基金投資管理公司對基金資產的運用主要體現在用基金資產進行投資運作的過程中。基金投資管理公司的研究分析人員及時搜集到從國際、國內宏觀經濟形勢到各家上市企業具體經營狀況的詳細資料，以供基金經理在投資決策時參考。基金經理則利用他們掌握的豐富的投資分析和投資組合管理知識經驗，進行股票、債券等證券買賣，不斷增加投資者的財富。基金管理公司內部設置監察與稽核部門，定期對基金經理的投資決策等內部工作進行查核，以減少基金運作中的風險。基金投資管理公司還要定期公布基金資產淨值、基金投資組合、基金財務報告等信息。對於基民來說應該知道基金作為專業投資究竟是如何操作的，基金公司又是如何進行投資專業運作的。
投資基金運作流程包括以下步驟：
1.投資者資金彙集成基金；
首先明確在投資之前要了解的幾個基本概念，投資者即基金的實際買入者；信托人（托管銀行）則為基金的名義持有者，負責基金資產的保管，由有良好資信的金融機構出任；經理人則是由各類投資專家組成的基金管理公司，負責基金的投資運作。基金公司首先將基金集中起來彙集成基金交給信托人保管，再由經理人去經營。投資基金現在已經作為一種大眾化的信托投資工具被人們普遍接受。
2.彙集成的該基金由委托投資專家——基金管理人投資運作；
基金管理人是負責基金的具體投資操作和日常管理的機構。憑借專門的知識與經驗，運用所管理基金的資產，根據法律、法規及基金章程或基金契約的規定，按照科學的投資組合原理進行投資決策，謀求所管理的基金資產不斷增值，並使基金持有人獲取盡可能多收益。為了保護投資者的利益，基金主管機關要對基金管理人的資格作出嚴格規定，以使基金管理人更好地承擔管理基金的責任。
投資者、基金管理人和基金托管人通過基金合同方式建立信托協議，確立投資者出資（並享有收益、承擔風險）、基金管理人受托負責理財、基金托管人負責保管資金三者之間的信托關係。
基金管理人與基金托管人通過托管協議確立雙方的責權關係。在我國，基金托管人必須由合格的商業銀行擔任，基金管理人必須由專業的基金管理人擔任。基金投資人享受證券投資基金的收益，也承擔虧損的風險。
3.基金管理人經過專業理財，將投資收益分予投資者。
基金管理人在專業理財方麵具有明顯優勢。這是因為，盡管商業銀行的也為客戶提供理財服務，同時本身也有理財產品，比如現在一些商業銀行推出的理財計劃產品，但銀行、證券公司和保險公司更多是承擔了理財產品的銷售渠道功能；基金公司則更多地屬於理財產品的製造商，尤其在股票投資理財產品方麵，由於依托較強的研究和投資團隊，所以基金的證券投資更為專業一些。另一方麵，銀行開發的理財產品多為低風險類型，而基金公司的股票基金產品為風險與收益較高的一類。
基金投資管理公司在最初成立時都會配備有豐富證券經驗的基金管理人才，要有科學分工的組織機構，明確可行的基金管理計劃，以及建立健全的投資運作的管理製度，配備先進的技術設施，從而為日後對基金資產進行有效的管理和運用奠定堅實的基礎。