接下來就是最高法院的人選了，按照談判的結果，最高法院設立一名終身大法官，而終身大法官一職公議由伍廷芳出任。
接下來是國民政府政務院院長一職，按照約定，整個國民政府的組織結構第一步就是設立政務院，監察院和考試院。而其中政務院就相當於北洋政府的國務院，所以政務院院長一職十分關鍵，這也就成了各方勢力爭論的焦點。經過大家一番爭論，在王振宇妥協的基礎上，政務院最終設立院長一名，副院長一名，政務委員三名（分管財政，外交，交通，文體）。所有部門部長的提名將由這個六人組成的政務院政務會議審議，其中院長一票頂二票。審議之結果在報國民政府主席批準後，由政務院院長簽發委任。
最終贏得國民政府第一任政務院院長的是胡漢民，這被視為王振宇的重大讓步。副院長是周質雲，四位政務委員分別是葉祖文，王正廷，廖仲愷，蔡元培。
而在國民大會的問題上，王振宇終於意識到自己其實真的是缺乏足夠的政治人才，思索再三，覺得還是把國民大會這個盤子丟給章太炎和孫文他們去折騰，所以他提名章太炎為國民大會第一任議長，汪精衛和張靜江為副議長。
至於陳炯明，王振宇力主其出任監察院院長，因為這個人雖然在曆史上是個反革命，但卻是個難得的清官，剛直不二。適合讓他負責政府未來的反腐敗工作。至於考試院王振宇則不管了，主體還沒起來，這個部門都不知道該存在於哪裏？
接下來就是一些台麵下的約定了，王振宇提出了自己的幾個要求：
第一就是特別行政區概念，所謂特別行政區其實就軍事管理區，這個區域內的非民政事務都是由軍事委員會主抓的，國民政府隻有名義上的管理權，基本上無權過問。
第二就是中華開發總公司，這個涉及行業和領域十分廣泛，而且資本十分雄厚的公司的所有權也劃到了軍事委員會，國民政府隻有征稅的權力，連監管權都沒有。
第三則是銀行，在章太炎的出麵撮合下，王振宇最終選擇了和寧波幫和解。按照彼此的約定，設立五大國有商業銀行，其中湘西商業開發銀行，中華發展建設銀行，國民招商銀行為軍事委員會直屬單位。他們和即將成立的南京光複銀行，以及寧波幫為主體的上海四明銀行一起共同獲得了華幣的發行權。而這才是王振宇自認的最大讓步，誰掌握了金融，誰就掌握了國家，這是王振宇最認同的觀點。所以他必須通過開發總公司和三大銀行牢牢的掌握局麵，這樣就算那天自己意外失手下野，也還有機會重頭再來！
第四就是地方政府的問題，這一點王振宇沒有半點妥協餘地。省一級政府設立省長一職，全權負責民政事務，軍隊不幹涉，省長由國民政府提名，國民大會和各省議會雙重任命才能赴任。而各省均設立軍區，這個軍區嚴格來說不是什麼作戰單位，而是一個後勤單位，他們的工作主要是負責協調地方政府和各地駐軍的關係，負責新兵的招募，國民的動員，預備役的管理，物資的征集以及緊急情況下的特殊軍事行動。他們將和省政府一起，對各省安保總隊負有監督和指揮職能。他們的的級別和武裝動員部相比低半級，但同樣是直接隸屬於總參謀部。每個省級軍區被允許設立二個作戰單位，一個是混成步兵旅（二個步兵團外加一個炮兵營）和一個教導團。省軍區司令員級別定為少將，正師職。特殊情況允許副軍級中將。而在武漢，南京，上海，長沙等省會級城市則還要設立警備區司令部，一般警備區定位旅級單位。
考慮到在國民政府方麵收獲頗多，各方最終都接受了王振宇的這四個條件。
中華民國五年（公元1916年）四月二十五日，全體會議代表從上海移步到了南京市軍事管理委員會駐地，這裏馬上就要被劃為國民政府所在地了。大家在一係列政治協定上簽字，這就基本代表著國民政府誕生了。按照大家的約定，從民國五年五月一日起到民國十年五月一日止，這五年為國民政府督政時期，民國十年元月，在國民政府目前轄區內九省召開議員直選，真正坐到還政於民。其實這個時候約定的各方心裏都是這樣想的，天知道這個約定能不能兌現，過一天是一天吧。