根據事後的統計，這次衝突中，參與的美國大兵共計有32人，死亡3人，重傷8人，輕傷15人，被捕17人；而參與的日本民眾己無法完全統計，大約在1000人左右，死亡11人，其中有7人實際是在受傷之後，又遭到踩踏而身亡，另外重傷41人，輕傷276人，大部份都是因踩踏受傷的，被捕人231人。同時還有22家店鋪遭到不同程度的損壞。
對比20餘年前北洋水師訪問日本時發生的長崎事件，這次衝突的規模更大，並造成了大量的人員傷亡，還有人身亡，而且事後所造成的影響力也要遠遠大於20年前的那次事件，因此後來的曆史文獻中，將這次事件稱為“第二次長崎事件”。
衝突毆鬥雖然被警察製止，但日本民眾憤怒的情緒卻不可能平息下來，當天下午，就有近萬名民眾來到長崎海軍基地前抗議，而抗議的對像居然不僅僅是美國，而且還有華東**，因為在有的傳言中，是華東**的士兵當街鬧事，並毆打、殺害了日本人，因此在基地前抗議的日本人要求嚴懲美國和華東**。
這時日高壯之丞也是頭大如鬥，沒想到自己千防萬備，華東**這邊到是沒出事，但美國士兵卻給自己捅了一個大蔞子。
而且就在這時，美國艦隊的指揮官斯帕雷上岸來麵前日高壯之丞，向他提出了嚴正的抗議，指出美國士兵是上岸遊玩、購物，並未違返任何日本的法律，也沒有做任何過激的行為，卻無故遭到暴徒的圍毆，並造成了人員傷亡，這時還有人被警察逮捕，這是對美國嚴重的挑恤行為，艦隊要求日方嚴懲肇事者，對美國士兵做出賠償，並立即釋放被捕的美國士兵，同時艦隊己將此事通告美國**以及美國駐日大使館，將由他們對日本進行外交的交涉。
原來逃回基地的美國士兵將事情的經過告訴給斯帕雷，美國艦隊的指揮人員頓時都大怒，認為這完全就是一起針對美國士兵的襲擊行動，本來美國人就看不起日本，現在日本人居然還敢無故的攻擊美國士兵，並且還抓捕了17人，這還得了，於是斯帕雷立刻下令，16艘戰列艦全都做好戰鬥準備，然後親自上岸來找日高壯之丞，向他提出抗議與條件。
其實到這個時候，日高壯之丞也己經基本了解了整個事情的經過，因為長崎地方警察局抓到美國士兵之後，也知道事態的嚴重性，到是不敢隨意審訊美國士兵，但對抓住的日本人卻可以審一審，而被捕的日本人也是眾說不一，有的說見美國士兵當街打人，有的說是美國士兵搶劫，還有的說是華東**的士兵在作惡，並一口咬定和自己毆鬥的是華東**的士兵。
不過審問的警察畢竟是有經驗的人，會說不如會聽，在連審訊了數十人之後，大體也明白事情的經過，因為抓捕的人員中有不少是在警察局備案的極端激進社團成員，這次訪問期間，這些社團都遭到警察局的嚴密監視，就是怕他們鬧事，結果還是百密一疏，讓一個不起眼的小社團鑽了空子，而且還鬧出了這麼大的事情。隻不過既沒有抓捕到華東**的士兵，在死者當中也沒有發現華東**士兵的屍身，因此不能確定有沒有華東**的士兵參與。
警察局的負責人也不敢怠慢，畢竟是外交事件，而且抓到了17名美國士兵更是燙手的山芋，關也不是，放也不是，於是趕忙來見日高壯之丞，向他報告事情的經過。
而日高壯之丞一聽，比警察更明白是怎麼回事，因為他十分清楚，日本民間對華東**的敵視態，因此有人憋著在岸上逮住幾個華東**的士兵打一頓，一點也不足為奇。但這次來訪的華東**艦隊紀律嚴明，一直都嚴禁士兵上岸活動，更不要說是上街，而且華東**的4艘軍艦並未靠岸停泊，而是在港口中下錨，上岸需要用小艇接送，因此也基本不可能有人偷偷離艦上岸。這次事件肯定是和華東**沒有關係，要麼是日本人把美國人當中國人打了，要麼是找不到中國人，隻有拿美國人撒氣，當然後一種可能性更大一些，畢竟中國人、美國人還是很好分辯的。
不過知道事情的真像是一回事，但怎麼處理就是另外一回事了，因為現在事情鬧得太大，死人都死了十幾個，要是日本人，死了也就死了，但偏偏還死了三個美國人，確實不好收拾，老實說這己經不是日高壯之丞這個級別的官員所能夠處理的了，因此麵對斯帕雷的抗議，日高壯之丞也隻能表示，現在自已己經沒有權力處理這件事情，隻能由兩國**來協商解決。