因此，朕希望這一次總參謀部能夠大張旗鼓的處理這些人員，也好看一看，到底軍隊裏還隱藏著多少看不見的敵人。
另外，總參謀部也沒有這麼多時間去慢慢處理這些問題。我們雖然同後金達成了和平協議，但是不要認為雙方之間就能永遠和平下去。大明和後金之間隻存在暫時的停戰休息時間，我們和後金是不可能共存於一個世界的，朕是這麼想的，黃台吉也同樣是這樣想的。
去年我們遭遇了前所未有的自然災害，原本是後金入侵的最好時機，隻不過後金國內也存在著極大的問題，所以雙方保持了和平。但是總參謀部應該已經收到消息，黃台吉已經理順了內部的問題，正準備重新恢複滿洲八旗的編製，那麼總參謀部就應該小心，防備黃台吉撕毀和平協議，進攻我國或是臣服於我國的藩國部族。
正因為如此，朕才希望總參謀部盡快處理掉這些問題，加強對於軍隊的控製力度，以防備任何突發性的意外。”
到了這一刻，孫傳庭終於放棄了平衡軍隊內部勢力的努力，向崇禎保證他會切切實實的把皇帝的命令貫徹落實下去。
雖然在皇帝的支持下，孫傳庭坐上了參謀總長的為止，成為了替皇帝掌握軍隊的第一人。可他畢竟不是將門出身，也同任何一個邊鎮無關，他唯一有所加成的身份，是進士出身的文官身份。
而在這個時空中，因為崇禎處理得當，陝西的流民沒有變成大規模的農民起義，加上一批意誌不夠堅定的農民軍領袖被楊鶴招安，而堅定的想要推翻朝廷的高迎祥等農民軍又被洪承疇設計圍殲，於是孫傳庭也就不需要自告奮勇的出任陝西巡撫鎮壓當地的農民軍了。
這樣一來，孫傳庭的軍事能力也就不能如另外一個時空那樣為人所知了。在現在的總參謀部和大明的軍中將領來看，孫傳庭不過是一個得到了皇帝歡心的文官，所以才讓他越過了茅元儀和袁崇煥，成為了總參謀部的第一人。
由是，孫傳庭在軍中的聲望遠不及袁崇煥和茅元儀，越是遠離京城的軍隊，背後越是不怎麼敬畏孫傳庭。在這樣的局麵下，剛接任參謀總長不久的孫傳庭自然希望能夠較為平和的處理此事，以避免地方軍隊中出現某些不可測度的變化。
但是崇禎既然在他麵前已經下了這樣堅定的決心，他自然也就把那點懷柔的心思丟在了一邊。不過雖然已經和皇帝進行了徹底的溝通，孫傳庭卻也沒有就此告退，而是站在原地猶豫了一會。
發覺了孫傳庭的小動作之後，朱由檢不由抬頭問道：“卿可還有什麼事想要同朕說嗎？”
孫傳庭馬上順著皇帝的詢問說道：“臣的確還有一件事要想陛下彙報，在臣派人前往各災區進行調查時，還發現了這樣一些問題。
各地的守備部隊受命封鎖災區各交通要道，前期災情較輕時災區的秩序還算穩定。但是後期隨著災情的不斷加重，許多災民被封鎖在家鄉，實在是餓的受不了，因此就出現了整村整鄉衝擊路卡的行動。
在這樣的衝擊路卡過程中，有些軍官和士兵選擇了放棄自己的責任，任由這些災民通過了自己把守的路卡。現在這些軍官和士兵被認為是違背了軍令，擅自放棄了自己的職責，因此軍事法庭準備對他們進行審判。
而另外一些軍官和士兵則選擇了向衝擊路卡的災民開槍，雖然他們阻止了災民衝過自己守備的路卡，但是現在則被地方上視為屠殺良民的凶手，地方百姓要求軍隊處置這些殺人凶手，有一些下令開槍的軍官因為難以承受這樣的壓力，甚至選擇了自殺。
現在這些案子也送到了總參謀部，也有許多人為他們說清，或是向總參謀部進行控訴，臣希望，陛下能夠給出一個指導意見。”
聽完了孫傳庭的彙報，朱由檢把送到嘴邊的茶盞又慢慢放回了桌麵上，他默默的沉思了許久，方才歎息了一聲說道：“不管是放人還是開槍，皆是事出有因。說到底，造成如今這種局麵的，難道不是治理這個國家的人出了問題嗎？如果要追究他們的責任，那麼誰來追究我們的責任呢？我無法給你出什麼指導意見，你回去後和眾人商議後出一個方案給我吧…”
孫傳庭一時也是無以應對，過了好一會才反應了過來，向崇禎請示告退，頗為沮喪的轉身離去了。