德佑朝廷、袁世凱都接受了華東政*府和英法等國的調停，雖然奉德朝廷不甘心，畢竟以現在占據的地區為界實行停火，奉德朝廷的損失最大，因為奉德朝廷現在實際就隻有福建一個省，而且福建的地方本來也不大，這時己被袁軍攻占了邵武府，還有建寧府、延平府、汀州府的部份地區，因此如果是以現在占據的地區為界實行停火，奉德朝廷自然吃了個悶虧。
當然奉德朝廷的日本顧問心裏明白，這實際是英法等國有意要修理奉德朝廷，實際也就是打德佑朝廷的靠山日本的臉。但現在的大局己定，如果奉德朝廷不接受調停，結果隻能獨自麵對袁軍的進攻，而以現在奉德朝廷的實力，根本不可能是袁軍的對手，至於日本出兵幹涉，也就是那麼一說，其實誰都明白，這是根本就不可能的事情，因此也隻能忍下這一口氣，接受了這個結果。
三方都接受了調停，南方戰爭自然就結束了，袁世凱無疑成為戰場上的勝利者，不僅自己控製的地區都收複回來，並且占領了湖南看的彬州和長沙府的部份地區，福建省的邵武府、汀州府的大部份地區，建寧府、延平府的部份地區，合計大約有5萬多平方公裏的地區，人口約有百萬餘眾。不過袁世凱自身損失是，陣亡士兵5000餘人，受傷8500餘人。另外還俘虜了德佑、奉德的戰俘約15000餘人。
而德佑朝廷陣亡士兵35000餘人，受傷20000餘人；奉德朝廷陣亡士兵23000餘人，受傷7000餘人。
不過戰爭雖然結束，但中國南方的和平局麵卻被徹底打破，三方都抓緊這休戰的時間，擴軍備戰，準備下一次戰爭。
德佑朝廷在英法等國的支持下，首先平複了新進勢力的奪權行為，然後重新招兵擴軍，計劃編製12個鎮、6個協的軍隊，共計約20萬軍隊，其實德佑朝廷治下的人口接近1個億，編製20萬軍隊當然不算難事。隻是現代軍隊隻有人是遠遠不夠時，還需要武器彈藥、步槍火炮等，雖然德佑朝廷治下的人口、地盤都不少，但工業基礎十分薄弱，除了湖南還有一點近代工業企業之外，其他地區基本就是一片空白，因此軍隊的武器裝備幾乎全部都要向英法等國購買。
而要購買20萬軍隊的武器裝備，所需要的資金自然不會是一個小數目，而德佑朝廷治下的地盤雖大，但財政收入主要是靠農稅，雖然四川號稱“天府之國”，但朝廷的收入依然是有限的，何況南方戰爭己經耗資巨大了，因此現在德佑朝廷根本拿不出這筆錢來，隻能選擇加稅。
如果說德佑朝廷還能免強維持，奉德朝廷就是隻能苟延殘喘了，畢竟就這麼大的地方，還被袁世凱占去了不少地區，就是有天大的本事，也是巧婦難為無米之炊。不過也不能就這樣躺平了，多少還要掙紮一下，軍隊自然是要重新招募整編，重振旗鼓，而需要的武器彈藥等還要向日本購買，而組建軍隊的錢從那裏來，也隻能加稅了。
當然，在英法等國的勸告下，奉德朝廷最終還是選擇和德佑朝廷聯合，取消了皇帝的名號，由德佑朝廷策封溥儁為奉德親王，永守福建，在名議上向德佑朝廷稱臣，最終實現了兩溥的聯合。
兩個朝廷都在積極的擴軍備戰，袁世凱自然也不能閑著，雖然他是這次南方戰爭的最大蠃家，但其實也贏得很險，而且以後自己要同時麵四川、福建兩個方麵的進攻，因此擴充軍隊也成了當務之急，於是袁世凱決定，將自己的軍隊擴編成8個鎮，6個協，總計兵力約15萬左右，當然這次戰爭中俘虜了15000餘對方的士兵，也都編入新編製的軍隊中，畢竟這些俘虜都是經過一定的軍事訓練，又經曆過戰場，也算是老兵了，可以很快就上手。
另然當然是武器，袁世凱十分清楚，如果要拚人頭，自己肯定是拚不過德佑朝廷，因此隻能走精兵路線，給自己的軍隊配備更好的武器，這次戰爭能蠃，自已的軍隊有更好的武器，更強大的火力，也是一個重要的原因。
隻是精兵都是拿錢堆出來的，而袁世凱的地盤雖然經濟較為發達，但畢競太小，因此為了組建精銳軍隊，袁世凱也同樣采取加稅的手段。