徐光啟在家鄉試作農作物時，得到了這位弟子的不少協助，因此他覺得這位學生可以很好的替自己的手稿完結，順便監督農科院不要人浮於事。
徐光啟的想法很好，但是他卻忘記了他這位弟子一向痛恨魏忠賢，又怎麼可能會同魏良卿友好的合作呢。
如果不是魏良卿退避三舍，把上海農科分院的事務完全的交付給了陳子龍，不再過問上海的事務，加上徐光啟親自寫信告誡陳子龍，農科院研究的一應事務關係到國計民生，估計上海農科分院就要被當成閹黨機構給打倒了。
再經過了一年來農科院眾人在各地的試驗整理，徐光啟手稿中的不少錯誤都被糾正了過來。大約減去了其中十分之三過於陳舊的知識，增添了十分之四的新技術和新研究。
這本書也被崇禎親自命名為《農政全書》，全書一共分為78卷，共計12目。司禮監屬下的大藏經廠，現在改名為皇城印刷廠已經開始排版印刷，預計首印3千冊，於明年2、3月向各地進行推廣。
而魏良卿在最後也向崇禎彙報了，他在雜交水稻上研究遇到挫敗的事，雖說崇禎告訴了他三係雜交的法子，但是這一年來他跟著農科院的官吏在南方忙碌，也才剛剛弄明白什麼叫自花授粉和異花受粉。
對於這種挫敗，朱由檢到並不失望，就算是袁隆平培育出雜交水稻，那也是建立在一百多年來的近代農業科技發展基礎上取得的成果。在17世紀，關於植物學的知識，不管是東方還是西方都處於莽荒時代。
東西方對於植物學的認識，著重於它有什麼用，如何才能培植它，這樣諸如此類的實用性問題上。但是對於植物的發展和種屬關係，尚處於一知半解的狀態。
也許這時代人類最為了解的植物，大約就是小麥、水稻等農作物了。但是這種了解，也僅限於極為粗淺的表象。當然隨著30年宗教戰爭的結束，懷疑自然秩序就是懷疑上帝，這種陳腐的天主教思想被新教徒們打倒撕破之後，基於海洋貿易基礎上的自然科學迅速發展，使得歐洲在植物學上的認識開始遠遠甩開了東方。
魏良卿的失敗彙報，隻不過打破了崇禎的一點僥幸心理，讓他明白沒有基本的知識作為理論基礎，想要走科學上的終南捷徑，就跟讓大象穿過針鼻一樣困難。
“這並不算是失敗，也許是朕過於急躁了，有些東西顯然是不能一步登天的。朕看，科學院不如先把精力放在對水稻生長過程的研究上，我們總要對它有足夠的了解，才能研究如何改進出更好的種類不是麼？”朱由檢思考了片刻，便對著有些惶恐的魏良卿安慰道。
魏良卿不明白崇禎說的是什麼意思，農科院研究雜交水稻的人員，都是他親自挑選出來的有經驗的老農，也有熟悉農事的上林苑監官吏。這些人對於農事可謂相當熟悉，甚至於看一看水稻的長勢，就能估算出畝產來。
難道在皇帝眼中，這些人還不夠了解水稻的種植麼？他正茫然的時候，朱由檢似乎已經覺察到了他的不解，於是接著為他解釋道：“朕說的了解，不僅僅是怎麼去種植水稻。而是從另外的視角去研究它們。”
“另外的視角？” 魏良卿有些迷糊的問道。
朱由檢思量了一下說道：“就好比大明的軍隊，以往朝廷隻關注這隻軍隊的統帥是誰，有多少名士兵，其中有多少青壯，一年要花多少錢糧。
但是朝廷從來沒有去考慮過，這些士兵都叫什麼名字，他們都來自什麼地方，他們認識多少字，喜歡吃什麼，又信仰什麼宗教，他們之間有沒有親友同鄉的關係，他們參軍之前都做過什麼，他們家中有幾口人，如果他受傷或是死亡了，他的家人要依靠什麼活下去等等之類的問題。
水稻也一樣，你們不應當隻關注它的產量和種植條件。還要分清楚水稻究竟有多少種類，它們之間是怎麼發展到今天這麼大區別的。簡單的說，便是要研究它的形態、分類、生理、生態、分布、發生、遺傳、進化等問題。
當然研究的對象未必隻是水稻，但凡一切植物都可以作為研究對象，隻有選擇的研究對象越多，我們獲得的信息量也就越大，才越有可能觸類旁通…”