於是第二天，吏科都給事中陳爾翼上奏說，“聖主在位，眾正盈朝，而東林餘孽潛伏京城，意圖翻盤。請陛下命令廠衛緝拿此等餘孽。”
從錦衣衛的密報中了解了事情的整個經過之後，朱由檢簡直啼笑皆非。
10月17日，江西巡撫楊邦憲上疏請求為魏忠賢立生祠，朱由檢看著笑而不語，魏忠賢趕緊上疏辭免為自己立生祠，朱由檢順水推舟的就答應了。
幾日後魏忠賢主動向朱由檢請求，辭去提督東廠的職務。朱由檢好言安慰了幾句，以讓魏公公休息一段時間為名，讓王承恩暫時接管了提督東廠。
不準江西巡撫修建生祠，又免去了魏忠賢提督東廠的職位，猶如一個風向標，頓時把朝中的局勢給攪動起來了。
浙黨徐大化見勢頭不妙，就暗示表侄禦史楊維垣彈劾崔呈秀，袒護魏忠賢，來一個丟車保帥之計。
而工部主事陸澄源幹脆來個將計就計，直接把矛頭指向了崔呈秀，說當初熹宗奪情是因為三大殿沒修好，現在三大殿已經修完了，崔呈秀還不請辭，霸著兵部尚書的位子，到底想幹什麼？
陸澄源的誅心之言，讓崔呈秀立刻上疏請求罷免自己的職務，放他回去守製。
雖然朱由檢對於這種守孝三年的規定很不以為然，但是在這種封建禮教為主流思想的社會，他還真沒這個底氣去挑戰明朝的主流文化。
再說了，作為魏忠賢的鐵杆，崔呈秀也不值得他費這麼大力氣。於是朱由檢就答應了崔呈秀的請辭，不過對於崔呈秀空出來的兵部尚書，朱由檢並沒有同意讓田吉上位，而是下令召回被發配去南京的前兵部尚書王在晉。
這些日子來，朱由檢仔細研究了南北兩京六部尚書的履曆，發覺這位前兵部尚書對遼東的看法和合他的意思，因此就趁機把他給調了回來。
崔呈秀的去職，就像是閹黨倒下的第一塊骨牌。很快兵部主事錢元慤就跳出來疏劾魏忠賢，說崔呈秀的後台老板就是魏忠賢，請求革除魏忠賢一切職務，讓他回鄉下種田去。
朱由檢對於錢元慤的上疏隻是輕描淡寫的責罵了幾句，但是沒有進行任何追究。
10月27日嘉興貢生錢嘉徵再次疏劾魏忠賢，並列舉了十大罪狀。
這封疏劾內所謂的十大罪狀，全都是一些道聽途說，捕風捉影之事，朱由檢對此簡直嗤之以鼻。
不過他也知道事情應該到此為止了，再等下去這幫東林黨人就更得寸進尺了。
於是當晚，朱由檢把魏忠賢叫了過來，讓王承恩把這上疏一條條的念給魏忠賢聽。
魏忠賢一時汗如雨下，喃喃而不能自辯。朱由檢看了魏忠賢很久，才忽然變成笑臉說道：“魏公公，看來你這些年真是得罪了不少人啊。”