在公元3800年，我們的主角王飛還在家裏打著最近新出的神奇寶貝遊戲。主角王飛從小就愛玩口袋妖怪的遊戲。要是問起他最喜歡什麼普通的什麼神奇寶貝，他一定會說皮神皮卡丘。他從小就開始看起神奇寶貝這部動漫，所以他從小就被裏麵的皮卡丘所迷惑，他認為裏麵的皮卡丘是普通神奇寶貝裏最強的，所以他每次玩口袋妖怪的遊戲都是要在隊伍加上一隻皮卡丘有時候可能不是用來當主力，但是他還是用皮卡丘來打。
就在這天他在手機上打最新出來的神奇寶貝遊戲的時候突然手機黑屏，過了幾秒屏幕上出現了幾個鮮紅的大字：末日即將到來，到時會有神奇寶貝出現在現世，它們是你們生存的希望。於此同時全世界的電子屏幕上都出現了這段話。就在我們的主角王飛興奮的同時，在那段話下麵出現了倒計時，距離末日病毒到來還有72小時。當王飛看後就更興奮了，因為就隻有72個小時也就三天就可以見到隻在遊戲裏出現的神奇寶貝了。
但是卻隻有少部分人相信去商場大規模的購物，我們的主角王飛就是其中一個。王飛在一個大商場裏買了近幾千塊的食物和水，有很多人用一種奇怪的眼光看著王飛，看得王飛都有點不自在了，都以為他相信了那鋪天蓋地的紅色提心。幸好這個商場夠大，裏麵的食物夠多不然還怎麼購買足夠的食物來應付3天後的末日。雖然聽說有神奇寶貝會來到，但是沒有遇到會怎麼辦！
當王飛回到他租的房子是所有的租客都在笑他因為他都已經是一個剛畢業的大學生還回信這東西，而且還玩口袋妖怪這種幼稚的遊戲。要知道口袋妖怪這遊戲隻有那些小學生才會玩而且現在玩神奇寶貝的已經沒有多少人會玩，就連最基礎的屬性克製都不知道，隻知道最基礎的水火草三係的克製。所以沒有多少人會相信！
就在神奇寶貝的世界裏（這個世界是真的存在的）聯盟裏一群人在那裏開會，他們的談話內竟然是將在地球上出現的末日，不過他們這是說三天後會出現一個空間縫隙會通向另一個世界（就是我們所處的世界）於此同時關服最強地下黑黨組織火箭隊。不過他們也在談論與聯盟一樣的話題：三天後出現的空間縫隙。
我們回到地球，隻見三天後就已經過去了。就在第三天早上，天上一片霧蒙蒙的。就像是一片霧霾籠罩在天上，而且就像是要下雨，但是一直不下雨。就像是陰雨天一樣。
這時，突然有人大叫：“老王，你幹嘛咬我！”之後，有一部分人都像是發了瘋一樣，瘋狂的咬著自己身邊的人。王飛看到這些腦子裏突然想起三天前手機上的字幕：末日將在三天後爆發，你們的唯一希望就是找到神奇寶貝並得到它們的認可。
王飛看到這些已經顧不上有沒有小精靈的出現，就飛快的奔向自己那個出租房，，因為在那裏有著他在末日前所購買的食物。可以讓他在一段時間內不會鬧饑荒。當他上網看最新信息時，卻看到了這樣一則信息：請各位人民注意，現在世界上發生了一種新型病毒，請各位在自己家裏守好，等待政府的救援。
很快一個星期過去了，王飛的食物也所剩無幾了。但是他卻連神奇寶貝的影子都沒看見一個。再加上食物都快沒了，於是他決定去外麵探探路，找點吃的。