玄至江陵，收集荊州兵，有眾二萬，複挾安帝東下。行抵崢嶸洲，正值劉毅各軍，揚帆前來。劉道規望玄船，麾眾先進，劉毅、何無忌，鼓棹隨行。此時正是仲夏天氣，西南風吹得甚勁，道規乘風縱火，毅等亦助薪揚威，燒得長江上下，煙霧迷。玄所督領諸戰艦，多半被焚，部卒大亂。玄慌忙改乘小舟，仍將安帝挾去，遁還江陵。
部將殷仲文叛玄降劉，奉晉二後還京。玄再返江陵，人情離叛，沒奈何乘夜出奔，欲往漢中。南郡太守王騰之，荊州別駕王康產，奉安帝入南郡府，尋遷江陵。
益州刺史毛璩有侄修之，為玄屯騎校尉，誘玄入蜀。玄依言西行，至枚回洲，適上流來了喪船數艘，船首立著一員衛弁，與修之打了一個照麵，便厲聲呼道：“來船中有無逆賊？”修之不答，桓玄卻顫聲說道：“我是當今新天子，何處盜賊，敢來妄言！”此時還想稱帝，太不自量。道言未絕，那對船上又跳出二將，拈弓搭矢，飛射過來，玄嬖人萬蓋、丁仙期，挺身蔽玄，俱被射倒。玄正在驚惶，突有數人持刀躍入，為首的正是對船衛弁。便駭問道：“汝……汝等何人？敢犯天子！”衛弁即應聲道：“我等來殺天子的賊臣！”說至此，即用刀劈玄，光芒一閃，玄首分離。看官道衛弁為誰？原來是益州督護馮遷。
益州毛璩有弟毛，為寧州刺史，在任病歿。璩使兄孫？之，及參軍費恬，扶櫬歸葬，並派馮遷護喪。恰巧中流遇著玄船，由修之傳遞眼色，便一齊動手，殺死賊玄。看官不必細問，就可知對船發矢的二將，便是費恬、毛？之了。馮遷既梟玄首，執住玄子桓升，殺死玄族桓石康、桓浚，令毛修之齎獻玄首，及檻解桓升，馳詣江陵。安帝封毛修之為驍騎將軍，誅升東市，下詔大赦，惟桓氏不原。
玄從子桓振，逃匿華容浦中，招聚黨徒，得數千人，探得劉毅等退屯尋陽，即襲擊江陵城。桓謙亦匿居沮川，糾眾應振。江陵城內，隻有王騰之、王康產二人守著，士卒無多，徑被兩桓掩入。騰之、康產戰死。安帝尚寓居江陵行宮，振持刀進見，意欲行弑。還是桓謙馳入勸阻，方才罷手，下拜而出。為玄舉哀發喪，謙率百官朝謁安帝，奉還璽綬，所有侍禦左右，一律撤換，改用兩桓黨羽，乘勢攻取襄陽等城。
劉毅等還居尋陽，總道是元凶就戮，逆焰消除，可以高枕無憂，哪知死灰複燃，複有兩桓餘孽，襲取江陵。急忙令何無忌、劉道規二將，進討兩桓。師至碼頭，已由桓謙派兵扼住。兩下裏殺了一場，謙眾敗退。無忌、道規，直趨江陵。桓振令黨徒馮該，設伏楊林，自率眾逆戰靈溪，無忌恃勝輕進，被賊軍兩路殺出，衝斷陣勢，大敗奔還。幸虧劉敬宣聚糧繕船，接濟無忌、道規，複得成軍，蹶而複振。
敬宣即劉牢之子，前時逃往山陽，擬募兵討玄，未克如願。再往南燕乞師，南燕主慕容德，不肯發兵。敬宣潛結青州大族，及鮮卑豪酋，謀襲燕都，事泄還南。時玄已敗死，走歸劉裕，裕令為晉陵太守，尋又遷授江州刺史。他因劉毅等討玄餘黨，所以籌備舟械，隨時接應。補筆不漏。
無忌、道規得此一助，再進兵夏口。毅亦督軍隨進，攻入魯城。道規亦拔偃月壘，複會師進克巴陵。號令嚴整，沿途無犯，再鼓眾至碼頭。桓振挾安帝出屯江律，遣使請和，求割江、荊二州，奉還天子。以皇帝為交換品，卻是奇聞。毅等不許。會南陽太守魯宗之，起兵襲襄陽，振還軍與戰，留桓謙、馮該守江陵。謙遣該守豫章口，為毅等擊敗，謙棄城遁走。毅等馳入江陵，擒住逆黨卞範之等，一並梟斬。
安帝時在江陵，未被桓振挾去。毅得入研宮謁帝，由帝麵加慰勞，一切處置，悉歸毅主持。毅正擬追剿兩桓，適振回救江陵，在途聞城已失守，眾皆駭散，振亦隻好逃匿？州。既而召集散眾，複襲江陵，為將軍劉懷肅所聞，伏兵邀擊，一鼓誅振。振為桓氏後起悍將，至此斃命，桓氏遺孽垂盡，惟桓謙等奔入後秦。