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事業概況校本部和附屬醫院共有教職工和醫務人員18100餘人，其中院士5人，正高級職稱700餘人，副高級職稱2000餘人。校本部有教職工1553人，其中專任教師567人，包括教授60人，副教授164人，講師201人。該校設有7年製臨床醫學和口腔醫學專業，5年製臨床醫學、口腔醫學、預防醫學、生物醫學工程、護理學、中醫學和中藥學專業，臨床醫學中設有兒科醫學和精神病學與精神衛生專業方向。成人學曆教育專升本設有臨床醫學、口腔醫學、預防醫學、生物醫學工程、護理學和中醫學；專科設有臨床醫學、口腔修複工藝學、預防醫學、護理學、醫學檢驗、康複技術、藥學、醫學影像、眼科驗光、實驗動物、中醫學、中藥經營貿易、中藥製劑、按摩和醫學信息學專業。該校設有碩士學位授予權學科29個，其中基礎學科11個，臨床醫學18個；有博士學位授予權學科13個，設有1個博士後科研流動站。現有3個國家級重點學科。附屬醫院有宣武醫院、友誼醫院和朝陽醫院等11所，共有病床7702張。該校全年招生4163人，其中博士生101人，碩士生286人，本科生665人，專科生872人，夜大生2239人。畢業生2568人，其中博士生44人，碩士生132人，本科生417人，專科生657人，夜大生1318人。在校生14269人，其中博士生236人，碩士生665人，本科生2884人，專科生2124人，夜大生8360人。校本部和附屬醫院占地麵積為77.70萬平方米，總建築麵積94.30萬平方米，固定資產總值26.3億元，圖書館藏書量85.3餘萬冊。
召開三屆六次教代會1月9日，該校召開第三屆教代會第六次會議，126名正式代表及20名特邀、列席代表出席會議。會議聽取了徐群淵校長的工作報告，林瑞海副校長的財務工作報告、福利費管理使用情況報告等。會議代表按照教代會的4項職權，審議了《首都醫科大學關於推行校務公開工作的實施辦法(草案)》，通過了《首都醫科大學關於預售玉林小區住宅樓房的實施方案(第八稿)》。這是該校調整合並前召開的最後一次教代會。
機構改革與院校調整3月22日，召開宣布該校黨政領導正職大會。大會由市委教育工委副書記李明主持。市委副書記龍新民、市委組織部副局級組織員兼宣教政法幹部處處長陳燕山等到會並講話。該校校本部、宣武醫院和各二級學院中層以上領導幹部共115人參加了會議。陳燕山宣布市衛生局、市教委《關於轉發市編委關於北京市醫學院校合並調整的批複的通知》。史炳忠任首都醫科大學黨委書記(兼)；免去杜金香黨委書記職務，杜金香任校長兼黨委副書記；免去徐群淵校長職務。
4月29日，宣布該校黨政領導副職大會召開。黨委書記史炳忠主持大會，市委教育工委副書記李明、市委組織部陳燕山處長、市委教育工委委員、幹部處處長劉宇輝等出席。該校中層以上領導幹部及各民主黨派負責人共115人參加了會議。陳燕山宣布市委教育工委《關於馬誼平、劉聰敏等同誌職務任免的通知》、市政府《關於齊等4名同誌任免的通知》。至此，該校新的黨政領導班子調整到位，其組成為：黨委書記：史炳忠(兼)；副書記：杜金香、馬誼平、管仲軍；校長：杜金香；副校長：王玉慧、齊、王道瑞、梁萬年；紀委書記：林瑞海。
