體製改革與管理在首次崗位聘任工作的基礎上，進行了職工崗位聘任的續聘工作。要求各科室嚴格按照崗位職責，結合年度考核的要求，遵循客觀公正、民主公開、注重實績的原則，堅持領導與群眾、平時與定期、定性與定量相結合的方法，對每一位職工進行全麵的考核，並將考核結果作為評優和續聘的主要依據。為此，完善了聘任工作管理。在經濟管理上，繼續執行院科兩級管理及以科室收支核算為基礎的院浮動工資分配方案。根據醫院經濟總指標製定了各科室經濟指標，從收入到浮動工資分配等一係列工作，基本做到了數字化管理。繼續實行醫藥分開核算，擴大成本核算內容。
醫療工作門診1330694人次，日均門診3645.7人次；其中急診84468人次，搶救成功率99.9%。住院患者22642人次，7日確診率96.3%，出入院診斷符合率99.3%，治愈率47.5%，好轉率36.2%，死亡率0.6%，住院病人搶救成功率96.0%。床位使用率106.7%，周轉率30.5次/年/床。全年手術9452例。組織院內疑難病會診37人次，外派會診122人次。
開展醫療新技術有：內科的電子胃鏡檢查術，耳聲發射檢測等。外科成功地完成了首例減體積肝髒移植手術，改良部分腹腔鏡手術的原有手術方法，實施小年齡組脊柱側彎矯形的前後路矯形，C-型臂引導下骨髓腔內治療骨囊腫等一些手術方式。急救中心開展CPAP裝置和無創機械通氣的臨床研究，並開始進行肺表麵活性物質治療新生兒胎糞吸入綜合征的國內多中心研究，以及經外周植入靜脈導管進行靜脈營養和沐舒坦試驗治療等。血液中心第一例HLA半相結合骨髓造血肝細胞移植病人順利出倉。為配合肝細胞移植，開展了成人供者的骨髓采集，小體重正常供者的外周血幹細胞的采集，骨髓及外周血幹細胞的CD34+細胞檢測，正常成人供者骨髓采集前的自體血采集以及環孢黴素A的血藥濃度測定等。為配合臨床，有關科室開展了動態腦電圖檢查，皮膚血管介入治療，小兒全身血管及腫瘤內血運的彩色多普勒超聲檢查。放射科將普通攝影改為現代數字化攝影CR、DR。保健中心開展兒童氣質測評。神經—康複中心成立了矯形器製作室。特需門診建立了社會健康兒童查體中心。另新增設專業門診16個。先後與溫州醫學院附屬育嬰兒童醫院、無錫市兒童醫院等建立醫療合作關係。
護理工作護理質量標準完成情況：一級護理合格41511人次，病人42202人次，合格率98.36%；護理技術操作合格6372人次，操作總人數6518人次，合格率97.76%；護理文件書寫合格40292份，抽查41257份，合格率97.66%；急救用品完好6630件，檢查6630件，完好率100%；消毒隔離檢查合格項目數10369，被抽查項目數10397，合格率99.73%；基礎護理(臨床護理)合格41778人次，抽查42618人次，合格率98.03%；護理差錯0，護理治療2144914人次；臥床、生活不能自理者31581人次，無褥瘡發生；輸液659320人次，反應率0；輸血6249人次，輸血反應率0。
積極開展以病人為中心的整體護理，確立以病人的護理需求為第一宗旨，開展多元化的服務模式，提出全部開放探視時間和一些必要的心理護理等有利於患兒和方便家長的措施。為了保證護理質量，建立了三級質量控製管理係統和三級護理查房製度，對全體護士進行業務知識考核，病房特製定了護士長一日六查的管理規定。為使患兒的基礎護理工作落到實處，實行引進護工機製，開展對護工的招聘、培訓、考核、檢查。
600名護士全部通過再注冊。護師以上人員參加國家級、市級繼續教育認可項目培訓班102人次，護師及其以上人員參加市級認可項目專題講座459人次。完成629名護士學分手冊登記工作。組織院內專題講座23次，護理部和科護士長查房106次，病房護士長查房1152次。還組織了護理知識理論考試、兒科護理操作常規考核等。另有9名護士參加了全國兒科學術交流大會，在大會上宣讀文章5篇，有6篇在中華護理雜誌上發表，31篇登載在核心雜誌上。
