十八芝這個海盜團體的形成，主要是一部分沒有特權的走私商人拒絕，讓沿海的士紳官僚集團以海禁的名義壟斷大明的對外貿易而已。崇禎對十八芝海盜集團的招安能夠落實下去，不代表沿海的士紳官僚集團認同了皇帝的開放海外貿易的主張。
而是因為，十八芝這個海盜海商集團所擁有的武力，超過了沿海的士紳官僚集團控製下的武力，如果得不到朝廷的支持，他們根本無法抗衡十八芝在海上的勢力。因此當皇帝主動提出招安的主張時，這些士紳官僚們就采取了默認的態度。
事實上，即便是皇帝不提出這個主張，他們也要攛掇福建的地方官員提出對十八芝的招安了。既然在武力上玩不過十八芝，那麼把這些海盜納入到朝廷的體製之內，用體製的力量去對付這些被招安的海盜，他們完全是駕輕就熟的套路。
隻不過，事情的發展並沒有符合他們的預料。雖然崇禎招安了十八芝，但是卻沒有強迫這些海盜上岸，依舊讓他們各自控製了一段海域。這樣一來，沿海的利益集團也就失去了拿捏這些海盜們的條件。
如果事情繼續這樣發展下去，那麼這些在岸上的利益集團必然是要尋求妥協，向十八芝的各家首領們伸出友誼之手。體製內的官僚集團和遊離在體製邊緣的海商集團聯手，那麼今後海外貿易的利益同樣和朝廷沒有多大關係了。
因此朱由檢從一開始就沒有打算，把對外貿易的利益掌握在幾個大集團的手中。讓大明的中小商人們分享成熟的海外市場的利潤，迫使大海商向遠洋航行，從而打破少數大商人對大明海外貿易的壟斷，才是他追求的目標。
當然，內府和海商協會的合作還在蜜月期，朱由檢也無意這麼快破壞雙方的關係，這些海商代表提出的要求，他總是需要考慮考慮的。
限製大明商人參與海外貿易的方式自然是不可取的，否則豈不是又一個變相的海禁政策。但是限製東亞和東南亞地區的商船數量，倒是一個值得考慮的提議。
畢竟這些市場上，不僅僅存在中國的商人，還有大量的歐洲及本地土著的商船。如果說日本市場因為幕府對歐洲船隻的限製交易，使得中國商人占據了優勢地位。
那麼在東南亞地區，則是歐洲商人及穆斯林商人更有優勢一些。前者憑借著強大的武力，而後者則是依靠宗教的紐帶。中國的商人在此地，隻能占據三分之一的市場而已。
由於東南亞的穆斯林信仰原本是鄭和下西洋時所帶去，因此這些穆斯林國家對待大明還是有著一定親近感的，這也是中國商人在沒有國家的支持下，還能夠自由的同這些東南亞土邦進行交易的緣由。
再加上這些來自中東、非洲地區的穆斯林商人，經營的貨物同中國商人並不衝突，反而是中國貨物的采購主顧之一。因此崇禎並無意在這個區域驅逐他們，破壞了同東南亞穆斯林王國的友好關係。
而歐洲各國商人在東南亞的商業規模，以荷蘭人居首位，其次是葡萄牙人，再次則是西班牙人，英國和丹麥幾乎可以忽略不計。
荷蘭雖然是一個小國，但是現在的海上卻是荷蘭人的天下，就算是距離中國這麼近的東南亞海域，大明的海上力量也沒有超過巴達維亞多少。而且大明的水師一旦離開了近海，基本上戰鬥力就會劇減。
朱由檢沒興趣同荷蘭人打一場東方的尼德蘭戰爭，因此他很快就略過了荷蘭人。英國和丹麥商人在此地的商業規模太小，也不值得大明出手，因此再次排除了出去。
那麼剩下的便隻有葡萄牙和西班牙人了，雖然西班牙王國吞並了葡萄牙王國快50年了。但是在海外，葡萄牙商人和西班牙商人依然是涇渭分明的兩個商人集團。不管大明選擇對付誰，另一方都會樂見其成。
但是馬尼拉的西班牙總督很識趣，不但和大明簽訂了貿易協議，還打算同內府合作向新西班牙進行走私貿易。而果阿的葡萄牙總督卻剛好相反，不但拒絕了崇禎購買馬六甲城的提議，還居然向澳門派出了總督，想要把澳門正式列入葡萄牙的殖民地。
在政治上，果阿的葡萄牙人挑釁了大明。在商業上，葡萄牙人經營的中日貿易和印度-東南亞的香料布匹互換貿易，無意都對中國商人的利益構成了挑戰。
因此打擊果阿的葡萄牙商人，把葡萄牙商人在東南亞及東亞海域驅逐出去，無疑就成了大明最好的選擇。但是作為大明的皇帝，他卻不能平白無故的頒發這道命令，因為這不符合大明的價值觀。
建立葡萄牙流亡政府，通過伊莎貝拉公主，以複國為號召對這些果阿的葡萄牙商船進行攻擊，這對於崇禎和大明來說，都是最好的選擇。