4月4日，市政府副秘書長戴衛主持召開了《關於北京市高等醫學院校調整合並方案實施中有關問題的意見》協調會，市有關委辦局領導和該校黨委書記史炳忠、校長杜金香出席了會議。會議明確：①新組建的首都醫科大學具有獨立法人資格，是統一的辦學實體。原北京醫學高等專科學校、北京聯合大學中醫藥學院、北京職工醫學院、北京市衛生職工電教中專學校的建製撤銷，不再分別具有獨立法人資格。②首都醫科大學要按照合並方案，統籌考慮學校總體布局，合理規劃校區功能，進一步優化教育資源配置，不斷提高辦學質量和效益。③首都醫科大學要對原北京醫學高等專科學校、北京聯合大學中醫藥學院、北京職工醫學院現有在校生的學籍及畢業證書發放、畢業生就業工作實行統一管理。④首都醫科大學基本建設管理程序由市衛生局劃歸市教委管理，並辦理變更有關手續。統一經費撥款渠道。⑤在合並過程中進行審計。會議還對調整合並後首都醫科大學經費額度、增加附屬醫院和調整合並專項經費等問題進行了討論。
6月6日～8日，該校舉辦調整合並後第一次中層幹部學習班。全體中層以上幹部100多人參加會議。學習班的主題是“統一思想，團結一致，振奮精神，開拓未來”。
10月23日，市教委主任耿學超帶隊對該校黨政領導班子及其成員貫徹執行黨風廉政建設責任製的情況進行了檢查。檢查組分兩組聽取了校級領導班子成員關於貫徹執行黨風廉政建設責任製的情況彙報；聽取了教職工代表對領導班子貫徹落實黨風廉政建設責任製情況的意見；查閱了有關文件、資料、會議記錄。對領導班子和領導班子成員進行了民主測評。
教學工作1月23日，根據教育部通知，批準該校3個學科為高等學校重點學科，分別為：神經外科學、眼科學和耳鼻咽喉科學。該校於2001年3月開始在基礎和臨床學科開展申報和初評工作。
3月，該校基礎醫學院張瑾峰副教授榮獲霍英東教育基金會第八屆青年教師獎三等獎(教學類)。張瑾峰曾參加北京高校首屆青年教師教學基本功比賽，榮獲優秀獎。是北京市優秀教師。該校已有4人獲此殊榮。5月30日，該校與蘭州大學簽訂合作辦學協議。根據協議，合作辦學的第一批學生80人(臨床醫學和口腔醫學專業各40人)於2003年秋進入蘭州大學學習一年。這是該校為適應國家和北京市對高層次醫學人才的需求，提高7年製臨床醫學專業和口腔醫學專業的培養水平所采取的重要步驟。6月28日，由清華大學、西安交通大學、香港理工大學等單位組成的專家組對該校提出的開設假肢矯形工程本科教育專業進行考察並通過。該校是全國最早開辦生物醫學工程專業本科教育的學校之一，多年的教育實踐為開辦假肢矯形工程專業奠定了堅實的工科教育基礎。與該校共建此專業的民政部假肢與矯形技術學校在德國政府多年的援助下，已經建立了一支亞洲一流的教師隊伍和世界一流的實踐教學基地。因此，兩校合作辦學，完全具備了開展這一專業本科教育的實力和條件。這種中央與地方院校采取優勢互補，資源共享，充分利用國際教育資源開展社會急需專業人才培養的辦學模式是一種有益的探索。此專業的開設在國內尚屬首次。
7月，由該校原副校長陳和於書彥、謝培英、線福華、宋延月完成的“一般醫學院校臨床醫學專業本科教學內容與課程體係改革與實踐研究”榮獲國家級二等獎。該獎項由國家級高等教育教學成果獎評審委員會評審確定。10月，社科部薑冰副教授講授的“正確認識資本主義經濟發展的兩種趨勢”教學錄像片通過教育部專家委員會評定，入選全國高校第二批“兩課”精彩一課教學示範片。
研究生工作。4月，經該校學位評定委員會評定，共有76人獲得研究生指導教師資格，其中獲得博士研究生導師資格12人，碩士研究生導師資格64人。12月29日，該校研究生會成立。研究生會委員會選舉產生了由7人組成的常務委員會，2002級碩士生許曉岩為第一任研究生會主席，王蓓蓓為常務副主席，萬偉慶、王紅祿、陳紅燕、康帥為副主席，潘峰為秘書長。