而且在西班牙王國加入到了天主教同盟和新教聯盟之間的戰爭之後，葡萄牙人也被迫拖入了這場戰爭，這使得葡萄牙人在海外的殖民地受到了荷蘭人最為猛烈的打擊，特別是巴西殖民地幾乎被荷蘭人占據了大半，這種海外殖民地的巨大損失，讓許多葡萄牙貴族和商人因此而破產，這就讓葡萄牙貴族和商人漸漸成為了反對西班牙王國的主力。
這些人和普通平民不同，他們手中既握有財富、資源，也擁有著組織起反抗西班牙國王的人力和軍事上的技能。因此當這些貴族和商人從幕後走向前台之後，西班牙王國在葡萄牙的統治就有些岌岌可危了。
而且這一次葡萄牙人的獨立活動和六十年前的孤立無援不同，他們此次受到了英國人和法國人在背後的支持。法國是希望通過支持葡萄牙王國的獨立，從而打擊正在和法國作戰的西班牙王國。
至於英國人除了抱著打擊西班牙王國的目的之外，還存在著另一個目的，那就是希望葡萄牙能夠成為英國的另一紅酒供應商。
紅酒在這個年代並不屬於消費品，而是軍需品。陸軍需要紅酒提升士氣，而海軍更是把紅酒當做了船上的淡水儲備。一艘遠航的船隻上如果沒有裝載紅酒，船員們甚至會因此引發叛亂行動。
在過去，法國一直都是英國人廉價紅酒的來源地。但是隨著英法百年戰爭的結束，英國不僅失去了法國南方的土地，同時也失去了可以釀造紅酒的葡萄產區。雖然現在英法之間的關係有所緩和，但是英國人並不希望被法國人卡住自己的脖子，因此一直在尋找著另一個廉價紅酒的供應對象。
而隨著葡萄牙東北部的杜羅河穀發現適於種植葡萄之後，這就為英國人提供了一個替代法國紅酒的選擇。但是一個從屬於西班牙王國的葡萄牙王國，同樣不是英國可靠的貿易對象。西班牙王國和法國一樣，同樣是英國人的死敵，就目前歐洲發生的戰爭來說還更令英國人憎恨一些。
因此一個獨立的葡萄牙王國，顯然更適合於英國的利益。而對於葡萄牙人來說，脫離了西班牙王國，也就等於脫離了看不到盡頭的宗教戰爭，並能夠在英國的斡旋下保住自己的海外殖民地利益，自然對於獨立運動更為積極了起來。
這種獨立運動，原本對於複國委員會來說是極為歡迎的。但是今日領導國內獨立運動的裏斯本的葡萄牙貴族們，他們支持的不是遠在東方的伊莎貝拉公主或是她的兒子，而是同樣具有王室血脈的布拉幹薩公爵若奧。
這樣的獨立運動自然就不為複國委員會所歡迎了，所以之前複國委員會一直在試圖同國內的這些貴族們聯絡，想要讓他們承認伊莎貝拉公主或是她的兒子，方才是葡萄牙王位最為合適的推舉對象。
但是計劃總是沒有變化來的快，複國委員會的行動還沒展開，國內的起義籌劃就已經如火如荼的停不下來了。
葡萄牙境內如此大規模的談論獨立，自然不能不為塞爾維亞收到風聲了。於是在首相奧利瓦雷斯的建議下，西班牙國王任命了一個才幹和忠誠都不遜色於男子的曼圖亞女公爵瑪加雷特作為葡萄牙的總督，試圖進一步促進西班牙王國對於葡萄牙王國的吞並。
但是對於一個天主教國家來說，一位婦人淩駕於眾位男子之上，即便她身上流著哈布斯堡王族的血脈，這也是一種對於葡萄牙貴族們的公然的藐視。而這位曼圖亞女公爵上任之後，就大肆使用西班牙人和意大利人取代行政機構中的葡萄牙人，似乎打算把葡萄牙王國的傳統一掃而盡的做法，更是成為了壓垮駱駝的最後一根稻草。
葡萄牙貴族們的獨立運動終於向前跨出了大大的一步，他們說服了若奧公爵的妻子路易莎.德.古斯曼，讓她選擇了支持葡萄牙的獨立。同時又向若奧本人暗示，有著東方的伊莎貝拉公主在，他們並非不是沒有其他選擇，如果若奧再拒絕他們，當葡萄牙王國獨立之後，他就要被視為背叛了國家的叛國者而接受懲罰了。
若奧公爵終於表示願意考慮，於是在裏斯本，除了曼圖亞女公爵瑪加雷特和她的西班牙親信之外，幾乎每個葡萄牙人都在議論著即將到來的葡萄牙獨立。
對於國內那些支持複國委員會的人來說，這顯然是一個難以接受的噩耗，但是他們也無能為力去阻止這種大勢，隻能把關於國內貴族們正預謀起義，並推舉布拉幹薩公爵成為國王的情報傳來了果阿。而這個消息瞬間讓果阿混亂了起來，於是果阿的代理總督兼議長安東尼就通過複國委員會向總督府發出了請求幫助的要求…”