因此他謀求複起的官職，也就是遼東巡撫的位置。但是隨後崇禎召回王在晉擔任兵部尚書的命令，頓時打破了他的幻想。
袁崇煥很清楚，他當初抗拒高第的命令，死守寧遠防線，無疑就成了守遼派的代表人物。而同高第持同一立場的，棄遼派支持者王在晉，是絕不會允許讓他得到遼東巡撫的職務的。
而剛一登基就下令召回王在晉的崇禎皇帝，從立場上看也是偏向於放棄遼東的一派官員的。
而在萬曆二十年進士，曆官中書舍人、江西布政使、右副都禦史、兵部侍郎、南京兵部尚書、兵部尚書的王在晉麵前，袁崇煥的履曆簡直寒酸的不能看。
袁崇煥立刻覺察到了，他是無法在王在晉的阻攔下，擔任遼東巡撫，並自專遼東事務的。
於是他便說動了韓爌舉薦，說服了座師孫承宗出麵，和王在晉爭奪對遼東兵事的主導權。
然而在朝堂之上，也不知道崇禎是怎麼說的，這位孫先生居然糊裏糊塗就放棄了，和王在晉爭奪遼東事務的管理權力，反而開始籌備起什麼新軍和將官學校的建立起來了。
袁崇煥雖然得到了座師孫承宗的舉薦而起複了，但是卻隻得了一個兵部主事的頭銜，兼任軍官培訓學校的教務主任。
袁崇煥對於這個起複官職起點之低，大為震驚。隨後吏部的同僚告訴他，這是陛下的新規定，除非是因為錯誤的朝廷決定導致的革職，否則起複使用都比照原來官職減去3等。
袁崇煥自然是不耐煩從什麼武學教務主任的起點，再慢慢爬上去的。他是萬曆十二年生，現在已經43歲了。
如果按部就班的上去，到他致仕的時候，估計也就恢複到他被革職前的品階，兵部侍郎的位置罷了。
他仔細閱讀了孫承宗給他送來的，一份新軍、軍校籌備及衛所改製等事宜的紮子。
孫承宗的本意是讓袁崇煥關心下新軍和軍校的籌備方案，看看有什麼遺漏之處。
他對自己這位弟子期望很大，認為今後能代替他接任遼東防務的，也隻有袁崇煥一人了，其他人皆不足任。
不管是新軍還是軍校，都是從頭開始草創，要想等到開花結果，起碼也要3、5年後。
袁崇煥對於前者隻是略翻了翻，認為主持這些事務也隻能撈些油水，但是想要借此立功升官，大約是很難了。
他倒是對紮子後麵有關衛所改製的事，起了很大的興趣。以他在遼東任職的經曆，讓他知道這軍屯不但貓膩很多，而且有著現成的衛所兵，很快就能拉出一隻軍隊。
在少年天子麵前，還是那些急功好利的朝臣麵前，這都是一個可圈可點的大功勞。
袁崇煥認為自己找到了終南捷徑，於是不顧天寒地凍，日夜兼程趕到了京城，希望能接手衛所改製及清理軍屯等事務。
不料從京城友人口中，袁崇煥得知了，這清理軍屯激起了當地侵占衛所土地的縉紳和勳貴的反擊，孫承宗和韓爌正在商議如何壓製言官，強行推動衛所改製和侵占軍屯事務的正常進行。
袁崇煥感覺趕到了兩位座師麵前，向兩人進言道：“這田爾耕乃是閹黨鷹犬，也是殘害我東林前輩的凶手之一，兩位老師現在壓製這些言官，豈不是替這閹黨餘孽出頭嗎？”
韓爌默然不語，而孫承宗皺著眉頭說道：“但是這衛所改製和清理軍屯事務的主事者，是老夫啊。且這些事務能否推行下去，也關係著新軍的建成，老夫若是無動於衷，豈不是自毀根基？”
袁崇煥立刻說道：“新軍建成的關鍵，在於衛所改製，而不是清理侵占軍屯事務。那些勳貴豪族，想要阻止的也是清理侵占軍屯事務，不是衛所改製。
而新軍籌集關係這老師的功業，又怎麼能把它交給一群閹黨鷹犬去操辦呢？今後天下士林清流，豈不是要攻擊老師和廠衛勾結，欺壓地方名士？”
孫承宗頓時大怒，但他也不得不承認袁崇煥說的還是有些道理的。
最後韓爌和孫承宗都被袁崇煥說服了，借著勳貴豪族彈劾田爾耕的機會，把衛所改製的權力抓回到東林黨人的手中。
用對清理侵占軍屯田地上的讓步，換取這些勳貴豪族隻把目標放田爾耕等錦衣衛身上，而不是擴大到主持整個衛所改製工作的孫承宗等東林黨人的身上。