等戰場都清理得差不多的時候，商毅又接了另一個消息，在戰場上逃走的三艘西班牙戰艦，還有後麵西班牙軍的六艘運需船，在返航的路上，遭到了迂回到西班牙軍後方的商家軍海軍第二分艦隊的攻擊，被擊沉四艘，俘虜二艘，最終隻有三艘船逃走。也為這一場海戰，劃上了一個完整的句號。
而這三艘逃走的船在台灣東南沿海時，又遭到荷蘭船隊的攔截，最後隻剩下一艘船逃回到馬尼拉，向菲律賓總督科奎拉報告。
這時太陽終於完全消失在西方的天際，黑夜降臨在大海上。商毅也下令，全體戰船返航，回到基隆港去休息。
這一戰商家軍一共出動了七十一艘戰船，在主要戰場投入四十七艘，其中主力戰艦二十五艘，共計士兵三千二百多人。西班牙軍出動了二十四艘戰船，在主要戰場投入十八艘，士兵一千五百餘人。
結果是商家軍取得了全麵勝利，擊沉擊毀對手十四艘戰船，俘虜七艘，其中包括西班牙軍的旗艦聖路易號，打死西班牙士兵一千二百餘人，活捉六百餘人。並且繳獲各類火炮三百餘門，火槍一千餘枝，其中有三百多枝是燧發槍，戰馬三十四匹，其他糧食物資若幹。
而商家軍自身，被西班牙軍擊沉戰船八艘，包括六艘輔助戰艦和一艘巡洋艦、一艘護衛艦。其中第一分艦隊的損失最大，有五艘輔助戰艦和一艘護衛艦。另外還有九艘戰船受傷，又是第一分艦隊占了其中的七艘。同時還戰死士兵水手三百七十二人，另有三百一十五人受傷。
因此經過了一夜的休息之後，第二天商家軍也在基隆舉行了盛大的慶典，以慶賀商家軍的海軍第一次出戰，就取得了重大的勝績。由其是第一分艦隊，雖然損失很大，但卻是擔負著最艱難的任務，而旦成功的打亂了西班牙軍的陣形，為後麵取得勝利，打下了一個良好的基礎，因此商毅也重點表彰第一分艦隊的全體官兵。
雖然從結果上來看，商家軍確實取得勝利，而且還考慮到這是商家軍海軍成軍以來的第一戰，也就更是難能可貴了。不過商毅也沒有為這一場勝利就忘乎得己，認為商家軍的海軍從此就縱橫海上，所行無敵了，因為從雙方的實力對比上看，商家軍在各方麵幾乎都占據了壓倒性的優勢，因此取得這樣的勝利並不算什麼，甚致可以說，西班牙軍是雖敗猶榮。而且從戰鬥的過程來看，商家軍也出現了許多失誤的地方，需要改進總結提高的地方，還有許多。
其中又有兩個問題最為突出，一個就是海軍依然整體缺乏實戰經驗，一但遇到不利的環境，或是戰前沒有布置到的情況，旗艦又無發下達明確命令，需要官兵們用自己的判斷來決定下一步的行動時候，就會自亂陣腳。同時在海軍內部，士兵的素質差別也比較大，相比之下，主力戰艦的士兵水手的素質，明顯要強於輔助戰船。另外就是士兵對［海軍條例］的執行，也不徹底，在忙亂的時候，往往就會忘了［海軍條例］的要求。
這確實是一個在短時間內難以解決的問題，畢竟作戰經驗不是一天兩天就能完成的，隻能通過平時的嚴格訓練來盡力彌補。
而另一個則是戰船的問題，這一次戰鬥也再次證明，老式的福船，和西式的風帆戰船根本就不是一個等級的較量，並不適合作為戰艦，那怕是當輔助戰艦來用，也頗有些力不從心。相比之下，改良之後的福船，表現就明顯要好得多，因此以後新造的福船，也將全以改良之後的船型為模式。同時艦隊的規模暫時不要擴大，等逐漸用新船取代了老船之後再說。
但解決這個問題同樣也需要時間，在新船尚未造出之前，也隻能先用老船撐一陣子，不過在以後的戰鬥中，也要注意各種戰船的搭配，盡可能不要讓老式的福船但負過多的戰鬥任務。
隨後，商家軍就在基隆港暫時休整，治療受傷的士兵，修理戰船。同時商毅也寫了一封措詞十分嚴厲的信，附上這兩次戰鬥中俘虜的西班牙軍主要軍官的姓名，送往馬尼拉，交給西班牙的菲律賓總督科奎拉。送信的人選商毅都己經選好了，就是上一次西班牙遠征艦隊的翻譯，袁樸和吳雁鳴兩人。
在西班牙遠征艦隊全軍覆滅之後，袁樸和吳雁鳴在張庚秋的勸說之下，也願意投靠商毅，但為了盡力隱瞞遠征艦隊覆滅的消息，商毅一直將兩人留在浙江，並沒有放他們回去。兩人在馬尼拉的生意，也由張庚秋幫忙照看，現在沒有隱瞞的必要了，同時也是袁樸和吳雁鳴發揮作用的時候了，當然商毅還派了一名傳教士隨兩人一起出發，前往馬尼拉送信。