其次，作為一個宗教思想，它也肯定有鬼神的存在。但神人關係卻與一般認為鬼神能主宰或影響人之命運者不同，而是以人為主，以神為輔的。所以說天道一陰一陽，陽德而陰刑、陽善而陰惡，人若為善，陽神助之，若為惡，陰神（鬼）助之。它說：故人乃道之根柄，神之長也。當知其意，善自持養之，可得壽老。不善養身，為諸神所咎，神叛人去，身安得善乎？為善不敢失繩墨，不敢自欺。為善亦神自知之，惡亦神自知之，非為他神，乃身中神也。故端身靖神，乃治之本也、壽之征也。（《錄身正神法》）這段話有幾個重點：（1）人為神之長。經文中常把人神關係比喻為官長和吏使，又說神能助人，都是用以強調人應自己負責，自己去積善積德。
（2）人為善，陽神來助；為惡，則陰神來配合。這種關係，又稱為“應”，即感應之“應”。卷五十：“相應者，乃當內究於心，外應於神祇，遠近相動”，遂有吉凶。故吉凶非神祇使其然，而是自己行為的結果。神隻是與人的行為相呼應、相感應罷了。
（3）一切吉凶都由自己造成，那麼這所謂鬼神，說穿了，其實僅是自己精神狀態的一種投射而已。這是最具關鍵性的觀念。鬼神非人以外的力量（extr-humnpower），甚至也不是人以外的存在物，它根本就在自己身上，即所謂身中神。《太平經》中並把“身中神”分隸五髒，用以具體指人的精神。影響到後來《黃庭經》《上清大洞真經》等一係列存思身中神的養生修煉法。
（4）因為神祇其實隻是指自己的精神，因此人必須養神還精，不能讓“神叛人去”。一旦人喪失了精神，人就要死了。此還精養神或端身靖神之道，便形成了道教的功夫論。其修道場所稱為“靖”，也就是這個緣故。
（5）陰神，有時又稱為鬼。人若積惡而不積善，鬼物即來相感應，故雲：“神道興，與君子同行。鬼物道者，與小人同行。故君子理以公正，神亦理公正。小人理邪偽，鬼物亦理邪偽，明於同氣類也”，“善事有善精神，惡事有惡精神，夫蓄積邪之家，後必有邪害也”（卷百二十），“神者致真神為治，鬼者致鬼為治。鬼者，動作逃避人所，鬼倚陰中，竊隱語似鬼，故致鬼”（卷九二）。
（6）由於鬼隻是人行為的配合者與呼應者，因此若想“解除”，就不應向鬼去謝解，而是要自己懺悔改過：“不敢小解，過輒有罰首，以是自省自愛，敬重禁忌，不敢有違失意。”（卷百十）
（7）因為人是道的根柄、神的官長，一切長壽之要訣，又隻在於自己的精神持養以及道德作為，所以人根本不需要去祭祀鬼神。在《事死不得過生法》中，它說陽君陰臣，侍奉臣子的禮數超過了對君王的態度是逆政，事陰過陽則是逆氣，而鬼神都屬陰，所以應重視生人，不必侍奉鬼神。態度是非常明確的。
它也批評一般祭祀鬼神或號稱能夠降神的方術是邪道。例如它說：“為社謀者，天地四時、社稷山川祭祀，神下人也，使人恍惚，欲妄言其神，暴仇狂邪，不可妄為也”，“為洋神者，言其神洋洋，其道無可係屬，天下精氣下人也，使人妄言。半類真，半類邪”，“家先者，純見鬼，無有真道也。其有召呼者，純死人之鬼來也，此最道之下極也”（卷七一）。又說：“勿信神象卜工之言，是卜不能有所增減”（卷百十四），更指責：“醫巫神家，但欲得人錢，為言可愈，多征肥美，及以酒脯呼召大神，從其寄精神……錢財殫盡，乃亡其命”（同上）。
凡此等等，可見它對一切降神、附體、見鬼、招魂、占卜之術都不信任，以酒肉祭祀鬼神，以求治病長壽，更被嗤為騙局。
太平道，隻是道教中一個係統。但它興起最早，尚在張道陵之前，故其許多觀點已成為道教的“原型”之一。這些基本形態或觀點，事實上也足以表明道教與一般民間信仰的差異。我們可以由上麵簡略的介紹中，看到因鬼神觀不同而形成的整體差別。
把這種差別放入曆史脈絡中去看，則我們又會發現道教正是一種有意的宗教改革，其觀念恰好是針對先秦以來中國社會一般的宗教態度及信仰行為而發，有意地去建構一套新的宗教體係。