這個計劃的優點仍然是在城外作戰，作戰空間、回旋餘地大，而且頤和園的駐軍遠比北京要少，以特種部隊的戰鬥力，還是有相當大的把握；但缺點也十分明顯，首先是頤和園也是極具價值的皇家園林，一但受戰火損傷，也是極大損失，而且頤和園的範圍太大，隻靠800多人的特種部隊，基本不可能完全圍困，隻能守住幾個關建節點，但這樣一來，就給清軍留下了不的空間，有一定的機率是能夠突圍成功的。
在這三個作戰計劃之中，參謀部和特種部隊的指揮部進行了反複研究和比較，還組織了幾次推演，最終確定優先選擇第二計劃，第三計劃做為備選，而放棄第一計劃，同時又和安全部協商，對第二計劃進行了一定的修訂，即可以在從北京到頤和園之前準備幾個臨時據點，讓部隊先進駐臨時據點，這樣也可以增加攔截的成功率。
當然除了阻止慈禧、光緒出逃之外，在正麵戰場上，華東政*府也完全做好了戰鬥的準備。這次作戰，將投入個野戰軍，共計約1萬兵力，分別從東、南、西三個方向，對北京城區進行合圍。
東麵由中部軍區第11野戰軍負責，從津出擊，沿津京鐵路前進，直搗北京；南麵由西南軍區第1野戰軍負責，由河北順德府出擊，沿正定府、保定府、涿州一線，一路北進，在北京與11野戰軍彙合，對北京形成合擊之勢；西麵由西北軍區第5野戰軍負責，由潞安府出擊，沿太行山一東麓進擊，攻占宣化府，切斷北京與山西之間的聯係，阻止從北京向山西逃撤。
東北軍區按兵不動，負責監視俄軍的動向，因為這時間俄國顯得十分活躍，因此有必要防著俄國一手。
另外在南方，華東政*府也有軍事行動，這條戰線將由海軍陸戰隊和東南軍區第9野戰軍負責，沿長江逆遊而上，進攻武昌府，並進而占領湖北省的長江以南地區。海軍陸戰隊負責進攻武昌府的登陸作戰，第9野戰軍負責隨後攻占湖北省的長江以南地區的任務。
現在華東政*府和清廷的東南地方勢力是以長江為界，華東政*府占據長江以北及太倉州和鬆江府兩地，清廷的東南地方勢力占據長江以南的地區。而且這一次作戰的目標是攻占北京，滅亡清廷，統一北方，南方地區並不在這一次的作戰計劃之中。
但南方遲早也是要占領的，華東政*府不可能接受以長江為界的南北分治，因此軍委認為，這一次作戰，在南方也應搞點動靜出來，至少在長江以南的地區占據幾個要點，一是打破清廷的東南地方大員們南北分治的幻想；二是為將來華東政*府向南方進軍時，在江南地區有幾個可靠的支點，不必再進行渡江作戰。
軍委選擇的目標是武昌和南京，這是長江沿線上兩個最重要的城市，一但華東政*府控製了這兩個城市，再加上己在華東政*府手裏的太倉州、鬆江府，三點聯成一線，華東政*府將可以徹底控製長江的中下遊江段。
軍委將這個作戰計劃提交給行政院，而經過慎重的考慮之後，行政院基本認同這個計劃，但認為南京是袁世凱的地盤，現在華東政*府和袁世凱的關係還不錯，暫時也沒有必要破壞，因此將南京從這次的作戰的目標中刪除，隻留下武昌府，同時決定將作戰範圍擴大到湖北省的長江以南地區。
因為這次作戰的主要目地是在長江以南的地區占據幾個要點，為將來華東政*府向南方進軍作準備，占領了湖北省的長江以南地區，也基本達到這個目標，占不占領南京，作用並不是太大，而且湖北省位於長江中段，東鄰安徽，西連四川，西北與陝西接壤，南接江西、湖南，北與河南毗鄰。自古以來就是東西南北的折衝要路，戰略重地，因此占領了湖北省全境，可以作為華東政*府將來向南方進軍的總基地。
另外在張之洞任總督的時候，曾興建了一大批近代工礦企業及學校，雖然在華東政*府看來，水平十分落後，但在整個中國來，己算是很先進，至少也能算有一定的近代工業、教育基礎，還是有很大的價值。
現任的湖廣總督是趙爾巽，湖北巡撫是端方，華東政*府和他們可沒什麼交情，因此攻占湖北省也完全沒有什麼顧忌的，可以放手去做。