科學院的教職員工，都參加了1942年的延安整風學習運動。當年下半年，在教師與幹部中學習整風文件，結合自己的工作總結經驗教訓，開展批評與自我批評。學員利用政治課的時間進行整風文件的學習，使廣大教職員工的馬列主義理論水平和共產主義的覺悟普遍得到提高，取得很大收獲。但在1943年下半年搞的審幹中，搞“搶救運動”發生了偏差，以致停課一段時間。
後兩年的自然科學院
1943年秋後，中央決定自然科學院與魯迅藝術學院等合並成立延安大學，搬到橋兒溝，補習班學員並入延大中學部，後勤工作並入延大校部，院的行政和黨務工作由原來的副院長、總支書記臨時負責。教師和本科、預科的學生主要是搞整風審幹了。1944年，全邊區繼續開展大生產運動，黨、政、軍、民、學毫無例外地都參加。科學院除留下少數人繼續抓整風審幹中的遺留問題外，大多數師生和幹部分別組成若幹生產小組，有的到工廠，有的下農村，有的到行政基建部門，分頭參加不同的生產勞動，盡量做到專業實習和政治鍛煉相結合。
1944年夏初，自然科學院又遷到文化溝，恢複上課。由軍事工業局局長李強兼任院長，惲子強任副院長。組織機構實行精減，在院長、副院長領導下，設總務科和教幹科。教幹科負責教務、人事和政治工作；設農業係、機械工程係、化學工程係共三個係五個班級：農業、機一、機二、化工一、化工二。本科學生、預科學生（補習班高年級的一、二、三班和當時由晉察冀邊區華北聯大送來的幾十名學生）都分別歸各係分班進行學習。在黨務方麵，院設分總支委員會（因延安大學設總支委員會）。分總支書記由分管政工、黨務、人事的教幹科副科長兼任，下設四個支部：三個係的教師和學生各合編成一個支部，兩個科設一個支部。院務會議由院長、副院長、係主任、科長參加，實行集體領導。這時，原來的本科學生已基本上學完了教學計劃所規定的課程，原來的預科學生和從補習班升上來的一些學生以及前幾年陸續新來的學生也已經上本科的課程。教學著重於實用方麵，在增添部分應用課程的同時，更多側重於實習。原來大學部的老同學，學農的由一部分教師帶領下鄉，建立實習農場；學工的到軍事工業局領導的有關工廠，參加實際的生產勞動，使理論學習與生產實踐更好地結合。1945年8月抗戰勝利後，中央決定自然科學院原來大學部的最老的一班學生畢業，由中央組織部分配到各解放區去工作。另一部分師生調出來分配工作，其餘部分工科方麵的教師和學生，攜帶重要教學資料，分別在九十月從延安出發，遷移到張家口。
離開延安後的情況
延安自然科學院的教師、學員，多數人到張家口以後，成立了晉察冀邊區工業專門學校。1946年10月，張家口失守，就撤退到晉察冀邊區老根據地河北建屏縣。大部分師生就地分配工作，有些分配到東北和其他解放區去工作，有些由組織上送到國外繼續學習。例如，李鵬同誌就是1947年到東北解放區哈爾濱後送到蘇聯去學習的。全國解放以後，一部分原來自然科學院預科的學生，當時已達到高中畢業文化程度的有些人由教育部送到清華大學和大連工學院等校繼續學習一二年後，大部分又被送到蘇聯留學。例如彭士祿、廖予群、王靜宇就是到大連工學院學習後送到蘇聯去學習的。1948年，華北人民政府成立後，晉察冀邊區工業專門學校與晉冀魯豫北方大學工學院合並，成立了華北大學工學院。北平解放後，華北大學工學院又遷到北平。此後，中法大學理學院的一部分和東北兵專相繼並入，1952年改名為北京工業學院。
結束語
據初步調查統計，在延安自然科學院工作過的教師有40多人，黨政幹部30多人。他們在科學院工作期間，都是認真負責、積極工作的。教師都受過高等教育，黨政幹部多數也有中學以上文化程度。離開科學院以後，教師和文化程度比較高的幹部在全國解放以前，留在延安和分配到其他根據地工作。大多數人也做科學技術和文化教育工作。全國解放以後，許多人成為國家機關、科學部門、生產部門和高等學校的業務和領導骨幹。先後在延安自然科學院學習過的學生，據不完全的初步調查統計，約有300多人。在全國解放以前，大學部的20多人都先後分配在延安和其他根據地工作；高中部的大部分和初中部的一部分同學，根據革命工作需要，先後離校分配工作。全國解放以後，這批當時到延安參加革命的青年學生，經過黨的教育、學校學習和工作中的實際鍛煉，絕大多數人政治覺悟、業務知識和工作能力方麵不斷進步提高。他們分布在全國各地，許多人都成了業務專家和領導骨幹。有大學教師，有研究機關的研究員，有生產部門的工程師，有高等學校和研究機關的負責人，有中央和省、市自治區的黨政領導幹部，正在為我國的“四化”事業做出積極的貢獻。
延安自然科學院是在抗日戰爭極端困難的時候，由黨中央直接領導創辦的第一所理工科高等學校。現在來看，那時學校的教學設備、師資隊伍是相當差的。但與當時延安的其他學校相比，從教師隊伍的業務水平、學習年限和教學內容等方麵看，這所學校還是一所比較正規的高等學校。當時辦這樣的學校是很不容易的，師生員工艱苦奮鬥的工作、學習精神是值得發揚的。
延安自然科學院的師生，抗日戰爭時期在陝甘寧邊區的生產建設事業中發揮了一定的作用；科學院在解放戰爭期間為各個解放區培養了一批有覺悟、有科學文化知識的幹部，在全國解放以後，他們都成了各方麵的業務和領導骨幹。延安自然科學院的創辦，對革命戰爭時期和社會主義建設時期都做出了貢獻。這說明黨中央當時決定成立自然科學院是英明的，很有遠見的。
後記
延安自然科學院這段曆史已經過去40多年了，一些創建學校的同誌不在了。我與衛之同誌今春會見了一些同誌，對這段曆史進行了座談、回憶，又從張聯同誌處要來一些材料。我盡力回憶、整理，寫出了初稿。對此，衛之同誌又做了一些補充和修改。這個材料，一定不完備，不完美，以至有缺點錯誤。請同誌們批評、改正！