科研工作爭取到北京市教委新立項的重點學科(兒科學二級學科)1個。正在進行的科研課題144項，申報項目61項，已獲準資助項目15項(國家級3項、省部級4項、局級以下8項)，合計金額近220萬元。另外，申請引進國外專家項目2項、國際合作項目4項、國內合作項目6項。
榮獲北京市科技進步二等獎1項，市級科研優秀論文獎5篇。初次啟動院內科研項目基金和科研獎勵基金，建立院內科研項目19項，資助科研基金50萬元；院內科研獎勵8項，獎金3萬元；院內獎勵科技論文231篇，獎金8萬元。全年投出科技論文201篇，核心雜誌刊載166篇。另有10餘位中青年醫師進入中華醫學會相應專業組擔任不同職務，特別是有3人分別擔任了主任委員、副主任委員職務。
醫學教育接受首都醫科大學臨床教學基地教學資料專項複評工作，進一步完善了教學規章製度。在兒科臨床技能培訓中，使用模擬器械替代病人，進行了6類18項兒科常用臨床基本技能培訓。擴大英語教學查房試點，並將經驗及體會在第五屆全國兒科醫學教育研討會上進行了大會交流。申報全國兒科高級人才培養基地獲得批準。有4人入選市“百”工程。
現有研究生105人，其中博士17人(在職6人)，碩士88人(在職69人)。畢業研究生27人(醫學博士5人、在職博士4人、醫學碩士7人、科研碩士3人、在職碩士8人)。招收研究生41人(統招博士5人、碩士10人，在職博士4人、碩士22人)。新增補研究生導師9人(博士導師1人、碩士導師8人)，均為40歲左右的中青年骨幹。
該院護校全部教師均用電子教案上課。參與衛生部《全國兒科中初級主管護師、護師、護士》考試大綱、考試指南的修訂和部分試題的編寫工作。製定了貫徹北京市護校德育教育工作綱要實施細則。
“住院醫師論壇”項目正式啟動，共組織14次。製定了《優秀住院醫師評選條件》、《關於住院醫師論壇活動的管理規定》等製度。申報國家級繼續教育新項目6個，舉辦了第三期全國小兒腹腔鏡學習班和第一期全國白血病診治新進展學習班。全年共派出128人次參加全國性學術會議，70人次參加各類學習班，2人次參加全脫產外語培訓。
國際交流共接待12個國家和地區的外賓41批158人次，其中外賓講課18次，聽課1500餘人次。全年共辦理出國55批86人次，其中進修學習43人，訪問考察5人，參加國際會議31人，學習1人，進行合作研究6人。與荷蘭Nutricia公司及荷蘭Erasmus大學Rotterdam醫學中心Sophia兒童醫院、荷蘭AMCEmm兒童醫院、香港大學、香港中文大學、上海兒童醫學中心等共同簽署了建立Nutricia中國基金會意向書；與中國同位素公司和德國LYSOROM公司簽署了建立中德合資醫學特殊檢驗中心的合作意向書。張金哲院士在第28屆國際小兒外科年會上榮獲小兒外科印度甘地金獎。該院急救項目與意大利合作舉辦了首屆兒童高級生命支持學習班。
後勤與基建根據精簡、統一、高效的原則，建立辦事高效、運轉協調、行為規範的後勤管理體係，是醫院後勤工作麵臨的重要任務。就此，後勤部門提出在服務觀念上改變臨床一線“求我”的心態，以“微笑服務在臉上，文明用語在嘴上，勤快動作在手上，保質保量服務好”為行動準則，開展“內強素質，外塑形象”、“電話叫，人就到”等為主要內容的服務承諾，真正做好後勤保障。完成8部電梯的更新、更換管道117米等16項擴建、改造和裝修工程。與中信公司合作新建職工食堂。加強全院外線電話管理，有效地控製了話費的開支。熱力站獲得2001～2002年度運行管理達標站稱號。自1993年以來規模最大的一次財產清查工作基本完成。基建處本著“以人為本，質量第一和安全第一”的宗旨，逐步實現新門診樓改擴建工程的預定目標，於年底前基本完工，待2003年竣工驗收後啟用。加大了醫療設備購置的投入，全年新購置了CR、DR照相設備、24小時視頻腦電設備、大型全自動生化檢驗儀、心髒彩超等，共計5000萬元左右。