朱元璋隨後便下了詔書，規定“自今八十五條之內，課士不以命題，科舉不以取士，一以聖賢中正之學（指《孟子節文》）為本”。
正因為朱元璋對於孟子的態度，所以雖然《孟子》是科舉用書之一，但是天下讀書人對於《孟子》一書的內容並不敢多加討論，完全是按照朝廷頒發的標準注釋死記硬背而已。他們唯恐因此觸怒了皇帝，而壞了自己的功名之路。
但是現在崇禎歪曲了太祖高皇帝刪除孟子言論的本意，還把孟子的民為貴思想提升到了三位一體論，對於大明官員來說，不亞於一場政治地震。鹽引案和首輔什麼的，此時已經無關緊要了。
以孔孟之道為治國理政最高準則的大明王朝，任何在儒家學術上提出的新觀點，必然都會影響到王朝的政治格局。
而孟子的民本思想，一直以來都是大明官員對抗不受限製的皇權的最有利的武器。在經過大明士人200餘年不遺餘力的宣傳下，民本思想實質上已經在中下階層的百姓心中紮下了相當厚實的基礎。
朱元璋試圖通過刪除孟子的言論，來禁錮大明士大夫的思想。但是這種禁錮思想的政策，顯然已經被證明是無效的了。不管是那個朝代，禁書對於讀書人的誘惑，顯然遠比公開出版的書籍更大一些，更何況被禁止的還是亞聖的言論。
這也是為什麼東林黨人雖然屢屢被打壓，但是民間百姓卻依然支持東林黨人，認為他們是被迫害的正人君子的緣故。因為東林黨人的政治主張，始終都是圍繞著以民為本的思想在闡述。
雖然東林黨人在施政時，並沒有真正去實現自己的政治主張，但也比從來沒有提及過任何政治主張的閹黨們要強的多。
現在崇禎拋出了三位一體論，不但取消了君王和民眾之間的對立立場，還把自己包裝為了民眾利益的看護者，這無疑是搶走了文官們賴以製約皇權的話語權。
除了站在皇帝一邊已經無法改變立場的那些閹黨成員，和被利益蒙蔽了的戶部官員之外，政治水準在正常以上的官員們，都對崇禎的這番話語產生了不好的聯想。
大明開國以來，法統歸於皇帝，而道統歸於士人，這也是皇權和士權能夠保持平衡的思想基礎。程朱理學提出的道統論，往往都是以“正君心”為目的。
而隨著萬曆朝結束之後，大明國勢的不斷衰落，士人所宣揚的道統，已經隱隱有淩駕於皇權之上的跡象了。現在崇禎突然拋出了關於君、民、社稷的三位一體論，在有心人眼中，無疑代表了這位皇帝陛下正在動搖士人所把持的道統。
如果讓一位君主掌握了法統和道統，那麼自春秋戰國開始出現的士人階層，將會失去自己思想上的獨立性，從而真正成為皇帝的家奴了。
不管是劉宗周、韓爌等老東林黨人，還是倪元璐等東林黨後起之秀，顯然都是不願意讓皇帝有機會染指關於道統的發言權的。
而皇帝拋出的三位一體論，也不是他們急切之間就能反駁掉的論點。一種思想觀點的出現，總是需要經過歲月的打磨，在前人的思想基礎上進行提煉總結的。就比如，沒有五四運動對於中國知識分子的思想衝擊，就不會有布爾什維克主義在中國的盛行。
現在皇帝提出的三位一體論，顯然是在孟子的民本思想基礎上的進一步提高。這種觀點的提出，顯然是符合大明中下階層百姓的期望的。對於這個論點進行反駁，很有可能進一步加劇東林黨人的分裂，畢竟維係東林黨人之間最強的紐帶，是建立在民本思想上的學術理念。
於是，在崇禎拋出了三位一體的言論之後，東林黨人立刻選擇了冷處理，不讓皇帝繼續在這個觀點上發揮下去。他們寄希望於，這三位一體的言論，不過是皇帝今日的靈機一動，而不是早有預謀。
沒有了東林黨人的聲援，科道官員們就更不敢跳出來，繼續為了鹽商的利益攻擊韓一良和首輔了。會議的討論焦點，也從兩淮鹽引案的處置，轉移到了如何解決東南百姓吃鹽的問題上來了。
朱由檢環顧了下方官員之後，才平靜的說道：“既然諸君不能對東南百姓的吃鹽問題提出有建設性的見解，那麼郭先生，你身為戶部尚書，你覺得朝廷應當采取什麼措施，才能解決東南百姓的吃鹽問題？”