進入了錦州城內的臨時大本營所在地之後，朱由檢便讓眾人先行散去，隻帶著孫承宗等總參謀部的參謀們進入了官署。而海蘭珠則帶著侍衛們進入了後院，為崇禎安排下榻的地方去了。
坐在了官署中收拾出來的會議室之後，朱由檢便要求總參謀部對整個寧錦作戰進行一次詳細的彙報。花費了一個多小時聽完了眾人的彙報之後，朱由檢便不客氣的對參謀們說道：“這麼看來，之所以會出現寧遠守軍受騙出擊的事情。
一是總參謀部在遼西鎮推行的參謀體製沒有得到落實，所以滿桂將軍才會輕信一個叛逃後金的軍官，而不是從參謀官那裏得到是否應該救援錦州的意見。
二是年初的肅反行動力度看來還不夠，還不能夠震懾同後金有勾結的內部叛徒，所以這些人才敢同後金勾結，蒙蔽了滿桂將軍。
在京城的時候，諸君交上來的軍事演習計劃看似條理清晰，算無遺策。可是現在後金隻是一次試探性的進攻，你們的計劃就立刻支離破碎，難以執行了。一個沒有執行能力的計劃，和沒有計劃又有什麼區別？”
崇禎的責備，頓時讓之前心情剛剛有所開朗的參謀們又緊張了起來。他們完全想不到，該用什麼樣的語言來為這次的作戰失利辯解。畢竟他們此前向皇帝送去演習計劃的時候，可是信誓旦旦的保證過，他們已經將後金軍隊的一切反應計算在內了。
然而等到總參謀部的成員們出了山海關之後，他們才發覺之前一直彙報發展良好的遼西鎮參謀組織，除了後勤部門之外，其他方麵也就是一個樣子貨而已。
他們所製定的演習計劃並不能按部就班的執行下去，因為各支軍隊中的參謀人員還無法通過一紙文書調動整支部隊行事，必須要同一個個大小軍頭進行協商和談好行動的條件。簡單的來說，總參謀部在新軍中如臂指使的指揮權力，在遼西諸軍中根本行不通。
在這裏，即便是最為擁護朝廷的滿桂所部，沒有滿桂的點頭，總參謀部的命令就無法落實下去。當然這是指作戰方麵的命令，至於後勤部門因為脫離了各軍成為了獨立單位，反倒是最為服從總參謀部的指令的。
遼西鎮的軍隊分成了五個部分，何可綱率領的祖家軍實力最強，其次是皇帝最為支持的滿桂軍，再次則是張春、朱梅和孫祖壽三部。孫祖壽乃是從昌平調任的山海關總兵，其軍隊組織算是最為接近於新軍的了。
孫承宗不得已，不得不把責任攬到了自己身上，向皇帝再次請罪，承認了自己失職的過錯。朱由檢這次到沒有輕輕放過，而是要求總參謀部借此機會，對遼西鎮上下進行一次全麵的整頓。
朱由檢看著眾人麵無表情的說道：“…追究責任什麼的，現在不談這個。朕現在隻要求大本營做一件事，全麵重建遼西鎮的參謀體係。
一是要做到總參謀部頒發的命令在每隻軍隊中都能上命下服；二是遼西鎮的參謀體係能夠做到下情上達，讓總參謀部隨時能夠了解遼西鎮各軍的狀況。
朕授予大本營參謀本部全權，在組建參謀體係的過程中，如果有人抗命不遵，敷衍了事，弄虛作假的，該撤職撤職，該退役退役，該調任調任。朕絕不容許有人在軍中搞特殊化，搞獨立王國，搞拉幫結派的山頭主義。遼西是大明的遼西，軍隊也是大明的軍隊…”
對於皇帝的訓話，眾人都沒有什麼非議，甚至於某些人心裏還有些竊喜。遼西鎮作為大明最為強大的一隻邊軍，即便這隻邊軍的成立和孫承宗有極大的淵源，但想要讓這隻邊軍的大小軍頭交出對軍隊的絕對指揮權，也不是輕鬆可以做到的事。
遼西鎮的參謀體係之所以遲遲沒能完成，同這隻邊軍將領的抵製也是分不開的。現在他們雖然被皇帝重重的斥責了一通，但是卻拿到了全麵整頓邊軍係統的尚方寶劍，對於總參謀部來說，實在是趁機擴大自身權力的好事，自然不會有人提出反對的意見。
這場會議結束之後，朱由檢留下了孫承宗、孫傳庭、李宏元三人，崇禎留下三人的目的，還是準備同他們談一談，之前他們已經開展起來的肅反問題。
孫傳庭和李宏元采用的肅反方式，還是此前刑部惠侍郎采用的方式，通過對軍中將領的走訪和談話，對一些將士舉報的問題進行調查，從而確定為後金辦事的士紳和將領，雖然有所成效，但並不合崇禎的心意。
朱由檢沉吟了半天，對著三人說道：“自上而下的肅反，惠侍郎已經做的相當不錯了，就算你們再怎麼鼓搗，也不過抓出幾隻替罪羔羊而已，那些沉寂下去的兩麵人還是不會這麼輕易的顯露出來的。
如今寧錦一帶剛剛給後金蹂躪了一遍，地方上百姓和軍中的普通將士正是怨氣滿腹的時候，他們大都是在本地土生土長之人，對於這裏的大戶和將領也是知根知底，他們肯定知道都有哪些大戶和將領同後金那邊有所勾結。