六科
清初仿明製，設吏、戶、禮、兵、刑、工六科，掌勘察官府公事。初為獨立機構，至雍正元年（公元1723年）始隸都察院。六科的職官各有掌印給事中（滿、漢各
1人），給事中（滿、漢各
1人），筆帖式80人，經承63人。六科總數為167
人。掌印給事中，雍正七年（公元1729年）定為五品，光緒三十二年（公元1906年）升為正四品。給事中，初為七品，雍正七年升為正五品。
六科的具體職掌是：
掌科抄：各科每日派給事中
1人赴內閣接收題本，按題本內容，抄給各有關衙門分別承辦。另摘錄兩份，一份叫史書，供史官記注用；另一份叫錄書，存儲於科署，以備編纂用。
掌封駁：《光緒會典事例》卷1014載，順治初年規定：“凡部院督撫本章，已經奉旨，如確有未便施行之處，許該科奏還執奏。如內閣票簽批本錯誤，及部院督撫本內事理未協，並聽駁正”。“封還”和“駁正”是六科的主要職掌，但六科官員出於對皇帝及權臣的畏懼，為保住自己的官爵，這一職掌事實上是很少執行的。
此外，六科還分稽各項庶政，並分別注銷各有關衙門文卷（即考核各項案件是否限期辦妥）。各種稽核分工是：吏科稽核人事，注銷吏部、順天府文卷；戶科稽核財賦，注銷戶部文卷；禮科稽核典禮事務，注銷禮部、宗人府、理藩院、太常寺、光祿寺、鴻臚寺、國子監、欽天監等衙門文卷；兵科稽核軍政，注銷兵部、鑾儀衛、太仆寺等衙門文卷；刑科稽核刑名案件，注銷刑部文卷；工科稽核工程，注銷工部文卷。乾隆十四年（公元1749年）奏準，都察院本身由刑科稽察。
六科又負責頒發官員敕書，凡內閣給官員之敕書，均交由六科發給，任滿再送科繳還內閣。文武官赴任文憑，分由吏、兵兩科注寫期限。考察文武官員的“京察”，大計冊、各項奏銷冊、文武生童學冊，也均由六科分別察核。秋審，朝審案件，各道題簽後，由刑科複奏，經禦批，而密封交刑部施行。朝審處決人犯，由刑科監視行刑。
光緒三十二年（公元1906年）裁撤六科名稱，設給事中20人。
五城都察院
五城都察院是稽察京師地方治安的機構。清代把京城分為中、東、西、南、北五城。都察院分派禦史巡城，並設有巡城禦史的公署，稱為“五城察院”，或稱“五城”。各城都設有兵馬司，每司又分為二坊。由五城禦史督率管理。負責審理訴訟、緝捕盜賊等事。順治元年（公元1644年），設兵馬司指揮
1人（正六品），副指揮
2人（正七品），吏目
1人（未入流）。順治三年（公元1646年），為防止各地來京官員“鑽營囑托”，“交通賄賂”，定“由五城禦史督令司、坊官員時加訪緝”①。十年（公元1653年）更定：“五城禦史各率所屬，辦理地方之事，厘剔奸弊，整頓風俗”②。其具體職掌是：稽察京師十坊之境。十坊分隸情況是“中城分中西、中東二坊；東城分朝陽、崇南二坊；西城分關外、宣南二坊；南城分東南、東坊；北城分靈中、日南二坊。每城由副指揮、吏目分掌二坊。凡人命案件，由五城指揮相驗。盜竊案件，由副指揮、吏目察看現場和審解。其餘詞訟案件，由指揮報巡城禦史審斷。杖罪以下案件，自行完結，徒罪以上，送刑部定案。
五城察院還“掌賑恤之政令”。五城共設有
6個棲流所，10個粥廠，10個糶米廠，
1個普濟堂，
1個育嬰堂等，作為賑恤流民的機構。康熙二十年（公元1681年）於五城地方設廠15處，由僉都禦史督同五城禦史給滿、漢軍民人等發帑金，並令太醫院醫官施藥。二十一年改為東、西、南、北四廠。至四十年（公元1701年），每年均遵例賑民。雍正七年（公元1729年）設五城鋪司巡檢各
