而且就在山縣有朋收到45師團被人民軍擊敗的消息之後不到2個時，人民軍的海上打擊也來了，人民軍出動了一腹以兩艘戰列艦、兩艘裝甲巡洋艦為核心組成的艦隊向東京灣發動了攻擊，好在是日本早己經加強了海防，加上又有兩艘裝甲巡洋艦的協助，總算是擋住了人民軍艦隊的進攻，海岸擊戰了3個多時之後，人民軍艦隊向南方撤退了。
雖然日本對戰爭進行了選擇性的報道，隻宣布了擊敗人民軍艦隊的海上進攻，而將45師團被人民軍擊敗的消息進行了隱瞞，但山縣有朋還是放棄了反擊人民軍的作戰計劃，畢竟沒有了45師團的牽製，山縣有朋也對主動出擊，擊敗人民軍失去了信心，不敢冒險，而且現在日本也沒有冒險的資本。不過現在日本的軍隊守住東京，還是有相當的把握。
而且山縣有朋還是製定出了一個新的作戰計劃，就是等待著人民軍再次向守穀發動進攻，這樣日軍一邊駐守陣地，一邊派遣軍隊繞到人民軍的側後方，威脅人民軍的後路，這樣還是兩線夾擊，力爭擊敗人民軍，或者是逼迫人民軍主動從海上撤退。
不過山縣有朋一連等了5的時間，人民軍並沒有向東京再次發動進攻了，而這此其間，又有1個師團趕到了東京增援，使東京地區的日軍總兵力達到12個師團，山縣有朋能夠直接指揮的軍隊就有11個師團。軍隊多了，山縣有朋的底氣也足了不少，於是決定試探著向人民軍發動一次進攻，結果發現石岡竟然隻是一座空城，人民軍顯然是放棄了石岡，於是日軍兵不血刃就收複了石岡。
而山縣有朋得報之後，也立刻感覺到情況有異，幹是立刻派冉水戶一帶打探人民軍消息，結果竟然發現人民軍己在一以前，就己經全部撤離了水戶，走得一幹二淨。
得知人民軍己經撤湍消息，日軍上下都興奮異常，雖然隻有短短的10時問，東京的居民、**、皇室都承受了巨大的壓力，而威脅也終於徹底解除了，不管怎麼，日本取得了保衛東京最終的勝利，緊張的情緒立刻得到了宣泄，有不少人都上街頭狂呼慶賀，皇甚致打算舉行一個盛大的慶典，來慶賀這次勝利，
但隻有山縣有朋一個人覺得這次的戰鬥有些不對，因為現在回想起來，這場戰爭有很多不合理之處，從常理來，人民軍在水戶登陸之後，要麼在水戶建立穩固的立足點，以作長久之計；要麼就是立刻進攻東京，速戰速決。
結果人民軍兩樣都沒有做，登陸的第三才進攻石岡。如果進攻石岡是由於軍隊海登陸，耽誤了時間還情有可原，但在人民軍在攻占了石岡之後，並沒有立刻進軍，繼續進攻東京，反而停了下來回去頭去進攻水戶周邊那珂、茨城町等地，又停了好幾才再次發動進攻。雖然攻取那珂、茨城町等地，可以是要保護水戶的周邊地區，但那是確定要在水戶固守的戰術，人民軍從登陸一開始就應該這樣做，而不是首先進攻石岡，然後回過頭去固守立足點，何況人民軍攻占了石岡之後，幾乎可以直接發動對東京的進攻，隻要拿下了東京，那麼艦隊更可以駛入東京灣，與登陸的軍隊彙合，根本就不必在意水戶的得失，因此這樣的用兵方式也太不理解了。
另外，在拖了近10的時間之後，人民軍才再次向東京發動進攻，但投入的兵力還不到3萬人，要知道人民軍這次登陸日本，共計投入了約10萬的兵力，又耽誤了這麼多，卻隻聚集了不到3萬的軍隊最終進攻東京，這無論如何也不像是要盡全力一鼓作氣突襲東京的樣子啊。如果人民軍能夠聚集5萬左右的兵力，分從兩線夾擊東京，那麼東京現在恐怕是早就己經失守了。
隻是先前由於戰爭緊急，因此山縣有朋隻想著怎麼守住東京，沒有注意到這些不合理的地方，而現在人民軍撤軍了，山縣有朋靜下心來仔細一想，發現這其中有太多的疑點了。
那麼人民軍這次突襲東京，到底是打算幹什麼呢？山縣有朋也不禁陷入了沉思鄭
這在這時，有人匆匆趕到，向山縣有朋報告，京都失守了。山縣有朋的腦袋“嗡”了一聲，這才明白過來，原來人民軍的真正用意是京都，根本就不是東京。