然而這些名聲遠揚的東林黨人領袖們，回到了朝堂之後居然放棄了同這些小人繼續鬥爭下去，這無疑讓許多信奉正邪不二立的士子們的不滿。原本因為痛恨閹黨，而給東林黨人加持的神聖光環自然也就褪色了。
到了崇禎二年末，曾經左右清流士林輿論的東林黨人開始慢慢被邊緣化，而號稱要繼承東林諸君子遺誌的複社士子們，打著：興複古學，將使異日者務為有用的旗幟；以蠲逋租,舉廢籍,撤中使，止亂政的政治理想為號召，開始將清流和士林輿論聚集在了自己身邊。
朝中剩下的最後一部分官員，則選擇了中立騎牆的態度，朝中誰的話語聲大，他們就會倒向哪一方。
如果說此前崇禎登基時，眾人因為不了解皇帝的喜好，所以容忍了黃立極留駐內閣首輔，作為新舊權力交接的過度人物。
那麼到了崇禎二年底，大家都算是明白或是自以為明白了崇禎在用人上的喜好。既然推動改革就能獲得皇帝的支持，那麼就有不少人認為，想要取代黃立極成為內閣首輔的難度就不是很低。隻要將黃立極弄下來，他們同樣可以服從於皇帝的命令推動改革。
而崇禎二年年底，國庫空虛的狀況開始好轉，又有了皇帝親征擊退後金獲得的勝利，這讓大明的國勢看起來有了那麼一點上揚的跡象，使得不少人的功名之心開始蠢蠢欲動了起來。畢竟現在接手內閣首輔的職位，很有機會博一個中興名臣的榮譽。
於是很有些官員故意煽動輿論，想要逼迫黃立極去同皇帝打對台，削弱總參謀部的權力，以恢複原先五軍都督府和兵部共同分治大明軍隊的格局。
黃立極自然是不願意讓一群低階官員綁架，向崇禎要求對孫承宗封爵，從而砍斷總參謀部最粗的一根支柱，讓自己成為總參謀部的敵人。他一邊壓著那些官員的上書，一邊幾次求見崇禎，想要同皇帝通個氣。
然而，在這樣關鍵的時刻，崇禎居然迷戀上了新納的妃子和新生的子嗣來了。隨著他案頭的上書越來越多，黃立極便不得不第三次跑來求見皇帝了。
他看著門廳東西兩邊被封起的木板牆，便知道這裏也正在改建著。門廳東麵除了一座內左門外，剩下的房間設置成了禦前秘書處，門廳西麵除了內右門外，剩下的房間就成了宮內聯絡總參謀部的軍政處。
他踩著腳下的漢白玉石地麵，看著兩側改建後的房間，不由思考起了這個新增設的軍政處，究竟對眼下的朝廷格局有什麼影響起來了。
黃立極剛剛有了一些收獲，便聽到了一陣腳步聲從 乾清門內傳了過來。他抬頭轉身看去，發覺徐光啟和呂琦正從漢白玉石的台階走了上來。
黃立極對著徐光啟拱了拱手，這才故作鎮靜的對著呂琦問道：“既然徐尚書已經出來了，那麼陛下可有空見臣了麼？”
呂琦看了一眼徐光啟，又看了看黃立極，這才點了點頭說道：“陛下已經有旨，請黃閣老入內晉見。”
說完之後，呂琦對著徐光啟行了一禮說道：“徐先生請自便，雜家要帶黃閣老入宮，就不耽誤先生了。”
黃立極同徐光啟打了一個招呼之後，便抓著官袍的下擺跨過了門檻，向著乾清宮去了。雖然黃立極在乾清門思考了許久，也盤算過了如何向崇禎開口。但見到了皇帝之後，他卻又改變了主意，隻是老實的說了一遍事實，並沒有添油加醋的誇大其詞。
朱由檢翻看了一遍黃立極帶來的奏章，不由笑著說道：“…彈劾內務府擅自拆除承天門外的宮牆，有更改京城風水的嫌疑…這誰上的書啊？他這本事不去街頭批卦都是浪費了。
請求恢複五軍都督府和兵部的正常職能，總參謀部總長及參謀們應當和兵部官員進行輪換，以避免有人獨攬軍權，威脅神京…”
朱由檢看完之後，便將奏章放置在了桌上，然後看著黃立極問道：“黃先生今日找朕，就是為了這些事？”
黃立極對著崇禎苦笑了一聲說道：“陛下是沒有見到臣值房的情形，數百份奏章堆在那裏，臣都快要沒有立足之地了。有的人一日連發三折，談的都是臣節略給陛下看的內容。臣不得不找陛下討要一個態度，否則臣不好處理這些奏折啊。
此外，如今元宵節都已經結束許久了，陛下也應當出宮視事了。不管是戰後封賞還是行政區劃改革，都需要陛下出麵主持啊…”