1人，管理街巷柵欄的啟閉。乾隆元年（公元1736年）裁五城鋪司巡檢，由五城察院及步軍統領酌派兵役專司街巷柵欄之啟閉。
順治十六年（公元1659年），五城各設公所，於每月朔望吉日，由禦史、司坊官組織鄉約（即地方官選擇的耆老），宣講皇帝誥誡官民的詔令（順治頒布的“六諭民”、康熙頒布的上諭十六條、雍正的“聖諭廣訓”十六條），其目的是使民“共知向善”，“以敦風化”。實際上是要人民做馴服的工具。
六、掌工程事務的機構----工部
清沿明製，於天聰五年（公元1631年）設立工部。初設時以貝勒阿巴泰管部務，以下設滿承政
2人，蒙、漢承政各
1人，管理全國工程事務。順治元年（公元1644年），停貝勒總理部務，改設滿、漢尚書，無定員，滿、漢左右侍郎各
1人。順治五年（公元1648年），定滿、漢尚書各
1人。乾隆十年（公元1745年）以大學士兼理部務。自順治至光緒初年，工部各官名額屢有增減。據《光緒會典事例》卷20所載，其尚書滿、漢各
1人（均從一品）。左右侍郎滿、漢各
1人（均正二品）。郎中滿18人，蒙
1人，漢
5人。員外郎宗室
1人，滿19人，蒙
1人，漢
4人。堂主事滿
3人，漢軍
1人。主事宗室
1人，滿11人，蒙
1人，漢 8人。司庫
4人，司匠
2人，庫使31人（以上三職均為滿員）。筆帖式宗室
1人，滿85人，蒙
2人，漢軍10人。繕本筆帖式10人（滿員）。經承78人。總數共317
人。此外尚有額外郎中、員外郎、主事及七品小京官若幹人。
工部的職掌據《光緒會典》卷58所載是：
掌天下造作之政令，與其經費，以讚上奠萬民。凡土木興建之製，器物利用之式，渠堰疏障之法，陵寢供億之典，百司以達於部，尚書、侍郎率其屬以定議，大事上之，小事則行，以飭邦事。
可見工部是主管全國的土木、水利、機械器物製造工程等事務。凡較大的工程如工價超過50兩，料價超過200
兩的，要奏報皇帝禦批。工料銀在一千兩以上者，要請皇帝另簡大臣督修。各項工程所用經費，分“定款”、“籌款”、“借款”、“攤款”四種。定款是指定動用的某種款項；籌款是動撥其他款項交商生息籌備應用的款項；借款是酌借某種款項，竣工後分期歸還；攤款是民修工程，先由官墊經費，竣工後攤征歸還。
工部內部機構可分為兩部分，一部分是辦理部務的四個清吏司；另一部分是處理本部機關行政事務的機構。
四個清吏司的職官職掌如下：
（一）營繕清吏司：設郎中
6人（滿
4人，蒙、漢各
1人），員外郎
5人（滿 4人，漢
1人），主事
5人（滿 2人，蒙
1人，漢
2人），筆帖式若幹人，經承11人。營繕司下分設都吏、營造、櫃、磚木、雜、夫匠六科和案房、算房、火房等單位，分掌本司事務。本司具體負責估修、核銷都城、宮苑、壇廟、衙署、府第、倉庫、營房、京城八旗衙署，順天貢院、刑部監獄等工程隸屬機構有琉璃窯、皇木廠、木倉等。
（二）虞衡清吏司：設郎中
5人（滿 4人，漢
1人）、員外郎
6人（宗室 1人，滿
3人，蒙、漢各
1人）、主事
4人（滿 3人、漢
