醫院管理按照“進一步理順醫療管理關係，進一步規範醫療管理行為和醫療操作規程”，先後調整召開了醫院設備管理委員會、藥事管理委員會、殘疾鑒定小組會，成立了質控委員會，建立了質控辦公室和科室質控小組。進一步明確了各級各類人員的工作職責和工作任務。以國家新的醫療法規實施為契機，在全院範圍內開展“學習醫療法規、規範醫療行為”的活動。出台了《醫療設備采購管理規定》、《高值耗材采購使用管理規定》、《醫療缺陷範圍》、《醫療糾紛、事故防範、處理預案》、《住院傷病員管理規定》等規章製度和工作規定。
組織相關科室對院內總後招標品種外的1658個不同型號規格的醫療器材進行了統一競價洽談，使其購置價格降低5%～20%，節約經費20餘萬元。規範了專科耗材的請領程序，明確了高值耗材采購、使用、管理的規定，研究通過了醫院設備購置計劃，使全院設備購置納入計劃管理。召開了二炮總醫院第一屆科學技術委員會會議，討論通過了《科技成果獎勵辦法》、《醫學重點專科管理辦法》、《科研課題管理辦法》、《學術論文管理辦法》、《參加學術會議管理辦法》、《科技成果轉化管理規定》、《新技術、新業務管理辦法》等7個文件。
科研與訓練全軍重點課題“二炮特種作業人員身體健康狀況調查”及“核導彈部隊人機環相關危害因素綜合作用分析”在進行充分論證和調研的基礎上，課題組人員赴相關基地開展課題研究工作。在22基地對從事放射作業工作人員的健康狀況進行了係統普查，參加查體人員233名；在55基地對接觸推進劑的相關人員有選擇地進行了健康檢查，參加查體人員634名。課題已進入資料彙總統計、分析階段。
醫院承擔的另外一項二炮後勤指令性課題“不同海拔高度製氧機效率研究及對二炮官兵生理功能影響”按課題計劃順利進行。10中旬，課題組人員赴56基地的部分高原部隊駐地，對不同海拔高度氧氣含量和製氧設備的使用情況進行了解，對高原官兵在靜息狀態下和運動狀態下的生理功能變化情況進行測試，目前正在對各項數據進行分析。本院承擔的其它4項全軍“十五”醫藥衛生科研課題和4項二炮後勤科研課題的研究工作也都在順利進行。
組織了6項課題申報國家自然科學基金。其中周丁華主任的“胃腸內窺鏡機器人新型驅動機構及其體內適應性研究”中選麵上課題，獲得17萬元的經費資助，實現了本院國家自然科學基金項目零的突破。這是醫院自1992年開始申報國家自然科學基金課題以來的首次中標。首次組織9項課題申報首都醫學發展科研基金。部分項目在專家評議中反映良好，有望獲得資助。
2002年獲得軍隊科技進步三等獎1項，軍隊醫療成果三等獎7項。二炮醫藥衛生成果一等獎1項。統計源期刊發表論文52篇，獲得院外科研課題經費資助64.5萬元。
為促進繼續醫學教育工作，製定了《第二炮兵總醫院繼續醫學教育實施辦法》。根據年初製定的院內學術活動安排，分別請基金委生命科學部葉鑫生教授、中國科學技術信息研究所張玉華研究員、政法大學劉革新教授等專家進行了《自然基金課題的申報技巧》、《如何撰寫學術論文》、《醫療事故的確認及法律責任》等12次全院性學術活動，1500人次參加。
與第四軍醫大學和武漢大學碩士研究生聯合培養工作進展順利，共有5名碩士生導師招收了碩士研究生。申報北京大學醫學部臨床教學醫院的工作也在實施中。
幹訓隊接收了7個專業的100名實習生，接收安排軍地進修生27名。
