徐光啟一臉凝重的從燕京大學離開後，便回到了自己在北京的寓所。陳子龍等幾名弟子頓時上前問候老師，順便想要從老師口中探聽到，皇帝對於孔府一事的真實看法。
不過徐光啟並沒有理會這些弟子的問題，他令陳子龍等人將過去三年來朝廷刊發的改革政策，小學、大學課本及大明時報，都搬到了自己的書房裏，然後獨自一人在書房內翻看了半日，直到深夜才從書房內走了出來。
徐光啟當晚輾轉反側，幾乎都沒有睡去過。作為新學的領袖，徐光啟和崇禎各自對於新學的理解顯然是有區別的。雖然他一直提倡士大夫們要放開懷抱，吸收西方的學問知識，借西學來促使儒學的自我革新，但他還真沒有徹底打倒儒學的念頭。
作為士大夫中對於自然科學研究的少數先行者，他一直都是把西學當做實用技術來研究的，他認為這些實用技術能夠改善大明百姓的生活，並改變大明讀書人崇尚經義而偏廢實學的風氣。
一心撲在西學書籍翻譯和各種自然科學研究上的徐光啟，自然以為皇帝的想法和自己並沒有什麼區別，雖說崇禎登基後行事常有出人意料之舉，但是徐光啟還是不認為，年少的崇禎在學術上有什麼個人見解，直到今日同皇帝的這番對話。
返回家中的徐光啟在翻看了過去三年內的資料後，終於相信了崇禎今日同他說的話不是一時衝動，而是從建立燕京大學推崇新學開始，就有了這個傾向。否則崇禎令錢謙益編輯的中國簡明曆史，就不會從一開始便將勞動者推動曆史進程的觀點擺明了出來。
徐光啟並不反感“不勞動者不得食”這個觀點，但他並不認可打倒舊學的想法。在他看來，新學應當是對舊學的改良和繼承，而不應該是徹底的顛覆。但是到了今時今日，新學已經不再是他和幾名好友之間的一點小愛好，而是依托於燕京大學、大明時報及各地新式小學之上存在的一個新的學派了。
在這樣一個新的思想學派中，崇禎提出的打倒舊學的想法，並不缺乏支持者。因為新學的推廣，已經造就了一個有別於舊式讀書人的新知識分子的精英團體。這個團體的人數雖然還不多，但是因為位於京城，又掌握了大明時報這樣的輿論機構，和新式小學、大學這樣培養後備人才的組織體係，因此新學對於朝廷的影響力是一日大過一日。
當推崇新學的新知識分子人數上升到一定程度，必然是不甘心於他們現在隻有對皇帝有影響力，卻無法進入官僚體係發揮才能的尷尬局麵的。打倒舊學，令新學成為官學，自然會得到新知識分子的支持。
當初萬曆間鼓吹改良儒學的泰州學派，雖然名聲極大，但是因為隻有民間的影響力，導致最後遭到了各地理學家們的聯合打壓，最終整個學派支零破碎，徹底沉寂了下去。而這些泰州學派的後人，被皇帝招募到燕京大學之後，現在也是新學的一份子，他們也是最為激進的批判儒學的代表。
徐光啟雖然不忍攻擊舊學，但並不代表他願意自己的門生、親友遭遇和泰州學派一樣的下場。而且他也不願意同新學中那些激進分子決裂，導致新學內部出現矛盾，從而造成更為複雜的黨爭局麵。
思考了整晚之後，眼中盡是血絲的徐光啟在第二天一大早召集了自己的弟子，公開向他們告誡，不許任何人對衍聖公和孔府之事發表看法，如有違背者就要被逐出門戶。
老師的表態，讓陳子龍等人有些難以接受。但他們同樣無法違背徐光啟的命令，畢竟現在的大明講究的，是“一日為師，終身為父”的風氣，背叛師門的弟子就等於是斷絕了自己的政治前途，就連師門的敵人也無法接受這樣的人的。
徐光啟這些新學中溫和派的沉默，使得京城內的輿論更趨向於統一，一切敢為衍聖公和孔府那些陳年舊案說情的人，都被描述成了道貌岸然的偽君子，是和禽獸為伍的衣冠禽獸。
於是京城輿論又開始有了一些新的變化，那就是有人試圖把孔子和孔府區分開來，以確保至聖先師的名譽不受玷汙，但這也使得衍聖公和孔府名譽更是低落。
更有人扒出了宋元更替時，衍聖公和孔府在1252年派張德輝、元好問向忽必烈上“儒家大宗師”的尊號，而其時南宋尚存。漢家王朝正溯猶存，而孔家已經屈膝投敵，倘若大明被外敵入侵，孔府是不是又會再次獻媚於蠻夷，以壓製中國之正統呢？
因此其人公然聲稱，賣國求榮的衍聖公和孔府不配執掌中國之文脈，也無權代表孔子向蠻夷屈膝。孔子昔日尚且稱讚管仲，“微管仲，吾其被發左衽矣。豈若匹夫匹婦之為諒也，自經於溝瀆而莫之知也。”
而今日之衍聖公和理學家們，拘泥於婦人守貞之小節，卻完全忘記了華夷之防之大節。這才有遼東士人投靠後金屠戮中國之百姓，還有人替這些士人喊冤抱屈之舉。