1人）、筆帖式若幹人，經承14人。司下設都吏、軍器、窯冶、櫃、雜五科和軍器案房、軍器算房、窯冶案房、窯冶算房、火房等單位，分掌本司事務。虞衡司掌製造、收發各種官用器物、核銷各地軍費、軍需、軍火開支，主管全國度量衡製及熔煉鑄錢，采辦銅、鉛、硝磺等事。該司在名義上還主管山澤采捕（主要是東珠采集），但此事實際上是由內務府主管。隸屬虞衡司的機構有：司庫（負責收發氈、革、駝、椿、橛等）、軍需庫（負責收發旗纛、帳房）、硝磺庫（負責收發硝磺）、鉛子庫（負責收發大小槍炮、鉛子）、炮子庫（負責收儲廢鐵炮子）、官車處（負責管理官車以備工程運送料物）、措薪廠（負責收發葦席、竿、繩）。
（三）都水清吏司：設郎中
6人（滿 5人，漢
1人）、員外郎
6人（滿 5人、漢
1人）、主事
6人（滿 4人，漢
2人）。筆帖式若幹人，經承
9人。司下設都吏、河防、橋道、織造、櫃、雜六科和算房、火房，分掌本司事務。都水司掌稽核、估銷河道、海塘、江防、溝渠、水利、橋梁、道路工程經費；各省修造戰船、渡船及其他各種船隻並核銷河防官兵俸餉；修製祭器、樂器；征收船、貨稅及一部分木稅。隸屬機構有皇差銷算處（負責核銷皇帝出巡時各地所用維修橋梁、道路等費用）；冰窯（負責收發藏冰）；彩綢庫（負責收發製帛、誥軸、彩綢、駕衣、寶砂、棕絲、藤竹）。
（四）屯田清吏司：設郎中
5人（滿 4人，漢
1人），員外郎
6人（滿 5人、漢
1人）、 主事
5人（宗室
1人，滿、漢各
2人）、筆帖式若幹人，經承
8人。司下設都吏、準支、櫃、雜、匠五科和案房、算房、火房，分辦本司事務。屯田司掌陵寢修繕及核銷經費、支領物料；主管四司工匠定額及錢糧等事；管理各地開采煤窯及供應官用薪炭。
工部內管理行政事務的機構有：
清檔房：負責收藏檔案、並主管工部滿洲官員之升補差委之事。
漢檔房：負責繕寫滿、漢題本及黃冊事務。
黃檔房：負責考核歲支款項與工需物料，各項工程所用經費及由內務府取用庫儲料物，隨時記載，到冬至之月，會同內務府奏請欽派大臣查奏。
司務廳：負責簽收外省各衙門文書，呈工部堂官閱後，編號登記，分發各司辦理。此外，還負責工部各司處吏員工役之任用管理。
督催所：按期限督催工部四司所辦之事，逐月將辦過的文件送都察院工科、陝西道注銷。
當月處：負責管理工部印信，並接收在京各衙門文書、分發各司辦理。
飯銀處：負責收支工部司員飯食銀兩。
光緒三十二年（公元1906年），清政(蟹)府在“籌備立憲”，改革官製時，將工部並入商部而改為農工商部。三十三年十二月，又決定：由農工商部接收工部原管之河工、水利、海塘、江防、溝渠、船政、礦物、陶冶、度量權衡等事務；由民政部接管各項土木工程事務；由陸軍部接管軍器、戰船、軍需等事務；由內務府、禮部分別接管有關內、外典禮及製辦各種器物的事務；由度支接管全部工關稅收事務①。至此，工部便撤銷了。
七、掌理少數民族及外交事務的機關----理藩院
崇德元年（公元1636年），皇太極創立了主管少數民族事務的專門機構----“蒙古衙門”。崇德三年六月，改蒙古衙門為理藩院。《光緒會典事例》卷20記載，康熙曾追述當年設理藩院的用意說：“太宗文皇帝時，蒙古部落盡來歸附，設立理藩院，專管外藩事務”。可見皇太極改“蒙古衙門”為理藩院，主要還是管理蒙族事務。隨著清王朝統治範圍的擴大，理藩院成為統管內、外蒙古、察哈爾、青海、西藏、新疆以及西南地區土司各少數民族事務的機關。同時還兼辦部分與外國通商及外事交接事務。
理藩院的職官，初設承政1
人，左右參政各
1人，副理事官
8人，啟心郎
