關於於越族源的問題，曆來有不少爭議。現當代學者對於這一問題的探討，自1937年吳越史地研究會結集《吳越文化論叢》以來一直延續至今。概言之，大抵有“越為夏裔”說、“越為土著”說、“楚越同源”說、“三苗後裔”說等觀點，歧見迭出。目前學術界大多認為“越為夏裔”是古人的謬說，“越為土著”的認識逐漸成為主流。事實上，問題似乎並沒有這麼簡單。伴隨著分子人類學的新進展、越地考古的新發現，我們得以更清晰地認識百越族群的發生以及於越的演變。同時，過去“一刀切”式的族源觀也很難說合乎實際。基於這些新材料和新認識，我們擬對於越族源問題作進一步的探討。
總體來看，於越的族源可以分為三個層次：一是百越集團的血緣特征，可以追溯到距今2萬年前的北部灣地區，是為百越的祖源；二是東南越人的血緣特征，形成於距今8000年左右，稍遲於本區域出現新石器時代文化的時間，因此，若單從血緣看，於越是距今8000年左右本土起源的；三是從代表曆史時期越國文化的民族共同體看，於越在馬橋文化階段以後在越地逐漸形成。
若將於越族源問題追溯到第一層次，不免求之過遠；追溯至第二層次，則無可厚非；追溯至第三層次，或許更合乎實際。需要指出的是，古史茫昧，文獻闕如，加之民族的形成過程是複雜的，問題尚未到真正解決的時候。我們所做的，便是結合新材料從新的角度對於越的族源提出初步的看法。
一、分子人類學的認識與於越民族的本土發生
現代人類是多元起源抑或是同出一源，這是學術界長期爭論的話題。
中國考古學界的一些學者認為中國舊石器時代的發現說明東亞的人類演進有大致的連續性線索，吳新智先生便強調東亞人類“連續進化、附帶雜交”的假說，並以前者為趨勢，後者則與時俱增。與此不同，一些學者相信，早前從非洲擴散到舊大陸的直立人與早期智人因氣候等原因逐漸滅絕（這一點表現為古人類化石的斷層），現代人的祖先是十多萬年前在東非新崛起的一群人。隨著分子人類學研究的深入，晚期智人“走出非洲”的觀點有了愈加堅實的證據。通過對線粒體DNA（mtDNA）的研究，我們能追溯人類的母係遺傳，將現代人的祖先追溯到非洲的同一個“祖母”，得出了著名的“夏娃理論”。由於mtDNA突變速度過快，且母係基因的交流過於頻繁，這一理論招致了不少質疑。而Y染色體DNA由於是嚴格父係遺傳的，其單核苷酸突變（SNP）穩定可靠，為我們探究古今人群的演變提供了目前為止最可憑信的標尺。通過對Y-DNA的研究，我們同樣將現代人共同的“祖父”追溯到非洲，是為“亞當理論”。至此，晚期智人“走出非洲”的說法有了更為嚴密的證明。金力、宿兵、柯越海等學者的研究則表明，中國南方人群的多態性明顯高於北方人群，提示現代人類自南方進入中國，隨後由南向北逐漸遷移；並同時對攜帶南北人群共同的單倍型個體在3個Y染色體微衛星標記位點進行了基因組分型，據此估算了現代人類進入中國的時間大致在18000~60000年以前；並推測非洲起源的現代人約在60000年前從南方進入東亞，在以後的數萬年中逐漸向北遷移，遍及中國。此後的研究續有拓展，具體時間標尺或有細化與微調，但基本框架仍然是堅實的。
基於以上認識，中國乃至全世界的現代人群總體來說都是同源的。
如此，我們便遇到一個問題：既然都是同源的，那麼我們在追溯一個族群的源頭時，究竟需要追溯到哪個階段？換言之，既然大家都是從非洲“走出”的，歸根結蒂都不能說是真正意義上的“土著”，我們又該如何追溯族群發生的上限？遺傳學能提供某種遺傳特征形成的線索，但代表性遺傳特征的形成並不能等同於作為共同體的民族的形成。因為一個民族的形成需要地域、語言、習俗等方麵的同質性，這些因素的定型，才能說明一個民族的“形成”。
於越是百越的一支，百越遺留到現在的後代，主要是壯侗語係的民族。這些民族，大多分布在今天中國的西南地區，包括壯侗語係壯傣語族的壯族、傣族、布依族，侗水語族的侗族、水族、毛南族、仫佬族，黎語族的黎族，仡央語族的仡佬族等。從習俗看，百越先民“斷發文身”、崇蛇、崇鳥等習俗亦為他們所繼承。而現代漢族的大多數人群則與氐羌一係的民族有著更密切的聯係。漢語族與同屬漢藏語係的藏緬語族具有同源關係，從傳統的體質人類學角度看，現代的華北地區人群與新石器時代甘青地區的先民相當接近，可與分子人類學的研究成果相參證。而廣泛分布於華南地區的百越族群從血緣、語言等方麵看，均與中國北方人群存在相當程度的差異。在古代，百越作為一個大的集團活躍於中國的南部，其內部各族群的共性與異性究竟如何，尚需要我們進一步探討。
