朱由檢提出這些問題可不是為了反對修建西洋銃台，和排斥西學的。
因此他趕緊截住了劉宗周的話頭說道：“蕺山先生此言大善，整頓軍紀，宣教聖人之言，使得軍士知道為何而戰，的確很重要。像遼東遊擊將軍李永芳，朝廷責以重任，又有撫順堅城在手，然而東虜稍一進攻，就投降了。若是大明軍中將官盡是此等人，就算西洋銃台修建滿關內，東虜一來還不是依舊開城出降嗎？
不過劉先生也有些地方過於偏頗了，大明將士知曉禮儀仁義之後，我等難道要讓這些忠誠的將士們空著雙手去保家衛國嗎？如此豈不太讓大明的將士們寒心了？
有沒有大炮，大明的軍士都要保家衛國，這是軍人的職責。但是大明的將士拿著什麼武器和敵人戰鬥，這卻是朝堂之上袞袞諸公的責任。”
劉宗周雖然覺得朱由檢說的不是很有道理，但是在他心中裁撤遼東軍隊、解決遼餉問題，才是最重要的大事，因此也就不再西洋火器的問題上麵糾纏下去了。
至於徐光啟、孫元化等人，既然崇禎並沒有否定，采用西洋火器變革大明軍隊的建議，他們自然就更不會和劉宗周辯論下去了。
看著爭吵稍稍平息了一些之後，朱由檢才繼續說道：“朕之所以提出剛剛的問題，隻是想說三件事：一、西洋銃台修築之法，雖然來自泰西，然而是否適合於我大明的使用，還需要進行試驗，因此可先在京城左近試修一小台，以驗證其利弊，然後再改進技術。
二、西洋銃台修築之法乃是軍國機密，而今後修築銃台也需要專業的人手，因此朕以為兵部應當另設一軍事工程院，專門研究攻城和守城器械、城池修築方式之技術，兵部職方司主事孫元化可調任軍事工程院郎中，負責籌集管理此部門，至於之前眾人所推薦的伍繼彩、李氏父子、高一誌等人均可招錄。
三、紅夷炮、西洋銃雖是軍國利器，但是我大明轄土億兆，終不能靠買賣火器來維持國防安全。因此孫郎中、徐吏部可以招募人手，試製紅夷炮和西洋銃。且西洋火器並非隻求製造之術，西人使用火器多年，相必再使用火器之上有獨得之妙，徐吏部可通過金尼閣教士，從澳門邀請火器操作軍官，研究西洋火器操練之術。”
徐光啟、孫元化對於崇禎的任命非常感興趣，立刻答應了下來。
隨後朱由檢提到了第二個問題，“遼東兵多但是戰力不高，雖然當初朝中指望以遼人守遼土，但是到了今天遼東有兵32營，其中半數以上都是客兵，客兵月餉二兩，而主兵月餉一兩。他們麵對的都是同一個敵人，性命也同樣隻有一條，要是東虜來犯，是主兵上還是客兵上？這種製度必須要改變，不管是北兵還是南兵，不管是主兵還是客兵，都是我大明的將士，自然也要一視同仁。”
王在晉對於崇禎的這個說法，頗有不同意見，他趕緊辯解道：“主兵是本地人，有耕地可種，所以月餉才會少一些。而客兵都是外地人，他們不能種地，又要養家糊口，所以才會高一些。這主客兵製度，實際上已經考慮到本地和外地士兵的公平了。”
朱由檢並不認同王在晉的解釋，他強硬的說道：“不管是本地人還是外地人，他們守衛的都是大明的土地，難道敵軍攻占了遼東，就不會想要關內？攻下了關內，就不會想要中原？攻下了中原難道就不會想要江南？
我大明每一片土地都是屬於全體大明百姓的，沒有什麼主客之說。與其說客兵是為了保護主兵的土地，不如說正是九邊擋住了外地的入侵，他們的家人才能在家鄉安居樂業。
就算要照顧客兵的家人，那麼就給其家人免稅、免役好了，何苦要在軍隊之中弄個不平等出來？夫子也曾經說過：有國有家者，不患寡而患不均，不患貧而患不安。蓋均無貧，和無寡，安無傾。難道不是嗎？王兵部。”
對於這種士兵的待遇問題，一眾文官基本毫無興趣。而站在另一邊的勳貴們則對遼東軍的事毫不關心，因為除了兩京之外，文官根本不允許勳貴插手其他地方的軍隊，特別是戰鬥力最強的邊軍。
而王在晉的反對，是因為他是兵部尚書，他隻是想要裁撤關外的軍隊，完成他設想的山海關防線，並無意做改動軍製這種吃力不討好的事。
大明到了現在，任何一種存在的製度，背後都有不少既得利益者。他裁撤遼東軍，退守山海關，已經得罪了不少人，因此他並不想為此遭遇更大的阻力。