戰果輝煌的福公司中國業務拓展得很快，在四川麻哈金礦，浙江衢、嚴、溫、處四府煤礦、鐵礦等業務中，劉鶚都立下了汗馬功勞，他上躥下跳，左右逢源，幫著福公司四處打點，被民間直呼為“漢奸”。先富起來的劉鶚也先後在上海自辦商場、紡織廠，但都失敗；隨後幹脆和日本人合作在東北開設鹽場，違反國家政策大肆走私到缺鹽的朝鮮，從中牟取暴利。又私自拜見日本使節要人，並多次東渡日本，這些都構成了他的人生汙點。
劉鶚的社會關係極廣，為其幫忙者不少。他的買辦活動受到輿論指責之後，同鄉狄楚青的報社成為劉鶚為自己聲辯的主要陣地。他的上海《時報》、《南方日報》，都曾為劉鶚的買辦言行“鼓與呼”。
四
1900年，是中國農曆庚子年，這一年夏天，中國與當時世界上八個主要強國之間爆發了一場戰爭。這場一百多年前爆發的動蕩也被中國人稱為“庚子國變”。庚子之變發生，慈禧太後倉皇西逃，八國聯軍占領北京，恣意燒殺淫掠、無惡不作，北京居民同時還麵臨饑餓威脅。劉鶚於八月冒險北上，九月初抵京後，致力救濟並參與和議斡旋條款。當時北京市麵上無糧可供，劉鶚從上海購糧食經海路運至天津，再運到北京。他創辦了平糶局，一麵糶，一麵賑。時俄軍占領北京太倉，因倉內有老鼠，俄軍揚言要舉火焚燒，劉鶚緊急聯合其他賑濟團體集款，將太倉存米全部買下，作為平糶，救下許多人的性命。不料後來此舉成為劉鶚“盜賣太倉官米”的一大罪狀。
1905年，劉鶚與長江水師提督程文炳合夥買下江浦縣九濮洲三千八百九十畝地皮，其中劉鶚名下為一千九百四十五畝，並辦理了執照。劉鶚認為這個地方將來會成為商貨吐納之所。江浦有個豪紳陳瀏，曾做過五品京官。這時朝廷決定築津浦鐵路，以浦口為終點，地價勢將攀升，他見劉鶚買了浦口附近的地皮，占了便宜，便設計通過京中禦史吳文翰將稟帖投到軍機處、外務部、郵傳部，控告劉鶚“私集洋股，攬買土地”，欲將劉鶚置於死地。
也該劉鶚倒黴。恰巧此時，朝中權臣袁世凱以直隸總督奉詔入軍機處，接觸到的第一個案子便是控告劉鶚的，而袁世凱與劉鶚素有積怨，正好借此落井下石。劉鶚與袁世凱曾在山東巡府張曜麾下共事過，袁為自己長久不被重用，曾請劉向張請求提拔任用的事，而張卻認為袁“才可愛而性未定，資可造而識未純”，沒有同意袁的要求，因此袁世凱以為劉鶚不肯為他出力，一直懷恨在心。如今，袁世凱已權傾一時，劉鶚自然難逃厄運。
當袁世凱將控告劉鶚的奏折帶到會上時，參加會議的新授文淵閣大學士世續聞知是控告劉鶚，也來勁了。原來世續的父親與劉鶚的父親劉成忠是好朋友，當年世續考中舉人後，也像一般讀書人一樣，向親友“打秋風”。世續帶了一塊家藏端石，來到劉成忠府上請謁，以求資助。誰知劉成忠見了世續，擺出老輩麵孔，教訓他：“你方年少，前程不可限量，卻為何學起世俗子弟？你到京後，如果真的發生困難，我當會彙款接濟。”年輕氣盛的世續從此跟劉家結下冤仇。如今劉家兒子落在自己手裏，正好公報私仇，當即同袁世凱唱起一個調子，主張密飭兩江總督端方嚴密查報，如係屬實，應即請旨逮捕法辦。
