盡管武昌城中的火勢息滅，但這時整個城市以經被燒毀了大半，隻有在城市的邊緣，靠近城牆附近的一些建築房屋才得以保全下來。而越是靠近城市的中心，就燒毀得越是慘重，由其是中心的兩條主街，和楚王府的所在地域，是西軍點火的地方，幾乎徹底燒光，隻剩下一堆還散發的騰騰熱氣的廢墟瓦礫。
而武昌城中，本來有二十餘萬居民，然而到了現在卻不足五萬，其餘全都葬身於火海之中。整個空氣中也充滿了嗆人的焦糊、腐臭味道。既使是聞慣了戰場上的硝煙硫磺味道，商家軍的士兵們也覺得受不了，不少人都嘔吐了起來。
在未來幾個月以內，武昌城裏是不能居住了，好在城外還有不少村莊城鎮，西軍在撤退的時候，隻是搶掠一番，還來不及放火，因此也空出了不少房屋，商家軍又搭建了一些帳蓬和簡易窩棚，免強能讓幸存的百姓都住下了。好在現在才是八月上中旬，天氣還不算冷，百姓們還能免強支撐。
雖然士兵和百姓都安置下來，但在火災中受傷的百姓多達數千人，絕大部份都是燒傷燙傷，有許多人的傷勢都非常嚴重。而這個時代對燒傷燙傷的治療手段不多，同時商家軍也缺少醫生和藥材，盡管現有的醫生都竭盡了全力，但在毎天都有人不治而亡。再加上幾乎所有幸存的百姓都有家人葬身在火海中，因此毎天都能聽到百姓的啼哭聲音，整個營地，都十分淒慘。
看著這一番地獄般的情像，商毅也不禁苦笑不止，武昌城可以說是徹底破毀滅了，想要重建的話，至少也需要三五年的時間，同時還需要花費大量的人力、物力、財力才行，至於說完全恢複元氣，那還不知道要等多久，十年，二十年都有可能。而自己原來想以武昌為核心，建立根據地的想法，恐怕也難以實現了，而沒有了武昌府，漢陽府也失去了依仗，難以大用。
那麼自己下一步怎麼辦呢？是取襄陽府還是取長沙府。不過商毅清楚，無論是襄陽府還是長沙府，都無法取代武昌府的優越條件。這才真是叫人算不如天算，想到這裏，商毅心裏也不禁對張獻忠充滿了憤怒。這時他穿越到這個時代之後，除了對清軍那次入關奔襲之外，第一次如此的憤怒。因此才對周少桓下達了追擊張獻忠，死纏不放的命令。
但現在也沒有別得辦法，商毅又下令，將商家軍的所有人馬和物資都轉移到長江以東來，一方麵是便於集中管理，另一方麵也是救濟幸存的百姓。同時又寫信給廬州的吳甡，催促他快把答應自己的物資送來，另外還要他再準備一批救濟百姓的糧食、物資和藥材。
而百姓們雖然都十分傷心，但對商家軍卻都十分感激，可以說如果沒有商家軍，就算自己能夠逃出火海，也隻有凍死、餓死一條路，那些像現在，好歹還有個安身之地，能夠吃到裹腹的食物，傷員也有人在救治，在大明朝幾曾見過這樣的軍隊，因此百姓們對商家軍的態度非常親切。而商家軍仁義之師的大名，也進一步在江南地區流傳開廣出來。
就在這時，周少桓派人回報商毅，二團在樊口附近追上了西軍的斷後部隊，雙方又激戰一場，結果二團又一次把西軍打得大敗，不僅趁勢奪取了樊口縣，而且周少桓帶兵追擊，一路上連續追殺西軍，一直到了鐵山附近，直到遇上西軍的接應人馬，才算是收住了腳步。不過周少桓也怕自己弧軍深入，不敢停留，隻好又撤回到樊口縣，同時也打探清楚了，張獻忠的大軍這時退到了大冶縣暫時駐紮。因此又派人向商毅報告。
這時吳甡拔調給商毅的二萬石糧草和其他物資也送到了武昌府來，而且商家軍的物資、鋪兵，後勤、俘虜也都相繼到達了武昌，糧食和基本的生活物資，暫時都得到了保障。差不多同時到達的，還有從穆陵關運來的第二批物資，這次沒有糧食，幾乎全是彈藥火器，僅手榴彈就達到五千顆，而各種霹靂火箭也達到兩百個。商家軍也重新裝備齊全了。
不過加上漢陽府一戰抓住的俘虜, 現在商家軍的俘虜以經達到了八千多人，又加上現在的四五萬百姓，而打下武昌府之後，連一點物資都沒有勞著，雖然現在有了二萬石糧食，但連兩個月都支持不到，雖然商毅也十分頭庝，但也不能放任這些老百姓不管，因此也這能這麼先對付著。
好在西軍的俘虜明顯比闖軍的俘虜老實得多，因為西軍中有大半都是剛入夥才幾個月的士兵，先前都是農民，膽子還沒有練出來，而且在戰場上見識了商家軍的火銃，也是打心眼裏害怕，因此從一開始起就綿軟得多，不過商毅依然按照對待闖軍俘虜的方式那樣，先互相揭發，找出頭目，一率處死，給俘虜們一個下馬威，然後將剩下的俘虜進行分配編組，開始強製改造，現在俘虜們的任務就裏清理武昌城中的殘骸。