1人。順治元年（公元1644年）改承政為尚書，參政為侍郎，副理事官為員外郎，並增加了員外郎和啟心郎的名額，添設了堂主事、司務、副使、筆帖式等官。順治十六年（公元1659年），理藩院尚書、侍郎兼任禮部官銜，定為“禮部尚書銜掌理藩院事”，“禮部侍郎銜協理理藩院事”。十八年，清世祖認為理藩院管外藩事務，責任重大，附屬於禮部不合適，便下諭此後理藩院不必兼禮部頭銜，於是又改稱理藩院尚書、理藩院侍郎。並規定理藩院“官製體統”與六部相同。理藩院尚書可參預議政之事。
理藩院共有旗籍、王會、典屬、柔遠、徠遠、理刑六司，以及滿檔房、漢檔房、蒙古房、司務廳、當月處、督催所、銀庫、飯銀處、俸檔房等機構。職官有：尚書
1人（滿員，從一品），左、右侍郎各
1人（滿員，從二品），額外蒙古侍郎
1人，以蒙古貝勒、貝子之賢能者任之（二品）。郎中12人（宗室
1人、滿 3人、蒙
8人，均正五品），員外郎36人（宗室
1人，滿10人、蒙25人，從五品），堂主事
6人（滿2人、蒙
3人，漢
1人），校正漢文官漢
2人，司務
2人（滿、蒙各
1人），各司主事10人（滿
2人，蒙
8人），銀庫司官、司庫、司使
5人（均為滿員），筆帖式95人（滿34人，蒙55人，漢
6人）。共設官172
人。此外還額設吏役147
人。
理藩院總的職掌如下：
第一、掌蒙、回諸藩部王公、土司等官員的封襲、年班、進貢、隨圍、宴賞、給俸等事，並派遣該院司員、筆帖式等到少數民族聚居地區管事，定期更換；
第二、辦理滿、蒙聯姻事務。凡遇皇帝下嫁公主等事，由宗人府會同理藩院辦理；
第三、管理喇叭事務，保護黃教（黃教為佛教的一派，是明永樂年間唐古特僧人宗喀巴所創）；
第四、管理蒙古各旗會盟、劃界、驛道及商業貿易事；
第五、修訂懲治少數民族的法律，參加審理刑名案件。理藩院駐各處司員，參加對該地區民族案件的判決。凡判遣罪以上者，均報理藩院會同刑部或三法司審定執行。
第六、掌管部分外交、通商事務。鹹豐年間，成立總理各國事務衙門，理藩院則不再擔負外事工作。
理藩院六個清吏司的官員配置和職掌如下：
（一）旗籍清吏司：設郎中
3人（滿 1人、蒙
2人）、員外郎
4人（宗室 1人，滿
1人，蒙
2人），主事滿
1人，筆帖式15人（滿
5人，蒙10人），經承
2人，帖寫書吏
2人。掌管“內紮薩克”（即內蒙古所屬，包括24個部落，49個旗）劃定疆界、封爵、會盟、驛遞、軍旅等事，以及歸化城土默特部和達呼爾三旗任免引見事。
（二）王會清吏司：設郎中
3人（滿 1人、蒙
2人）、員外郎
5人（滿 2人，蒙
3人），主事蒙
3人，筆帖式11人（滿
3人，蒙
8人），經承
2人，帖寫書吏
1人。掌頒發內紮薩克王公等的俸祿，辦理朝貢、賞賜等事宜。
（三）典屬清吏司：設郎中
2人（滿、蒙各
1人），員外郎
8人（滿 2人，蒙
6人），主事
2人（滿、蒙各
1人）。筆帖式10人（滿
4人，蒙
6人），經承
1人，帖寫書吏
2人。分掌“外紮薩克”（包括外蒙古、青海蒙古、西套蒙古和新疆金山、天山之間各部，都屬外紮薩克）劃定邊界、封爵會盟、軍旅、驛遞。管理蒙藏各地喇嘛之事以及察哈爾等處各族牧民，管理少數民族地區貿易及俄商來恰克圖貿易等事。
（四）柔遠清吏司：設郎中宗室1人，員外郎
7人（滿 2人，蒙
5人），主事蒙
1人，筆帖式11人（滿
2人，蒙
9人）、經承
1人。分掌外紮薩克及喇嘛俸祿、朝貢之事。
（五）徠遠清吏司：設郎中蒙
1人，員外郎
5人（滿 1人，蒙
4人），主事蒙
2人，筆帖式
8人（滿 3人，蒙
5人）、經承