當總參謀部的其他成員離去，隻剩下了孫承宗和茅元儀兩人時，朱由檢才繼續對著兩人說道：“戰爭已經結束，接下來大明應當可以過上一段平穩的日子了。我們必須要抓緊時間，在這段時間內重建整個大明的軍事係統。
朕對總參謀部隻提出兩個要求，第一個要求是，未來三年內將大明軍隊的總數精簡到200萬人之內，建立起野戰軍、守備部隊和武裝警察的三級力量體係，以取代現在的邊鎮、衛所體係。野戰軍暫定為36萬人，守備部隊暫定為74萬人，武裝警察暫定為90萬人。
第二個要求就是，開始著手對服役十年以上、或年齡超過40以上的官兵進行複原動員，普通士兵可安排至關外、海外進行拓荒墾殖，並對退役官兵進行登記，建立預備役體係，以備緊急狀況時進行征發他們。
對於軍官和服役期間得過軍功章的士兵進行甄別挑選，對符合留用要求的人員進行短期培訓之後，再安排到其他部隊任職。對於那些不符合留用要求的人員，則安排到各地的巡警部門任職。
首先保證北直隸、山東、河南、山西、陝西五省巡警部門的建立，再考慮向其他各省的巡警部門充實人手。朕需要你們在一年之內，將北直隸、山東兩省的巡警部門優先健全起來，以備朝廷動用。”
對於皇帝的要求，孫承宗和茅元儀倒是沒有感到意外，畢竟精簡軍隊建立三級軍事力量體製，原本就已經在總參謀部的討論之中。隻不過此前總參謀部權威未立，隻能在京營和京畿附近的邊鎮中進行改良式的整頓軍隊罷了。
從這次的戰爭中可以看出，這種改良式的軍隊整頓並不能徹底改變邊鎮的麵貌，對於軍隊的戰鬥力提高有限。因此當戰爭結束之後，贏得了戰爭的總參謀部和崇禎都打算對軍隊進行一次全麵的整編。
同皇帝交換了意見之後，孫承宗和茅元儀終於告退離去了，會議室內隻剩下了崇禎一人。王承恩這時才走進了會議室內。
朱由檢看著王承恩說道：“柳敬亭是不是還在外麵等候？讓他進來吧。”
在武英殿偏殿內等候的柳敬亭，得到了王承恩的傳召後，便跟著他進入了武英殿內。朱由檢見到他後，甚是開心的說道：“柳先生請坐下說話，你這次出使察哈爾部，說動林丹汗出兵助我大明，實在是大功一件啊。”
柳敬亭趕緊謙讓道：“臣倒是不敢居功，林丹汗雖然願意出兵相助，但是他派出的人馬不多，顯然有觀望我大明同後金相爭的意思，臣以為察哈爾部並非是我大明的善鄰。”
朱由檢笑了笑說道：“朕倒是不在乎他派出的那點人馬，朕在乎的是柳卿你穩住了林丹汗，沒有讓他趁著我們同後金作戰，在西北捅我們一刀。
察哈爾部可不可信，不在於林丹汗的心思，而在於察哈爾部中下層部眾的想法。隻要我們能夠將察哈爾部的經濟和大明聯係在一起，那麼林丹汗想要起兵攻我，就未必能夠得到底下部眾的支持。
另外，你也要繼續同察哈爾部的大小首領們交好下去，如果我們能夠在政治上分化察哈爾部的大小諾顏，那麼林丹汗也就隻剩下一個蒙古大汗的空頭名銜了。到了那個時候，察哈爾部自然就成為我大明的善鄰，甚至也可能成為我大明的一員了。”
柳敬亭微微點了點頭說道：“陛下的策略高妙，隻要我大明堅持下去，臣以為必見奇效。臣這次出使察哈爾部，除了同林丹汗商議了結盟抗金之事外，倒也聽到了林丹汗的一個請求，臣當時擔憂林丹汗態度反複，所以就大著膽子答應了下來，還請陛下恕罪。”
朱由檢擺了擺手說道：“你是朕挑出的使者，隻要不是有心為之，朕總是要認同你答應林丹汗的條件的，你便向朕說說吧，你和林丹汗商談的經過和內容…”
柳敬亭不敢怠慢，便一五一十的向皇帝交代了，林丹汗試圖讓大明支持他反黃教的立場，還打算組建一個反黃教聯盟的經過。
朱由檢沉默了許久之後，才對著柳敬亭說道：“你對林丹汗的應對很合適，我們可以默許甚至是暗中支持他反黃教的立場，但是大明不會陷入到這場宗教戰爭中去。
你作為宗教和民族事務委員會的大臣，在公開場合必須要清楚明白的表達我大明在宗教事務上的一貫立場。那就是：我大明尊重百姓的信仰自由，不會強迫百姓信仰或是不信仰特定的宗教。但是，任何想要借助宗教傳播迷信、分裂大明或是試圖插手世俗權力的人，都是宗教和民族事務委員會要警惕和打擊的對象。