為了新學的將來，我們必須要團結一切可以團結的力量，打倒那些最為頑固守舊的反新學人士。所以，朕以為就算現在有些投機者想要摻和進先生組建的新黨，隻要他們不同新黨的理念對著幹，先生應當容許他們進行投機。
等到那些頑固守舊的勢力被打倒，新學真正在大明各地被接受了，那麼我們再來清理這些混入黨內的投機者。接納他們進入黨內，不代表今後不會打倒他們，所以這是一個做事的先後秩序問題，不是意味著我們要向這些投機者作出妥協，改變新黨的成立宗旨。”
崇禎的勸說終於讓徐光啟消除了心中不少鬱悶，但是皇帝提出的團結一切可以團結的力量，先打倒主要敵人，然後再消滅次要敵人的說法，讓徐光啟心裏總有些過不去。
他思前想後了許久，方才有些不確定的向崇禎說道：“可是陛下，這個先接納他們，事後又要打倒他們，是不是有點過河拆橋的意思？”
朱由檢楞了下，便嚴肅而認真的回道：“新黨成立時，向天下公布了建黨的理念和主張，他們既然已經知道了新黨成立是為了什麼，那麼當他們主動要求加入進來的時候，就必須要受到黨的約束。
如果他們並不是認同黨的理念和主張加入進黨的，那麼說明他們從一開始就欺騙了黨，隻是把入黨當做了爭權奪利，平步青雲的一個機會。
既然是如此，那麼黨對他們采取一些清理措施，以保證黨的理念和主張不被扭曲，又有什麼不對呢？我們既然已經把新黨的觀點明白無誤的公之於眾了，就沒必要擔憂會被人說什麼過河拆橋。
也許有些人協助新黨打倒了共同的敵人，但是並不意味著他們就是新黨的盟友。隻是證明了大家曾經有過一個共同的敵人罷了。
既然新黨的成立是為了解決大明存在的各種時弊，以挽回天下人對於朝廷，對於大明的信心，那麼顯然是不能把個人的感情當成做事的標準的…”
在經過了崇禎的細致勸說下，徐光啟終於收回了，來之前想要辭去科學民主黨黨魁的想法。不過鑒於徐光啟的年齡和體力，朱由檢也認為需要有一個人幫助他，分擔黨內的日常行政事務。
最後他建議徐光啟在黨內設立一個幹事長的職位，代替他處理黨內的瑣事，這個人最好是沒有公職在身。一來可以自由往來於各地管理黨的各項事務；二來也會讓那些投機官員無法染指這個職位。
當然對於京城眼下的亂象，朱由檢也覺得有必要進行整頓一二。在隨後的內閣見麵會上，他第一次提出了對於徐光啟、錢謙益兩人組黨的看法。
朱由檢在會上如此對眾人說道，自萬曆以來朝中一直黨爭不斷，所以官員之中有黨派乃是一個事實，不是將要發生的問題。否則幾位先帝數次下詔，要求朝中官員不許結黨，豈不是對著空氣說話。
既然官員之中存在黨派是一個事實，那麼朝廷就要切實的麵對它，解決它，而不是閉上眼睛裝作看不到，就當做沒有這個問題了。
崇禎認為，自古以來曆朝對於結黨一事眾說紛紜，一會說結黨是小人朋比為奸，一會說結黨是君子同而不和。總而言之，隨著立場的不同，對於黨人的評價也就變得千差萬別了。
究其根本原因，還是在於這些黨派行事不夠光明正大，又沒有切實的表明自己結黨的目的是什麼，導致君臣相疑，同僚傾軋。
因此，借著徐光啟、錢謙益兩人的組黨行為，崇禎決定試驗一下開放黨禁。以規範黨派在朝政中行事準則，消弭朝中的黨爭。
首先第一件事，他會下令禦前秘書處成立一個黨團辦公室，專門負責管理政黨的問題。不管是徐光啟的科學進步黨還是錢謙益的新東林黨，都必須向該辦公室報備本黨建立的宗旨和政治理念，黨組織的形式和黨員的名單，運營黨的經費來源，黨的法定代表人。
崇禎同時提出，黨派成立之後，必須有約束本黨成員行為的能力，入黨的官員不得借助黨派的力量打擊異己，謀取私利，破壞大明的法律，和企圖顛覆皇室等。
最後，因為崇禎需要時間觀察公開組建的政黨是否合適於大明，因此在五年內不接受兩黨之外的黨派成立申請。崇禎再次重申，任何人都不得在私下結黨，違者將免去官職和流放海外。