在李輝等先生的努力下，包括百越在內的澳泰族群的遺傳譜係研究已經取得重大突破，為我們看待於越乃至百越的族源問題提供了前所未有的直接依據。而目前研究越文化的論著大多對此無甚關注，無疑是令人遺憾的。此前的體質人類學研究表明，廣東、廣西、福建、浙江等地的新石器時代人群，普遍帶有蒙古人種南亞類型的特點，與同時代北方人群相比存在較大差異。這些地域的人群體質特征趨同，大抵相當於百越。李輝先生則通過對百越後裔Y染色體DNA的研究，指出百越的遺傳結構存在東越、西越一元二分的現象，即均有大量的M119、M110或M95、M88突變，為其他族群所缺乏，所有的百越群體首先是有整體性的，共性是最主要的。李輝先生後來進一步指出，大約3萬年前，蒙古人種的一支———澳泰群體走越南—廣西路線，在北部灣一帶孕育了很長時間，O1單倍群就是2萬多年前在此出現的；後來廣西內陸的山地群體和北部灣沿岸的群體發生了差異，14000多年前，沿海群體向東遷徙，散布到了整個廣東和台灣的海岸線上；在大約10000年前，廣東西部的群體和東部的群體發生了差異，大約8000多年前，廣東東部的某一個部族中開始萌發新石器文化和農業文明，並迅速擴張開來，江浙越人祖先的遺傳特征便形成於8000多年前。
可以說，北部灣地區是百越集團的“祖庭”，這裏屬於淩純聲先生所說的“亞洲地中海”沿岸。如果將於越的族源追溯於此，或許也無可厚非。
從目前材料看，至遲在良渚文化時期，在越地生活的人群已經屬於百越集團。但需要注意的是，越地的考古學文化經曆了數次輪替、融合，現在遽斷良渚文化先民是後來於越民族的直接祖先還為時尚早。過去論者多以越地的考古學文化“一脈相承”來說明於越是越地土著，但是否果真是“一脈相承”仍是值得討論的。最早在越地出現的人群是上山文化的先民，其後出現了跨湖橋文化。此後環太湖流域馬家浜文化穩步發展，寧紹平原的河姆渡文化亦別有風光，兩者雖然在某些方麵存在交流，在文化上亦存在共性，但總體而言區別較大。馬家浜文化發展為崧澤文化，崧澤文化已初步有了階層分化，為其後如日中天的良渚文化奠定了基礎。良渚文化後來將寧紹平原囊括，環太湖流域與寧紹平原趨於統一，是為第一次融合。
良渚文化最終在東南地區衰亡，此後出現的錢山漾文化與廣富林文化既有土著因素，也受到北方文化的強烈影響。尤其是廣富林文化，學者認為其主體為河南地區的王油坊類型文化遺存，兼有浙南閩北的印紋陶文化因素。廣富林文化與良渚文化之間存在較大差異，文化的更迭背後或存在人群的更迭亦未可知。廣富林文化之後的馬橋文化與良渚文化差距更大，來自中原二裏頭文化以及浙南閩北的影響更為強烈，其紅褐陶係來自浙南閩北的肩頭弄一單元文化遺存。在錢山漾文化、廣富林文化和馬橋文化時期，越地的考古學文化已經不止於當地的融彙，而是吸收了更多來自中原及南方的文化因素，有學者便將廣富林文化與馬橋文化的創造者視作兩支外來人群。由於百越集團在南方廣泛分布，在錢山漾文化、廣富林文化以至馬橋文化時期有大批浙南閩北或其他周邊區域的東南越人進入蘇南浙北地區並不是沒有可能的。如果存在這一現象，即便良渚文化的創造主體已經基本離開環太湖流域，同樣有可能造成良渚文化至馬橋文化遺傳結構“一脈相承”的觀察結果。在良渚文化時期，浙南便出現了良渚文化影響的跡象，浙北與浙南的密切聯係至遲追溯於此，這一個因素也需要考慮在內。
我們現在隻能說，從目前的材料看，從良渚文化到馬橋文化到越國時期，越地的主體人群屬於百越係統，具體來說屬於東南越人，其遺傳特征形成於距今8000年左右，這自然是對“越為土著”說有利的。但東南越人不等同於於越，於越是越國文化的創造主體，而越國文化之前的越地考古學文化的演變較為複雜，甚至發生過多次輪替，其間發生過文化的斷層與人群的遷徙、分化及融合，所以我們並不能輕易將良渚文化或者河姆渡文化的主體等同於於越。但我們至少可以將於越的曆史追溯到馬橋文化，馬橋文化一般被認為是越國文化的前身，而馬橋文化確乎是在越地形成的。從這一層麵講，說於越是在越地本土發生的，自然也是可以成立的。