信息化建設與管理“軍衛1號”工程建設全麵鋪開。全院在應用醫生護士工作站後，又開展了手術預約和檢查(超聲、病理)預約子係統。截止目前，本院“軍衛1號”工程已應用係統43個，展開工作站微機數目136個，信息網絡已經成為醫院加強現代化管理的重要工具和手段。8月，順利通過了二炮衛生部組織的“軍衛1號”工程驗收。驗收之後又開發了科室收入查詢、藥庫庫存打印等6個功能模塊。
1月，正式運用“軍衛1號”係統生成醫院各種報表和數據，使醫學統計工作更加規範、科學。運用“軍衛1號”病案流通子係統進行病案管理，拓展了病案借閱的範圍和內容。圖書館建立了由4台微機組成的電子閱覽室，使本院醫務人員可以瀏覽解放軍醫學圖書館300多萬份網上圖書資源。
經濟管理工作。完善了獎金分配方案；調整了部分科室的費用錄入方法，堵塞了成本核算方麵存在的漏洞；對科室耗材成本及設備折舊加大了管理力度，及時對全院各科的經濟效益進行分析，建立科學的科室成本核算製度，充分發揮了經濟管理在醫院管理中作用。
衛勤準備工作聘請307醫院兩名放射醫學專家，指導本院放射醫學和推進劑醫學科的工作。在專家的指導下，已完成了兩個學科的人才、設備、建設發展規劃以及近期工作方案。並與國內放射醫學推進劑醫學的相關領域建立了密切聯係，確立了起步高、抓重點、走捷徑的建設思路。
完成總醫院一個野戰醫療所、一個野戰醫療隊、5個專科手術隊、一個核化學防護隊幾十萬字的軍事行動預案。預案在人員上進行了合理調整，科學分工，在隨行物資上進行了篩選，以適應高新技術條件下的作戰情況，在方案上注重了實用性和可操作性。
製定了第二炮兵軍事醫學研究所的組編方案，為全麵啟動軍事醫學研究所奠定了基礎。
醫療設備建設在對醫療設備全麵調研、論證的基礎上，加大了醫療設備的引進力度，全年共計購置各類醫療設備儀器86台(件)，合計1118.8萬元。萬元以上33台(件)，其中上級撥款766萬元，購置設備30台(件)，科研費購置設備2台(件)，自籌及合作購置56台(件)。引進了眼科電腦視野計、熒光造影、眼激光儀、耳鼻喉科頻閃喉鏡、心功能平板車、熒光顯微鏡、全自動化學發光免疫分析儀、體外衝擊波碎石機、全能麻醉機、燒傷科懸浮床、體外循環機及多台多參數心電監護儀等先進的醫療設備。
醫療保險工作在2001年形成一定模式並通過北京市醫保中心年度考核的基礎上，將工作重點轉移到了嚴格落實醫保政策和規章製度，提高醫療服務質量，全麵加強醫院內部管理方麵上來。將醫保有關政策製成軟件，安裝在各臨床科室微機工作站上，方便醫護人員查詢。發放醫保政策考核試卷千餘份，答卷率100%。醫保辦公室及各科醫保監督員對科室執行醫保政策情況進行定期檢查、指導，並積極做好對外宣傳工作，組織大型義診講課9次。1～10月，門診就醫醫保病人6932人次，住院病人600人次，特病25人次，發生費用近400萬元。(第二炮兵總醫院)總後衛生部藥品儀器檢驗所
幹部隊伍建設在強化思想政治工作的同時，實行了室主任聘任製，組織高級職稱任期考核，嚴格法規製度的落實，增強了專業技術幹部的危機感和競爭意識。重視繼續教育和高學曆人才的引進，送出參加學曆、學位培訓13名，各類學習班50人次。接收畢業生6名，幹部隊伍建設得到加強。下大力做好幹部轉業複員工作，7名轉業幹部按時報到。老幹部管理安置工作進展順利。2名長期無工作的幹部家屬得到安置。