蹲了三天，看完活字印刷的過程，也知道套方法也是商毅從泰西諸國帶回來的，也不禁驚歎不己，果然是世界之大，無奇不有，看來他國之技藝，亦大有可取之處。
這個時候宋應星才知道商毅在杭州除了玻璃廠和印刷廠之外，還有造船廠和兵工廠，聽說在這兩個廠裏還有大量泰西諸國的工匠做事，可惜這兩個廠涉及機密，由其是兵工廠，不是商家軍內部的高級成員，是不能進入的。對這一點，宋應星也能理解，因此並沒有強求。
不過不能入內參觀，但看看產品還是可以的，於是宋應星又去造船看到了西班牙式帆船，兩千料大福船，還觀看了造船廠裏一艘剛剛建成的五百料飛剪船的下水試航，飛剪船的驚人速度也讓宋應星徹底沒了脾氣，原來還以為自己己經通曉百科了，原來還差得很遠。
而杭州兵工廠裏出產的三寸六分口徑重型青銅野戰炮，線膛步槍，還有霹靂火箭、手榴等武器更是讓宋應星目瞪口呆，怪不得商家軍戰功赫赫，原來有這樣的利器呀。
但看了產品之後，更是弄得宋應星心裏癢癢的，他本來就是個喜歡刨根問底的人，這時自然就更想知道這些戰船火器是如何生產出來的。而商毅見火候也差不多了，也正重向宋應星提出，自己想在杭州辦一個科學研究院，專門鑽研格物致用之學，同時還教授學生，希望宋應星能在科學院裏任職。
宋應星認真想了一想之後，也終於答應下來。雖然宋應星不願做官了，但按商毅所說，科學研究院並不是官府，還是一個研究教學機構，不和政治打攪，也沒有違反宋應星的原則。畢竟能夠有一個地方讓自己安安心心的研究喜歡的格物致用之學，也是個很不錯的選擇。
當然宋應星答應商毅的請求，也不完全是因為技術方麵，他在杭州住了十幾天，也深刻感覺到，杭州和自己見過的其他城市大不相同，這不僅僅隻是繁華，如果單論繁華，其實南京並不遜色於杭州，但南京的繁華中更多的是紙醉金迷，奢侈迷亂的腐蝕之氣。
而在杭州城裏，卻充滿了一種欣欣向上的氣氛，商業繁盛、秩序井然、銜道幹淨整潔，四民各安生業。跟本就不像是處於一個亂世中的城市。在這裏即使是一個普通的平民，臉上都帶著笑容，在精神氣質上，都充滿了希望和向上的熱情，看不到街頭訖討的難民，看不到權貴任意欺壓百姓，看不到凶神惡煞一樣官差，也看不到為非作歹的軍隊。相反官員和軍隊出行，不會橫行無忌，百姓也不會慌亂的躲閃，甚致還會和他們打招呼，親切的問候兩聲。總之商家軍的官員、軍隊和百姓的關係都相當和諧。宋應星曾親眼看過幾次，士兵幫百姓幹活的場麵，令宋應星幾乎都不敢相信自己的眼睛。
而這一切的結果，也隻能歸公於地方官員的治理水平，宋應星也沒有想到，商毅除了會打仗，懂技術，連治理地方也很有二下子。因此越是在杭州留守的時候長，宋應星對商毅的敬佩之情也就越多，覺得在這樣一個地方，這麼一個人手下幹活，確實很不錯。
宋應星一答應在科學院任職，商毅就馬上派給他幹活：改進織機技術，提高織機的工作效率，最好能夠利用水利。而且為了能讓宋應星更好的熟悉織機，商毅也把宋應星帶到蘇州的絲綢廠裏，讓他和織工交流溝通。
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