加爾文的改革徹底改變了日內瓦人的政治、宗教和道德生活，他強烈攻擊專製主義、暴虐政治，但又堅決反對暴力鬥爭，主張一種貴族政體與“溫和的民主”相結合的折衷主義。加爾文製訂《日內瓦法規》，強調日常生活的宗教意義，譴責散漫、輕浮，並通過政府強製取締賭博、跳舞、酗酒、奇裝異服、賣淫等，違者被判刑或驅逐出境。加爾文嚴禁信徒自由選擇教會和自由研究教義，公開支持教會與國家共同鎮壓異端，在這方麵他的所作所為絲毫不比羅馬天主教會遜色，許多優秀人物被加爾文親自批準處死或放逐，在1541—1546年間被處死者58人、被放逐76人，而當時日內瓦居民僅1.6萬人。西班牙人文主義者、自然科學家塞爾維特因反對三位一體教義也在1553年10月27日在日內瓦被處火刑燒死，他原是加爾文的朋友，曾給加爾文寫信勸說支持推翻三位一體教義，加爾文卻通過一位朋友向羅馬教會告發塞爾維特，因此，塞被判火刑，在行刑前從監獄中脫逃，結果鬼使神差地逃到日內瓦。在加爾文一次講道中被發現逮捕，經兩個月審訊、監禁，最後被加爾文堅持下處死。加爾文派1555年完全控製了日內瓦。加爾文於1559年創辦日內瓦學院——日內瓦大學前身，它培養的牧師派往歐洲各地。加爾文因此被稱為日內瓦的教皇，日內瓦也被稱為新教的羅馬。加爾文於1564年5月27日逝世於日內瓦。著作刊有《加爾文全集》52卷。
加爾文接受了路德的一些基本教義：因信稱義、聖經權威、廉儉教會(僅保留洗禮與聖餐兩種禮儀，他的聖餐觀點介於路德的“臨在說”與慈溫利的“紀念說”之間，可稱為“聖靈感召說”，他認為聖靈作用於我們的內心，使我們明白了救贖、成義、成聖、永生和各種基督賜給的恩惠)和“天職觀”(加爾文稱為“主的呼召”)等。但加爾文也有他自己的獨特內容：
①預定論。這是加爾文學說的核心，它以路德的因信稱義為基礎，結合保羅和奧古斯丁的預定論演變而來。他認為上帝以其絕對的、不可改變的最高意誌對世人進行揀選，被選中者即是上帝的選民，否則就是棄民，要受永罰。他理解的“選民”與祈禱、善功、修道等完全無關，完全是上帝的恩惠。他認為信徒所做的隻是榮耀上帝與證明自己是選民，這可以從事業成功、百事如意、道德高尚等體現出來。他鼓勵信徒們要有百折不撓的精神。馬克斯·韋伯認為這是加爾文宗禁欲主義倫理觀的理論依據，它體現出資本主義精神。恩格斯說：“加爾文的信條適合當時資產階級中最勇敢的人的要求。”加爾文把資本主義原始積累時期的社會分化、商業競爭的成功與失敗的社會現實加以神化，鼓勵追求財富，同時又要求破產者、社會下層等服從上帝的安排。
②教會觀。加爾文主張教會應監督國家(路德把教會交給世俗諸侯管理)與家庭，他以自己的宗教思想改造社會，使社會基督教化，建立政教合一的神權共和國。加爾文宗有信徒4000多萬，分布於80多個國家。1843年傳入中國。
加爾文的影響遠遠超出了日內瓦。他的著作及在日內瓦建立教會模式，日內瓦學院和他經常與別人的通信，培養了法國、尼德蘭、蘇格蘭的新教和英國的清教徒，他的影響滲透到德國南部、波蘭和匈牙利。加爾文的學說是尼德蘭和英國資產階級革命的理論武器，他的倫理觀孕育了資本主義精神，促進資本主義在西歐乃至世界的發展。