軍機處領班慶親王奕劻對劉鶚一案尚存疑慮，故持謹慎態度。經過一番了解，並無證據證明劉鶚私集洋股購買地皮，就將此事擱了下來。袁世凱、世續兩人認為慶親王庇護劉鶚。袁世凱對世續說：“劉鶚這漢奸是饒他不得的，辛醜那年，他和俄軍勾勾搭搭，以辦賑為名，盜賣倉粟牟利，現在戶部裏報失的案子還沒結呢！中堂（指世續）見到肅王（善耆）和澤公（載澤）時提一提，叫他們報了上來，來個並案辦理，好歹總有個結束。”
善耆和載澤都執掌著戶部，皆與世續是好友，於是，戶部很快奏報劉鶚“擅賣太倉存穀牟利”之罪，再加上為外人在浦口購地一案，慶親王奕劻便同意依議處理了。袁世凱立即以外務部名義密飭兩江總督端方，將劉鶚密捕歸案，時為光緒三十四年（1908年）五月。
兩江總督端方和劉鶚有些交情，接到複電，知道不抓捕劉鶚已不可能，便想法在捉拿過程中做手腳，他一麵布置巡警道總監去拘捕劉鶚，一麵又說這是袁世凱奉密旨交辦之事，不能打草驚蛇，抓捕行動放在後半夜更為妥當，故留巡警道總監吃飯喝酒，同時又讓王孝禹急速派人通知劉鶚，趕快逃離南京避禍。誰知陰錯陽差，劉鶚當晚外出未歸，通知之事又為劉鶚仆人所誤，當劉鶚半夜歸家後，正好被抓拿歸案。
1908年6月25日，巡警總監委員許炳璈親自乘兵船將劉鶚押至漢口，隨後改由湖廣總督督標親兵押送，取道陸路北上，然後由沿途河南、陝西、甘肅巡撫派兵接差。當年秋天，劉鶚被押解至新疆迪化（今烏魯木齊）。
被流放到迪化後，劉鶚舉目無親，人地兩生，萬般無奈，隻好來到了西門裏的一座城隍廟，將之作為棲身之所，當時住在廟裏的人大都是無家可歸的貧民，他們白天上街乞討，晚上回廟住宿。劉鶚雖然落難，但他終究是個做過官且有文章傳世的斯文之人，不便沿街乞討，生活幾無著落。
天無絕人之路。這時恰好城隍廟裏有一寄宿道士，人稱“劉長腿”，此人精於醫道，來廟求醫者絡繹不絕。他聽說劉鶚懂醫學還開過診所，便邀請劉鶚幫忙一同為人治病，二人遂成莫逆之交。他們輪流上山采藥，輪流在廟應診，倒也相得益彰。劉鶚非常佩服“劉長腿”的為人，曾專門為其題詩一首：“道人居市不居山，治病救人豈等閑。憑得陽春兩隻腳，一生九度玉門關。”不久“劉長腿”應朋友之邀投奔山西五台山，後在廟中坐化。
“劉長腿”離開後，劉鶚就獨自在城隍廟應診，他本來就通達醫學且又在內地遊醫多年，有著豐富的臨床經驗，並且收費低廉，對貧窮患者有時還分文不取，所以很快便譽滿全城。迪化附近的老百姓都知道城隍廟裏住著一位“菩薩大夫”，便慕名前來就診，病人的信任和需要，對於“負罪”謫戍邊疆的劉鶚來說是一種莫大的安慰和鼓勵。
在迪化期間，劉鶚在行醫診病之餘，還經常與當地的文人墨客詩文唱和，可惜現已大多失傳。他還發揮其敘景狀物的特長，用對聯的形式為後人勾勒出一幅惟妙惟肖的清末迪化風土圖，令人歎為觀止：“流水小橋催釣影，春風深巷賣花聲。”
1909年七月初八，劉鶚突然中風，於貧病交加中逝於新疆迪化，淒涼辭世，享年五十二歲。三年後大清國也同樣“急性中風”而亡。