騎兵營為全騎兵編製，每名士兵配兩匹戰馬，作戰時會根據戰事的需要，臨時編入所需要的其他各團中或著獨立作戰。而偵察營也會根據戰事的需要，分散為連排單位，向其他各團提供偵察人員。
當然目前穆陵關的火炮和火槍數量都不足，隻能一個一個團來實現，計劃將在這一年內逐步補充齊全。這樣毎個團將擁有火槍一千八百支左右，超過全團半數，這也是商毅所希望達到的目標，未來自己的軍隊，將是以火器為主要武器。
因此商毅也要求孫和鼎立刻擴大槍炮房的規模，至少要達到每月製造火槍三百到五百支，火炮十到二十門的水平。同時也要求火藥作坊和木工作坊，加緊製造火藥、車輛等。
同時商毅又重新製定了軍官士兵的餉銀標準，士兵被分成三個等級，分別為初級列兵、中級列兵、高級列兵。每月的餉銀分別為三兩、四兩、五兩白銀。班長是八兩、副班長七兩，排長十二兩、副排長十兩，連長為十八兩、副連長十六兩，營長為二十四兩、副營長二十一兩，團長為三十兩，副團長、團參謀二十七兩，文書十兩。
當然士兵的餉銀支付也是在十兩白銀以內，可以自選是白銀或是米支付，毎石米拆價按二兩白銀計算，超出十兩白銀的部份，一率用白銀支付。另外士兵所分到的田地的租金，則是全以白銀支付。
而士兵的等級劃分，暫時以從軍時間長短為標準，現在穆陵軍的士兵大體分為三類，一是從民團時代是跟著商毅的士兵，這批士兵從軍的時間最長，訓練最係統也最嚴格，經曆的戰鬥也很多，經驗也最豐富，同時也最受商毅信任，這批士兵現在一共有兩千四百多人，新編製的班長、排長等中下級軍官有很多都將從他們中間選拔，而其餘的也全部都提升為高級列兵。
第二類是在商毅守衛穆陵關時陸續招募，這批士兵從軍的時間也不短，經曆過一段時間的嚴格訓練，基本都參加過與清軍的曆次作戰，也有相當的作戰經驗，除了少數立下過一定功勞的士兵提升為高級列兵，其餘全定為中級列兵。
第三類就是在守衛濟南府時，從難民中招募，也包括一部份原來的青州兵，這類的人數最多，有一萬二千多人。都經曆過濟南戰役，也算見過大陣仗，但訓練時間不長，基礎普遍不足，因此還需要一段時間的嚴格訓練，他們全定為初級列兵。
士兵的分級暫時就是這樣確定，商毅本還打算引入後世的士、尉、校、將的軍銜製度，但目前的條件還不允許他這樣做，因此也暫時隻定了士兵的三個等級。而低級的士兵可以通立戰功，或者是通過測式，升級為中高級的士兵。商毅規定毎年都會舉行一次士兵等級測式，考核通過的士兵，都可以得到晉升一級的機會。
而商毅對軍隊又做出了另一項大的改變——就是取消了自己軍中的跪拜禮節。
來到了這個時代之後，商毅最反感和最不習慣的就是下跪叩頭禮節。因為做為現代人，商毅除去在極少數特殊時候，比如祭奠去世的先輩、英烈，或者是結婚慶典這種場合，在其他時候，對無論是什麼原因的下跪行為都非常排斥，無論是自己給別人還是別人給自己下跪，或者是看到別人給別人下跪，都很不適應。
在商毅看來，下級對上級下跪，絕對是一種不正常的關係行為。雖然在目前，有些時候他也不得不對別人曲膝下跪，但至少可以取消在自己軍隊裏的跪拜行為。於是將所有的下跪禮節改成了行軍禮。而且還是采用立正站好，右手四指伸直並隴，斜指在太陽穴邊的後世的軍禮。同時也規定，下級給上級敬禮之後，上級必須還禮。
對於這一點，穆陵軍的眾將都覺得非常意外，因為在他們的觀念裏，下級給上級下跪，是天經地義的事情。不過商毅取消下跪，隻是在本軍隊中，而且耍說有受損的，反而是商毅自己，既然商毅這麼決定，其他人也隻有尊行了。
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