同時商毅還有一個打算，就是想從俘虜中招集一部份補充到商家軍的隊伍中來，擴大兵源。這種做法在曆史上經常可見，漢光武帝劉繡就曾招降過赤眉軍，而唐太宗李世民也招收過瓦崗軍。因此商毅寧可走一條路更為艱難的道路，那就是強製改造。
強製改造首先就要對俘虜們有震懾力，同時也不是對所有人都效，有一部人過去本身就是無業遊民、地痞無賴，甚致是兵痞出身，怎樣改造也是改造不好了。
因此商毅首先下令，對受傷的俘虜進行治療，這也是對俘虜們作出一個姿態，表示商家軍不會殺光他們，否則也就沒有必要給他們治療了。
而接下來，就是要把俘虜中的各級軍官都找出來，因為能在闖軍中出任軍官的，基本就是造反心最徹底的一批人，而且他們在俘虜中還有一定的號招力，也是最不穩定的因素，因此必須把他們除掉，不僅是淸除不安定因素, 而且也是殺一敬百。而找出軍官的辦法到也簡單，就是讓俘虜們互相揭發舉報。而且舉報者有獎，不僅可以單獨關押，不用怕被別人報複，同時將每餐的夥食也從三兩飯提升到四兩飯。
事實證明，中國人的窩裏鬥絕對是有曆史傳統的。這個命令一經頒布，在第一天就有五個俘虜進行了舉報，一共舉報出七名軍官，有一個俘虜就舉報了三個人。其中居然還有一個右英武將軍，混在俘虜裏有幾天了，可是一條不小的魚。
而就在當天，這五個人就被提走，另行關押，但吃飯還是在一起，而其他俘虜也都能看見，這五個人碗裏的飯明顯比自己的要多。由其是那個舉報了三人的俘虜，商毅當看眾俘虜的麵，將一大塊三四兩重的肉放在他的碗裏。作為特殊獎勵。雖然隻是一塊馬肉，但對連續幾天都隻能吃個半飽的俘虜來說，卻絲毫也不亞於一份美食，那名俘虜也吃得津津有味。也看得其他人饞涎欲滴。
有了這五個人的例子，舉報活動一下子就變得湧躍了起來，第二天居然有二十七人檢舉，一共舉報出四十二個大小將領，有一個俘虜舉報最多，一個人舉報了六個。還有兩個本身就是頭目，居然也跳出來舉報別人，結果自己反而被其他人給舉報了出來。而被舉報出來的闖軍將領也知道自已怕是凶多吉少了，因此也不能便宜別人，把一些還沒被舉報出來的將領也給揪了出來。結果隻用了三天的功夫，就舉報出了六十三名大小將領。
就在第四天，商毅下令，將這六十三名大小將領，當著所有俘虜的麵，全都斬首。也給這些俘虜一個巨大的震懾力。
隨後，商毅向俘虜公布了俘虜的紀律，大原則有四條：一是絕對服從命令，不許有任何違抗；二是不許逃跑，老老實實接受勞動改造；三是禁止俘虜之間互相打鬥。四是如果在改造期間，表現良好，可以得到一定的獎勵，甚致有可能被釋放，並分給田地耕種。而其他細則，一共有十三條。
具體的辦法是積分製，每個俘虜毎天參加固定的勞動工作，都會得到五分的積分，但飯食都將在積分中扣除，一餐要扣除一分，當然如果想吃肉、喝酒，也能用積分來換取，包括一些生活用品，毛巾、杯子、碗、衣服，床被也都能用積分來換取。如果是商家軍安排不用參加勞動工作，毎天也可以獲得兩分的積分。但如果是因為自己生病，或其他事情請假未能參加勞動，將沒有積分，一但積分被扣光了，那就沒有飯吃，隻能餓死。
另外如果違返規定的紀律，相應都會扣除不等的積分。而如果俘虜有特殊表現，也會獲得額外的積分做為獎勵。比如這次檢舉軍官，毎舉報了一名，就可以獲得十分的獎勵，那名一口氣舉報了六名軍官的俘虜也就一下子獲得了六十分的獎勵。同時將俘虜的積分分為五個檔次，每個檔次都能享受一些不同的優惠侍遇，並且在以後的編組分隊，將由積分靠前的人出任組長隊長。
而最後一點，也重要的一點就是，如果有人積滿了三千分，就可以獲得釋放，並發給十畝田地耕種。
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