紀律監察處，處長是嶽陽艦政委蔡寧，主要職責是負責對軍隊的紀律、作風、行動、執行任務等進行監督、檢查，推進依法治軍、從嚴治軍，防範和查處軍隊違法犯罪活動，並向軍委各機關部門和戰區、軍區分別派駐監察人員，發揮監督監察作用。
軍工技術研究室，主任是太湖艦政委丁興華，主要職責是加強國防科技戰略管理、研究，推動國防科技自主創新，協調推進科技領域的軍民融合發展。
審計署，主任是懷化艦政委鄔煜暉，主要職責是履行軍隊的財務審計監督職能，組織指導全軍審計工作。
機關事務管理總局，主任是襄陽艦政委李超，主要職責是統一負責軍委機關及有關直、附屬單位管理保障工作，加強資源的統籌管理和使用，減少保障機構和人員，提高管理和保障效益。
軍事情報處，主任三亞艦政委夏傑 ，主要職責是收集其他各國的軍事情報，武器裝備，軍事動向，為軍委決策提任情報依據。
從總體來看，各部門機構的負責人有兩個特點，一是以出身海軍的負責人居多，隻有陸軍部的負責人諸亞平是陸軍，這也符合穿越軍隊的情況，嚴格來穿越軍隊全部都是海軍，沒有陸軍；二是以政工幹部居多，12個部門機構中，除了總參謀部、海軍部、陸軍部、後勤保障部，其餘8個部門機構全部都是由各軍艦的政委、副政委擔任負責人，這主要是因為各軍艦的艦長、副艦長都要儲備起來，擔任未來的軍艦或者是艦隊的指揮官。
而6大職能部門，6個直屬機構的成立，讓軍事委員會的結構、職能、組織趨於完整，職權責任分工明確，也更有利於以後人民軍的建設。當然，這一次完善的隻是軍委的內部組織構成，而外部如陸軍各軍區、戰區，集團軍；海軍各艦隊、分艦隊、支艦隊等現在還沒有規劃確定，不過軍委的基本構架到是完全搭建起來，因此以後可以慢慢的進一步完善。
隨後軍事委員會又下達了三個軍委令。
一、要求全軍加強對部隊的日常紀律管理和戰鬥戰術訓練，由其不能放鬆細節管理，還要加強本土士兵的思想和文化教育工作，提高士兵的綜合素質，從中發現培養可造之材，同時各團級領導需要加強對部隊的監督檢查，一定要嚴格要求，不能流於形式，而且軍委也會不定期對各團展開抽查。在今年年底，軍委將舉行一次全軍大比武，以檢查各部隊的訓練成果。
二、是成立軍官培訓班和政工幹部培訓班，對排、連、營級軍官和政工幹部進行崗位、工作的培訓教育。軍官培訓班和政工幹部培訓班不僅是麵對穿越戰士，同時也對本土的軍人開放，因為目前排一級的軍官已經全由本土軍齲任，少數表現優秀的本土軍人己經晉升到連級軍官，因此對他們的培養也不能輕視。
三、是在一、二、三團試推行士兵委員會製度。因為這三個團是成立較早，老兵居多，士兵的素質和思想也都有一定的基礎，另外這三個團裏的連級軍官己經開始由本土士兵擔任，而穿越戰士要麼晉升到營級軍官，要麼轉到新部隊的任職，不在對基層進直接控製，因此在這三個團裏施行士兵委員會製度，一來是加強軍隊基層的管理，並且看一看本土士兵的自我管理能力；二來也是為施行士兵委員會製度積累經驗，以後可以推擴到全軍。
按照軍委的規定，士兵委員會以連為單位，由每個班各推選出一人（非軍官）為士兵委員，組成連士兵委員會，並選出連士兵執委一人，副執委一人，並參加營士兵委員會。一但士兵委員升任軍官，將自動取消其士兵委員的資格，另在班中選其他人增齊。而營士兵委員會不設專職執委，是由各連士兵執委輪流擔任。
士兵委員會的責任是：一、參加軍隊的日常管理，二、維持軍隊紀律，三、監督軍隊的經濟情況，四、作群眾運動，五、協助政工幹部作士兵政治教育；各連、營士兵委員會有定期開會的自由，並有監督批評軍官的權利，各級軍官均不得幹擾士兵委員會會議。士兵委員發現部隊中有違反紀律者，無論士兵還是軍官，均可以在連、營士兵委員會上報告，並由連、營士兵執委彙集向團部報告。
不過為了防止軍隊中出現極端民主化和平均主義思想，因此士兵委員會隻有監督權而沒有執行權，對違反紀律者隻能舉報，處罰決定則應由相應部門執行；士兵委員會無權討論軍委的決定，以及部隊的訓練、軍事行動等重大問題；在戰爭期間，團部可下令暫時停止士兵委員會活動。