孫承宗向崇禎彙報了總參謀部對此次行軍軍演作出的檢討和總結之後，隨後便奉上了京畿都督府軍製變革的完整計劃。
這份計劃汲取了這次軍演的教訓，也符合了年初提出的，京畿都督府名下軍隊重新整編，事權一統的需求。
茅元儀為崇禎講解著這份計劃的主要內容，首先是原本涇渭分明的新軍訓練營、京營及左良玉率領的遼西邊軍，在這次整編計劃中將會盡可能的打亂混編。
新軍製是在去年野戰軍編製計劃上的重新調整，原先新軍的指揮層級是排、連、營、團、旅、師，但是軍演暴露出來的指揮不暢問題，使得總參謀部重新調整了軍隊指揮中樞。
步兵的編製為：每五人為一伍，設伍長；每十人設一什，設什長；三什為一排；四排為一連；四連為一營；四營為一團；三團為一師。一個營被壓縮到了540人，一個團則是2325人，一個步兵師則是7600人。
車騎師5400人，騎兵師3200人。京畿都督府下設2個騎兵師，2個車騎師，2個步兵師，共計32400人，此外還有兩個新兵訓練師，各5000人編製，用於替換各軍的退役士兵。
如此一來，原本京畿都督府名下管理的各部官兵，將統一被編為新編皇家陸軍的番號，同他們之前的來源再無聯係了。
吳懷依舊率領自己的騎兵第一師，而原本的騎兵第五聯隊則升級為騎兵第五師，騎兵第一師撥出了一個聯隊用於加強騎兵第五師，總參謀部又同時往這兩個騎兵師內補充了不少人手，使得吳懷對於這兩個騎兵師的影響力大大的降低了不少。
除了吳懷依舊率領騎兵第一師外，其他五隻軍隊分別由左良玉、黑雲龍等人所率領。閻應元、金國鳳等軍校畢業生，則大多提拔到了團、營一級的職位上。
以這個計劃進行整編，總參謀部對於京畿都督府的控製反而得到了加強，而總參謀部權力的增強，便也是崇禎對京畿軍隊控製權力的增強。
朱由檢聽完了整個整編計劃之後，隻是稍稍沉默了一陣便說道：“那就按照總參謀部的請求，按照這份整編計劃改組京畿都督府，不過朕希望整個計劃能夠在7月底8月初完成，新編皇家陸軍能夠在8月底前初步磨合完成。
本次軍演淘汰下來的一營軍士及一部分平時表現較差的武官，改組為地方警備部隊，調任上海市。然後以他們為核心，在當地招募一些人手，組建上海警備師，以保衛上海市。該部隊的管理權力屬於總參謀部，地方官員不得插手，但是在突發狀況下，可接受地方官員的請求，維護地方上的治安或保護平民。”
對於崇禎的提議，茅元儀自然是心生歡喜的。總參謀部成立以來，就一直在同文官、邊鎮將領和內地衛所爭奪對軍隊的控製權力，但是除了新成立的新軍之外，對舊有軍隊的管理權力一直進展緩慢。
特別是對江南地區的軍事力量，總參謀部下達的改製整頓命令往往被當地衛所將領陰奉陽違，又或是被南京的勳貴所阻擾。
即便是鹿善繼等人在南京設立了軍校，但是缺乏了皇帝在當地的震懾，南京城內的勳貴們依舊把持著本地的軍隊和衛所，使得總參謀部的影響力無法在當地得到任何回應。
如果有了這麼一支從北方調去的軍隊，那麼起碼也算是在江南地區插入了一根釘子，讓南京軍校培養出來的軍官們，不至於被那些南京勳貴、衛所將領所排擠。
茅元儀剛剛答應了一聲，崇禎又繼續說道：“除了京畿都督府名下軍隊進行整編之外，城內的錦衣衛、皇城的侍衛親軍，總參謀部也擬一份整編計劃出來吧。
侍衛親軍就不說了，既然是親軍，將來必然也是要上戰場的，就按照作戰軍隊進行整編。至於錦衣衛，現在已經分離出了巡警和治安部隊，巡警這塊就不必去理會，從治安部隊中挑選出一個師的編製，作為京城內城的守禦部隊，剩下的依舊作為維護京城治安的武裝警備力量。”
茅元儀尚未開口，孫承宗已經匆匆對著崇禎說道：“陛下，讓總參謀部對侍衛親軍和錦衣衛進行整編，是不是有所不妥？這兩隻部隊一向都是陛下親領，勳貴佐之，外臣不得幹預。總參謀部雖然忠誠於部下，但是幹預陛下親軍事務，恐怕有擅權之嫌。”
對於孫承宗的擔心，朱由檢卻沒有放在心裏，他毫不在意的說道：“總參謀部不過是對這兩隻部隊進行整編及訓練，他們的領導權力依然直屬於朕，因此不算什麼擅權之舉。
更何況，現在這兩隻軍隊久不上戰場，平日除了守衛皇城內外，維護京城治安，緝拿官員及要犯之類的工作，那裏還有半分軍隊的樣子。
雖然去年朕讓連善祥稍稍整頓了下侍衛親軍的軍紀，但終究不是什麼練軍正途。此次借著京畿都督府整編軍隊的名義，讓兩軍也徹底整頓一下，朕也能安心一些。否則真要上了戰場，朕怎麼能指望他們來保衛朕呢…”