林家會議的第二天，林之泊帶著一肚子氣，啟程上路，到南京赴職。而就在同一天，商毅也帶著朱媺娖姐妹兩人，從南京返回，到達杭州。同行的當然還有宋應星。
等一切歡迎的應酬結束之後，商毅立刻招集葉瑤瑱、周世奇、成進招開秘密會議。葉瑤瑱現在是商毅的替手，而周世奇、成進分別代表了商家軍在浙江的民政、軍隊兩方麵的最高付責人，可以說這四個人，就是目前商家軍的領導核心。
商毅首先把南京之行的經過說了一遍，告訴他們，南京朝廷己經基本認可了商家軍在浙江的勢力範圍，也就是說商家軍在浙江，等於是一個半獨立的割據勢力，類似於唐朝中後期的蕃鎮軍閥。同時商毅也直言不違，清軍是一定會大舉南下的，而南京朝廷根本就不能倚仗，因此抵抗清軍，保衛家園，隻能依靠自己。
其他三人中，葉瑤瑱早就明白商毅的打算，而成進對政治所知還不多，一切也是唯商毅的馬首是瞻，而周世奇則是通過自己的觀察，也估計到商毅會走上這一步，雖然他心裏對商毅的作為有些不大自在，但現在整個周家也已經和商毅捆綁在一起，隻能跟著商毅一路走下去。而且南京發生的詳細情況也通過情報人員，都發回杭州，說實話周世奇也對南京朝廷不抱任何希望，想要擋住清軍，必須依靠商毅來指揮。
接下來商毅也做出決定，以後商家軍就將立足於浙江發展，準備迎戰即將要南下的清軍，並且還要保證對山東戰區的支援。對南京朝廷，雖然保持著臣屬關係，但對南京幹涉浙江的行為，鄀將堅決的回擊。這也就是商家軍以後一段時間裏的行事原則。
隨後幾個人又計議了一番具體的準備方案，這才各自離開。
第二天，商毅招集商家軍的全體人員，做出了一係列人事製度的安排調整。
在行政方麵，商毅巳經建立起一個比較完善的行政班孑，並且現在也發揮了很大的作用，到是不需要大動，隻是做一些局部的補充。
首先將王夫之調到行政部，因為隨著商家軍的勢力擴大，以後行政部的工作會越來越多，僅靠周世奇一個人，肯定顧及不過來。王夫之加入商家軍集團，己有大半年的時間了，不僅適應了工作，而且能力基本得到了全體人員的認可，還在文書司裏工作，顯然是有些大材小用，讓他做周世奇的助手，才能更好的發揮能力，而且以後行政局的人數還會逐步增加。
接任文書司主事，商毅也正式任命，由李岩擔任。這個決定出乎很多人的預料，因為文書司是直接對商毅付責的機構，商家軍的許多政令，都是由文書司傳達，這麼重要的位置，任命一個剛投降的人擔任，確實讓人想不到。但現在商家軍也真缺少文職人員，除開了王夫之，能擔任文書司主事的人選，真的還不多。再加上又是商毅親自指定，因此也沒有人反對。
李岩的妻子，紅娘子也被商毅任命為巡撫府的內務主管，也就是付責保衛府裏的女眷，如果商毅的妻妾中有人出外辦事，就將由紅娘子擔任護衛。也算人盡其用。
而李岩夫妻知道自己都被商毅委以重任，也十分感激，因此也都決定盡心盡力為商毅效力。
隨後商毅又決定，増設二個新機構。
一個是商業司，歸屬在行政司以下，甴李格非出任主事。
浙江本來就是中國商業最發達的地區之一，在商業上也大有潛力可挖，因此規範商業行為，製定統一有效的商業製度和完善的商業稅收，也是非常有必要的，那麼就需要一個專業的行政機構來進行管理，商業司也就應需而生。商毅本來打算讓林之洋來出任主事，但林之洋考慮到和商毅連姻之後，自己就是商毅的嶽父泰山，也該避一點嫌，因此也挽言謝絕，改推薦李格非。
商毅也知道李格非也是一個非常有見識的人，而且他還有海外的生活閱曆，商業行為有很大一部份都在海外貿易上，因此李格非也是一個非常合適的人選。
其他人對這個新機構並沒有什麼異議，因為浙江地區的商業氛圍很濃，而且商毅旗下的產業也越來越多，確實需要一個專門的機構來管理。商家軍進駐浙江之後，林家也幫了不少忙，也得到了許多人的好評，因此商毅任用李格非，也沒有反對。一來商毅和林鳳舞訂婚的消息也在杭州公布，李格非也等於是林之洋的心腹，二來李格非本來就是商人，這也是讓專業人管專業事。
另一個是監檢司，負責對浙江的各級官員進行監督檢查其貪汙、受賄、瀆職、作風等行為，也就相當於後世的紀檢委或廉政公署。
隨著商家軍在浙江的統治穩定下來，商毅手下各官員的權力也都會隨之擴大，而權力的擴大，必然就自造成各種營私舞弊的現像發生，在權力的麵前，絕不能把希望寄托在每個人的自律上 必須要有一個有效的監查機構，來監督檢查官員們的行為和工作。畢竟每一個貪官都是從小貪開始，逐步走向大貪的。