最後朝廷才下旨加封商毅為督都同知，出任浙江巡撫。同時商家軍的諸將也都得到了一次提升，周少桓和成進都晉見為副將、其他團長都晉升參將、團級軍官都升為遊擊將軍。
而崇禎的另一份，為商毅和朱媺娖指婚的遺詔，到是沒有引起多少爭議，一來是皇帝的女兒，愛嫁誰嫁誰，雖然商毅己經娶妻納妾，但關自己什麼事；二來各方勢力都顧著在新朝中爭權奪利，誰還在乎這個。因此這門婚事也得到一致的通過。隻不過崇禎架崩，按製度朱媺娖是要守孝三年，實際為二十七個月，等孝期滿了以後，才能夠和商毅舉行婚禮。
不過就在五月十八日，朱媺娖上疏，表示崇禎的遺詔和玉璽都己經送到了南京，新君也己經登基繼位，自己的任務也己經完成，因此不願住在南京，請求能夠帶著朱媺婕，在外地安置定居。
這個要求到也合情合理，因為朱媺娖和朱媺婕到底不是朱由崧的親生女，朱由崧本身也是有兒有女的人，因此她們留在皇宮中也多有不便。
而馬士英也覺得，朱媺娖和商毅己是未婚的夫妻，留在南京說不定還成為商毅的耳目，還是把她們姐妹兩送出南京也更好一些，而吳甡也受商毅的委托，也極力讚同，並且建議，把朱媺娖和朱媺婕送到蘇州安置，甴新任的蘇州織造太監朝讚周伺奉，理由是蘇州本來就是個宜於居住的好地方，而且離南京近，朝廷也好就近照看。
其實這個時候，蘇州發生的生絲收購事情也早就傳到了南京，隻不過現在南京的大臣們誰都沒有空來管蘇州的事情。不過誰都知道，蘇州也算是商毅的勢力範圍，因此把朱媺娖、朱媺婕姐妹送到蘇州安置，其實就是送到商毅的手裏。不過朱媺娖和商毅早晚也是夫妻，這樣安排到也沒有什麼不妥的。
商毅接到自己晉升的聖旨之後，也下令將抓獲的王維如一行人放了，當然是美其名曰交給馬士英來發落。馬強在當了十幾天俘虜之後，這一次也幸運的又逃脫了出來。
新皇帝也有了, 眾大臣該封的也封，該賞的賞了，但這也並不就等於從此之後，南明朝廷就太平無事了，事實上更多的麻煩才剛剛開始，首先是北方還不安定，大順軍、清軍都是南明的敵人，現在清軍己占領北京，而大順軍敗走陝西，南明坐收江淮，但在三者之間，河南、山東等地帶，還存在著一個巨大的緩衝地區，三方勢力在這裏犬牙交錯，怎樣處理這一地區，可是一個重要的問題，而比這個問題更重要的，還有為崇禎辦理喪事，以及崇禎的廟號、追諡等等事宜。
而對第一次權力分配並不感到滿意的各集團，也圍繞著這些問題，在朝廷中，又開始醞釀著新一輪的爭吵鬥爭。
同時也有相當一部份官員對南京朝廷、對新任的皇帝，對東林黨都感到了相當的失望，因此也紛紛棄職而去，山東總督曾化龍，也就是其中之一。而另一位山東大員布政使孟宏恭則暫時沒有封給官職，在杭州閑居，等南京朝廷選出新的山東巡撫之後，仍然回山東上任。
在曾化龍離開南京吋，商毅也去送他，兩人相對半響，卻都沒有說一句話。最後曾化龍才說了一句：“好自為之。”然後揚長而去。
商毅看著他遠去的背影，也不禁苦笑不已，事實上南明南京朝廷的條件, 比曆史上南渡的東晉、南宋在立國初期的條件都要好得多，不僅有一套完整的行政機構，還有相當數量的軍隊，因此在北京被攻破不到兩個月的時間裏，就組成了一個結構完善的政權糸統。
然而南明南京朝廷卻沒有像東晉、南宋一樣堅持下來，就在於立國之初時，底子就沒有打好，表麵上部門齊備，一應俱全，但在實際上矛盾重重，為爭權奪勢，置國事於不顧。以致於江河日下，國土淪喪。在另一時空裏，南明南京朝廷隻堅持了一年，而商毅自問，在這個時空裏，又能堅持多久呢？
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